Sovellukset saatavuuden mukaan

Sovellukset saatavilla järjestelmässä

• Roihu — Uusi kansallinen CSC-supertietokone
• Mahti — CSC-supertietokone massiiviseen rinnakkaislaskentaan
• Puhti — CSC-supertietokone pienille sekä keskisuurille laskentatöille
• LUMI — EuroHPC-supertietokone CPU- ja etenkin GPU-laskentaan

Interaktiiviset web-sovellukset saatavilla järjestelmässä

• Roihu  web-käyttöliittymä
• Mahti  web-käyttöliittymä
• Puhti  web-käyttöliittymä
• LUMI  web-käyttöliittymä

Roihu

• Abaqus — Dassault Systemesin SIMULIA-akateeminen tutkimusohjelmistopaketti
• AMS — Mallinnusohjelmistopaketti, joka tarjoaa ADF-moottorin
• AMS-GUI — AMS:n integroitu graafinen käyttöliittymä
• Ansys — Ansys Academic research CFD
• Bio-apps — Pääsymoduuli kokoelmaan sovelluksia ja ohjelmistoja, joita käytetään usein biotieteissä
• Blender — 3D-mallinnus-, visualisointi- ja renderöintiohjelmisto
• BRAKER — Automaattinen genomin annotointiputki eukaryooteille
• CDO — Komentorivityökaluja ilmasto- ja NWP-mallidatan käsittelyyn ja analysointiin
• CloudCompare — pistepilvien visualisointiin, muokkaamiseen ja käsittelyyn
• compute-sanitizer — Toiminnallisen oikeellisuuden tarkistustyökalujen kokonaisuus, joka sisältyy CUDA-työkalupakkiin
• COMSOL Multiphysics — Yleiskäyttöinen simulointiohjelmisto
• COSMO-RS — Työkalupakki nestevaiheen termodynaamisten ominaisuuksien ennustamiseen COSMO-RS-mallilla
• CP2K — DFT, kvanttikemia, QM/MM, AIMD jne. erityisesti jaksollisille järjestelmille
• cuda-gdb — Nvidian laajennus GNU-virheenjäljittimeen GDB:hen
• eBay's tsv-utils — Työkaluja suurten taulukkomuotoisten datatiedostojen käsittelyyn
• Elmer — Avoimen lähdekoodin monifysikaalinen FEM-ohjelmistopaketti
• FFmpeg — Työkalut ja kirjastot äänen ja videon tallentamiseen, muuntamiseen ja suoratoistoon
• Gaussian — Monipuolinen laskennallisen kemian ohjelmistopaketti
• GDAL — paikkatietodatan tiedostomuodoille
• gdb — GNU-virheenjäljitin käännetyille ohjelmille
• GPAW — Monipuolinen DFT-paketti
• GRASS GIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatietoaineistojen katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
• GROMACS — Nopea ja monipuolinen klassinen molekyylidynamiikka
• HeLI-OTS — Valmis kielentunnistin, jossa on kielimallit 220 kielelle
• HyperQueue — Ajastin alisolmutason tehtäville
• JAX — Autograd ja XLA yhdistettynä suorituskykyiseen koneoppimistutkimukseen
• Julia Language — Korkean tason, suorituskykyinen dynaaminen ohjelmointikieli numeeriseen laskentaan
• kp-spell (enchant) — Suomen- ja ruotsinkielinen oikoluku enchant-käyttöliittymän kautta
• LAMMPS — Nopea molekyylidynamiikkamoottori laajalla voimakenttävalikoimalla
• LAStools — LiDAR-aineistoille
• Maestro — Monipuolinen lääkekehityksen ja materiaalimallinnuksen ohjelmistopaketti
• MATLAB — Korkean tason teknisen laskennan kieli
• MOLPRO — Paketti tarkkoihin ab initio -kvanttikemian laskuihin
• NAMD — Erittäin skaalautuva klassisen molekyylidynamiikan ohjelmisto
• ncu — Nvidia CUDA -ytimien profilointityökalu
• Nextflow — Nextflow on tieteellinen työnkulunhallintajärjestelmä skaalautuvien, siirrettävien ja toistettavien työnkulkujen luomiseen
• nsys — Nvidian GPU- ja CPU-profilointityökalu
• OpenDroneMap (ODM) — ilmasta otettujen drone-kuvien käsittelyyn
• OpenFOAM — OpenFOAM® on johtava vapaa ja avoimen lähdekoodin ohjelmisto laskennalliseen virtausdynamiikkaan (CFD)
• openSMILE — Työkalupakki äänipiirteiden poimintaan puheen ja musiikin analysointia varten
• ORCA — Yleiskäyttöinen kvanttikemian ohjelmistopaketti
• Orfeo ToolBox — kaukokartoitussovelluksiin
• ParaView — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
• PDAL — pistepilviaineistojen muunnoksiin ja käsittelyyn
• pdb — Pythonin sisäänrakennettu virheenjäljitin
• Praat — Työkalupakki puheen ja muiden ääninäytteiden annotointiin, käsittelyyn ja analysointiin
• Python — Ohjelmointikieli ja sen moduulit CSC:llä
• Python Data — Python-kirjastojen kokoelma data-analytiikkaan ja koneoppimiseen
• Python-geo — Python-kirjastot paikkatietoanalyysiin
• PyTorch — Koneoppimiskehys Pythonille
• QGIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatietodatan katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
• R for GIS — R:n paikkatietoanalyysin kirjastot
• r-env — R ja RStudio Server
• SAGA GIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatietodatan katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
• Snakemake — Snakemake on Python-pohjainen tieteellinen työnkulunhallintajärjestelmä skaalautuvien, siirrettävien ja toistettavien työnkulkujen luomiseen
• SNAP — kaukokartoitussovelluksiin
• Star-CCM+ — Siemens Digital Industries Softwaren laskennallisen virtausdynamiikan ohjelmisto
• TensorFlow — Syväoppimiskirjasto Pythonille
• trankit — Transformer-pohjainen Python-työkalupakki monikieliseen luonnollisen kielen käsittelyyn (NLP)
• TURBOMOLE — Nopea ja vakaa kvanttikemian ohjelmistopaketti
• UDPipe — Koulutettava putki tokenisointiin, sanaluokkien tunnistukseen, lemmatisointiin ja riippuvuusanalyysiin
• VisIt — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
• vLLM — Nopea ja helppokäyttöinen kirjasto LLM-inferenssiin ja tarjoiluun
• vrt-tools — Työkaluja VRT (Vertical Text) -korpustiedostojen muuntamiseen
• WhiteboxTools — edistynyt paikkatietoanalyysin alusta
• Zonation — Paikkatiedon suojelun priorisointikehys

Mahti

• Alphafold — Proteiinin 3D-rakenteen ennustaminen
• Amber — Molekyylidynamiikan ohjelmistopaketti
• AMS — Mallinnusohjelmistopaketti, joka tarjoaa ADF-moottorin
• compute-sanitizer — Toiminnallisen oikeellisuuden tarkistustyökalujen kokonaisuus, joka sisältyy CUDA-työkalupakkiin
• CP2K — DFT, kvanttikemia, QM/MM, AIMD jne. erityisesti jaksollisille järjestelmille
• cProfile — Python-ohjelmien sisäänrakennettu profilointityökalu
• CryoSPARC — Työkalu Cryo-EM-datan analysointiin Puhdissa/Mahdissa
• cuda-gdb — Nvidian laajennus GNU-virheenjäljittimeen GDB:hen
• DDT — Rinnakkaisvirheenjäljitin
• Elmer — Avoimen lähdekoodin monifysikaalinen FEM-ohjelmistopaketti
• FireWorks — FireWorks on ilmainen avoimen lähdekoodin työkalu useita vaiheita ja mahdollisesti monimutkaisia riippuvuuksia sisältävien työnkulkujen määrittelyyn, hallintaan ja suorittamiseen
• Gaussian — Monipuolinen laskennallisen kemian ohjelmistopaketti
• GDAL — paikkatietodatan tiedostomuodoille
• gdb — GNU-virheenjäljitin käännetyille ohjelmille
• Geoconda — Python-kirjastoja paikkatietoanalyysiin
• GPAW — Monipuolinen DFT-paketti
• GROMACS — Nopea ja monipuolinen klassinen molekyylidynamiikka
• IDL — Ohjelmointikieli, numeerinen analyysi, tieteellisen datan käsittely ja visualisointi
• JAX — Autograd ja XLA yhdistettynä suorituskykyiseen koneoppimistutkimukseen
• Julia Language — Korkean tason, suorituskykyinen dynaaminen ohjelmointikieli numeeriseen laskentaan
• LAMMPS — Nopea molekyylidynamiikkamoottori laajalla voimakenttävalikoimalla
• Maestro — Monipuolinen lääkekehityksen ja materiaalimallinnuksen ohjelmistopaketti
• MATLAB — Korkean tason teknisen laskennan kieli
• Molden — Prosessointiohjelma molekyyli- ja elektronirakennelaskentaan
• MOLPRO — Paketti tarkkoihin ab initio -kvanttikemian laskuihin
• NAMD — Erittäin skaalautuva klassisen molekyylidynamiikan ohjelmisto
• ncu — Nvidia CUDA -ytimien profilointityökalu
• Nextflow — Nextflow on tieteellinen työnkulunhallintajärjestelmä skaalautuvien, siirrettävien ja toistettavien työnkulkujen luomiseen
• nsys — Nvidian GPU- ja CPU-profilointityökalu
• nvprof — Nvidian profilointityökalu, joka kerää ja näyttää profilointidataa
• NWChem — Laskennallisen kemian ohjelmistopaketti, joka on suunniteltu toimimaan tehokkaasti rinnakkaisissa HPC-järjestelmissä
• Open Babel — Ohjelma molekyylimallinnuksessa tällä hetkellä käytettävien tiedostomuotojen muuntamiseen
• OpenFOAM — OpenFOAM® on johtava vapaa ja avoimen lähdekoodin ohjelmisto laskennalliseen virtausdynamiikkaan (CFD)
• ORCA — Yleiskäyttöinen kvanttikemian ohjelmistopaketti
• PALM — Meteorologinen mallijärjestelmä ilmakehän ja valtamerten rajakerrosvirtauksille
• ParaView — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
• PDAL — pistepilviaineistojen muunnoksiin ja käsittelyyn
• pdb — Pythonin sisäänrakennettu virheenjäljitin
• perf — Komentorivityökalu suorituskyvyn analysointiin
• PLUMED — Kirjasto ja työkalut tehostettuihin näytteenottomenetelmiin
• Python — Ohjelmointikieli ja sen moduulit CSC:llä
• Python Data — Python-kirjastojen kokoelma data-analytiikkaan ja koneoppimiseen
• PyTorch — Koneoppimiskehys Pythonille
• Qiskit — avoimen lähdekoodin työkalupakki hyödylliseen kvanttilaskentaan
• Quantum ESPRESSO — Elektronirakennelaskentaa ja materiaalimallinnusta nanomittakaavassa
• r-env — R ja RStudio Server
• RAPIDS — GPU:illa toimivien data-analytiikan ja koneoppimisen kirjastojen kokoelma
• Scalasca — Suorituskykyprofilointityökalu rinnakkaisohjelmille
• Star-CCM+ — Siemens Digital Industries Softwaren laskennallisen virtausdynamiikan ohjelmisto
• TensorFlow — Syväoppimiskirjasto Pythonille
• TURBOMOLE — Nopea ja vakaa kvanttikemian ohjelmistopaketti
• VASP — Ab initio DFT -elektronirakenteet
• VisIt — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
• VMD — Molekyylien visualisointiohjelma

Puhti

• Alphafold — Proteiinin 3D-rakenteen ennustaminen
• Amber — Molekyylidynamiikan ohjelmistopaketti
• AMS — Mallinnusohjelmistopaketti, joka tarjoaa ADF-moottorin
• ArcGIS Python API — Paikkatietoanalyysi ja datatiede
• BamTools — Työkaluja BAM-muotoisten tiedostojen käsittelyyn
• BayeScan — Työkalu luonnonvalinnan kohteena olevien ehdokaslokuskohtien tunnistamiseen populaatioiden alleelifrekvenssien perusteella
• BioPerl — Perl-ympäristö BioPerl-laajennuksella
• Biopython — Python-ympäristö, jossa on Biopython ja muita bioinformatiikkaan liittyviä Python-kirjastoja
• BLAST — Sekvenssien samankaltaisuushakutyökalu nukleotideille ja proteiineille
• Blender — 3D-mallinnus-, visualisointi- ja renderöintiohjelmisto
• Bowtie2 — Lyhyiden sekvenssilukujen kohdistustyökalu
• BWA — Lyhyiden lukujen kohdistusohjelma
• CD-HIT — Sekvenssien klusterointi- ja redundanssinpoistotyökalu
• Chipster_genomes — Työkalu Chipsterin käyttämien kohdistinohjelmien indeksien lataamiseen Puhtiin
• compute-sanitizer — Toiminnallisen oikeellisuuden tarkistustyökalujen kokonaisuus, joka sisältyy CUDA-työkalupakkiin
• CP2K — DFT, kvanttikemia, QM/MM, AIMD jne. erityisesti jaksollisille järjestelmille
• cProfile — Python-ohjelmien sisäänrakennettu profilointityökalu
• CryoSPARC — Työkalu Cryo-EM-datan analysointiin Puhdissa/Mahdissa
• CSD — Cambridge Crystallographic Database – orgaanisten ja metallo-orgaanisten kiderakenteiden tietokanta ja työkalut
• cuda-gdb — Nvidian laajennus GNU-virheenjäljittimeen GDB:hen
• Cutadapt — Suuritehoisen sekvensoinnin lukujen trimmaus
• DDT — Rinnakkaisvirheenjäljitin
• Diamond — Sekvenssien samankaltaisuushakutyökalu proteiineille ja nukleotideille
• eBay's tsv-utils — Työkaluja suurten taulukkomuotoisten datatiedostojen käsittelyyn
• Elmer — Avoimen lähdekoodin monifysikaalinen FEM-ohjelmistopaketti
• EMBOSS — Työkalupakki klassiseen sekvenssianalyysiin
• Entrez Direct — Entrez direct - komentorivityökalu datan hakemiseen ja noutamiseen NCBI:ltä
• Exonerate — Yleiskäyttöinen työkalu sekvenssiparien vertailuun
• FastQC — Laadunvalvontatyökalu suuren läpimenon sekvenssidatalle
• FFmpeg — Työkalut ja kirjastot äänen ja videon tallentamiseen, muuntamiseen ja suoratoistoon
• FireWorks — FireWorks on ilmainen avoimen lähdekoodin työkalu useita vaiheita ja mahdollisesti monimutkaisia riippuvuuksia sisältävien työnkulkujen määrittelyyn, hallintaan ja suorittamiseen
• Freebayes — Geneettisten varianttien tunnistustyökalu
• Gaussian — Monipuolinen laskennallisen kemian ohjelmistopaketti
• gdb — GNU-virheenjäljitin käännetyille ohjelmille
• GOLD — Proteiini-ligandi-telakointiohjelmisto
• GPAW — Monipuolinen DFT-paketti
• Grace — Piirtotyökalu erityisesti xvg-tiedostoille
• GROMACS — Nopea ja monipuolinen klassinen molekyylidynamiikka
• HeLI-OTS — Valmis kielentunnistin, jossa on kielimallit 220 kielelle
• HMMER — Työkalupakki sekvenssiprofiilien piilotettujen Markovin mallien luomiseen ja käyttöön
• HUMAnN — Mikrobien aineenvaihduntareittien profilointi metagenomisella datalla
• IDL — Ohjelmointikieli, numeerinen analyysi, tieteellisen datan käsittely ja visualisointi
• Illumina BaseSpace — Komentoriviohjelma datan noutamiseen Illumina BaseSpace -ympäristöstä
• Intel Trace Analyzer and Collector (ITAC) — MPI-profilointi- ja jäljitystyökalu
• Intel VTune Profiler — Suorituskyvyn analysointityökalu yhden ytimen ja säikeistyksen suorituskyvyn analysointiin
• InterProScan — Proteiinisignatuurien/motiivien hakutyökalu
• iPyrad — työkalupakki populaatiogeneettisiin ja fylogeneettisiin tutkimuksiin restriktiokohtiin liittyville genomisille aineistoille (esim. RAD, ddRAD, GBS)
• JAX — Autograd ja XLA yhdistettynä suorituskykyiseen koneoppimistutkimukseen
• kp-spell (enchant) — Suomen- ja ruotsinkielinen oikoluku enchant-käyttöliittymän kautta
• Kraken — Taksonominen sekvenssiluokittelujärjestelmä
• Krona visualization tool — Visualisointityökalu taksonomiseen luokitteluun ja muuhun hierarkkiseen dataan
• LAMMPS — Nopea molekyylidynamiikkamoottori laajalla voimakenttävalikoimalla
• Lazypipe — Itsenäinen putki virusten tunnistamiseen isäntään liittyvistä tai ympäristönäytteistä
• MACS2/3 — ChIP-Seq-analyysityökalu
• Maestro — Monipuolinen lääkekehityksen ja materiaalimallinnuksen ohjelmistopaketti
• Megahit — Metagenomiikan kokoaminen
• MetaPhlAn — Mikrobiyhteisöjen koostumuksen profilointi metagenomisella datalla
• Minimap2 — Lyhyiden lukujen kohdistusohjelma
• MIRA — Kokogenomin shotgun- ja EST-sekvenssien kokoaja
• Molden — Prosessointiohjelma molekyyli- ja elektronirakennelaskentaan
• MOLPRO — Paketti tarkkoihin ab initio -kvanttikemian laskuihin
• Mothur — Ohjelmistopaketti mikrobiyhteisöjen amplikonisekvensointidatan analysointiin
• MrBayes — Ohjelma fylogenioiden päättelyyn bayesilaisilla menetelmillä
• NAMD — Erittäin skaalautuva klassisen molekyylidynamiikan ohjelmisto
• ncu — Nvidia CUDA -ytimien profilointityökalu
• Nextflow — Nextflow on tieteellinen työnkulunhallintajärjestelmä skaalautuvien, siirrettävien ja toistettavien työnkulkujen luomiseen
• nsys — Nvidian GPU- ja CPU-profilointityökalu
• nvprof — Nvidian profilointityökalu, joka kerää ja näyttää profilointidataa
• NWChem — Laskennallisen kemian ohjelmistopaketti, joka on suunniteltu toimimaan tehokkaasti rinnakkaisissa HPC-järjestelmissä
• Octave — Korkean tason tulkattava kieli numeeriseen laskentaan
• Open Babel — Ohjelma molekyylimallinnuksessa tällä hetkellä käytettävien tiedostomuotojen muuntamiseen
• openSMILE — Työkalupakki äänipiirteiden poimintaan puheen ja musiikin analysointia varten
• ORCA — Yleiskäyttöinen kvanttikemian ohjelmistopaketti
• PALM — Meteorologinen mallijärjestelmä ilmakehän ja valtamerten rajakerrosvirtauksille
• PANNZER2/SANSPANZ — Automaattinen proteiinien annotointityökalu
• ParaView — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
• pdb — Pythonin sisäänrakennettu virheenjäljitin
• perf — Komentorivityökalu suorituskyvyn analysointiin
• Picard Tools — Työkaluja SAM-, BAM-, CRAM- ja VCF-tiedostojen käsittelyyn
• PLUMED — Kirjasto ja työkalut tehostettuihin näytteenottomenetelmiin
• Praat — Työkalupakki puheen ja muiden ääninäytteiden annotointiin, käsittelyyn ja analysointiin
• Prokka — Nopea prokaryoottigenomien annotointityökalu
• Python — Ohjelmointikieli ja sen moduulit CSC:llä
• Python Data — Python-kirjastojen kokoelma data-analytiikkaan ja koneoppimiseen
• PyTorch — Koneoppimiskehys Pythonille
• QIIME — Paketti mikrobiyhteisöjen analysointiin amplikonisekvensointidatasta
• Qiskit — avoimen lähdekoodin työkalupakki hyödylliseen kvanttilaskentaan
• Quantum ESPRESSO — Elektronirakennelaskentaa ja materiaalimallinnusta nanomittakaavassa
• RAPIDS — GPU:illa toimivien data-analytiikan ja koneoppimisen kirjastojen kokoelma
• RAxML — Ohjelma fylogenioiden päättelyyn uskottavuusmenetelmällä
• Roary — Pan-genomiputki
• RStudio IDE — Integroitu kehitysympäristö R:lle
• SageMath — Ilmainen avoimen lähdekoodin matematiikkaohjelmistojärjestelmä
• SALMON — Ohjelma transkriptitason kvantifiointiarvioiden tuottamiseen RNA-seq-datasta
• SAMtools — Työkalut SAM/BAM-muotoisten kohdistustiedostojen hallintaan
• Scalasca — Suorituskykyprofilointityökalu rinnakkaisohjelmille
• Seqtk — Työkalu sekvenssien käsittelyyn FASTA- tai FASTQ-muodossa
• Snakemake — Snakemake on Python-pohjainen tieteellinen työnkulunhallintajärjestelmä skaalautuvien, siirrettävien ja toistettavien työnkulkujen luomiseen
• SPAdes — Genomikokoaminen
• Stacks — Työvuo lokusten muodostamiseen lyhytlukusekvensseistä (esim. RAD-seq-data)
• STAR — Lyhyiden lukujen kohdistin
• Structure — Populaatiorakenteen päättely genetiikassa
• TensorFlow — Syväoppimiskirjasto Pythonille
• TmoleX — Graafinen käyttöliittymä TURBOMOLE-ajojen määrittämiseen ja analysointiin
• TopHat — Silmukointiliitoskohdat kartoittava työkalu RNA-Seq-lukemille
• trankit — Transformer-pohjainen Python-työkalupakki monikieliseen luonnollisen kielen käsittelyyn (NLP)
• Trimmomatic — Trimmaa Illumina-paripääte- ja yksittäislukudataa
• Trinity — Transkriptomin kokoamistyökalu
• TURBOMOLE — Nopea ja vakaa kvanttikemian ohjelmistopaketti
• UDPipe — Koulutettava putki tokenisointiin, sanaluokkien tunnistukseen, lemmatisointiin ja riippuvuusanalyysiin
• VASP — Ab initio DFT -elektronirakenteet
• Velvet — Genomikokoaja
• VirusDetect — Virusten tunnistus sRNA-datalla
• VisIt — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
• VMD — Molekyylien visualisointiohjelma
• vrt-tools — Työkaluja VRT (Vertical Text) -korpustiedostojen muuntamiseen
• Whisper — Yleiskäyttöinen puheentunnistusmalli
• wtdbg2 — Nopea kokoamistyökalu pitkän lukupituuden sekvenssidatalle
• XHMM (eXome-Hidden Markov Model) — Kopiolukumuutosten tunnistus kohdennetusta sekvensointidatasta

LUMI

• Accelerated visualization — Valikoima GPU-kiihdytettyjä visualisointisovelluksia
• Amber — Molekyylidynamiikan ohjelmistopaketti
• Blender — 3D-mallinnus-, visualisointi- ja renderöintiohjelmisto
• Cirq-on-iqm — avoimen lähdekoodin cirq-sovitin kvanttilaskentaan
• CP2K — DFT, kvanttikemia, QM/MM, AIMD jne. erityisesti jaksollisille järjestelmille
• Desktop — Etätyöpöytäympäristö
• Elmer — Avoimen lähdekoodin monifysikaalinen FEM-ohjelmistopaketti
• GDAL — paikkatietodatan tiedostomuodoille
• Geoconda — Python-kirjastoja paikkatietoanalyysiin
• GRASS GIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatietoaineistojen katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
• GROMACS — Nopea ja monipuolinen klassinen molekyylidynamiikka
• HADDOCK3 — Korkean ambiguiteetin ohjaama biomolekyylien telakointi
• HyperQueue — Ajastin alisolmutason tehtäville
• JAX — Autograd ja XLA yhdistettynä suorituskykyiseen koneoppimistutkimukseen
• Julia Language — Korkean tason, suorituskykyinen dynaaminen ohjelmointikieli numeeriseen laskentaan
• Julia-Jupyter — Interaktiivinen laskentaympäristö Julia-ohjelmointikielelle
• Jupyter — Interaktiivinen laskentaympäristö Pythonille
• LAMMPS — Nopea molekyylidynamiikkamoottori laajalla voimakenttävalikoimalla
• MATLAB — Korkean tason teknisen laskennan kieli
• NAMD — Erittäin skaalautuva klassisen molekyylidynamiikan ohjelmisto
• Nextflow — Nextflow on tieteellinen työnkulunhallintajärjestelmä skaalautuvien, siirrettävien ja toistettavien työnkulkujen luomiseen
• NMRLipids — NMRLipids-datapankki, joka sisältää MD-simulaatioita
• OpenFOAM — OpenFOAM® on johtava vapaa ja avoimen lähdekoodin ohjelmisto laskennalliseen virtausdynamiikkaan (CFD)
• PALM — Meteorologinen mallijärjestelmä ilmakehän ja valtamerten rajakerrosvirtauksille
• ParaView — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
• PDAL — pistepilviaineistojen muunnoksiin ja käsittelyyn
• Pennylane — Ilmainen avoimen lähdekoodin ohjelmistokehys kvanttikoneoppimiseen ja kvanttilaskentaan
• perf — Komentorivityökalu suorituskyvyn analysointiin
• PLUMED — Kirjasto ja työkalut tehostettuihin näytteenottomenetelmiin
• PyTorch — Koneoppimiskehys Pythonille
• QGIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatietodatan katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
• Qiskit — avoimen lähdekoodin työkalupakki hyödylliseen kvanttilaskentaan
• Qiskit-on-iqm — avoimen lähdekoodin qiskit-sovitin kvanttilaskentaan
• Quantum ESPRESSO — Elektronirakennelaskentaa ja materiaalimallinnusta nanomittakaavassa
• SAGA GIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatietodatan katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
• Star-CCM+ — Siemens Digital Industries Softwaren laskennallisen virtausdynamiikan ohjelmisto
• TensorBoard — TensorFlown visualisointityökalupakki
• TensorFlow — Syväoppimiskirjasto Pythonille
• VisIt — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
• Visual Studio Code — Lähdekoodieditori
• WhiteboxTools — edistynyt paikkatietoanalyysin alusta

Roihu web-käyttöliittymä

• Blender — 3D-mallinnus-, visualisointi- ja renderöintiohjelmisto
• CloudCompare — pistepilvien visualisointiin, muokkaamiseen ja käsittelyyn
• COMSOL Multiphysics — Yleiskäyttöinen simulointiohjelmisto
• Desktop — Etätyöpöytäympäristö
• GRASS GIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatietoaineistojen katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
• Jupyter — Interaktiivinen laskentaympäristö Pythonille
• MATLAB — Korkean tason teknisen laskennan kieli
• ParaView — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
• QGIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatietodatan katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
• SAGA GIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatietodatan katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
• SNAP — kaukokartoitussovelluksiin
• VisIt — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
• Zonation — Paikkatiedon suojelun priorisointikehys

Mahti web-käyttöliittymä

• CryoSPARC — Työkalu Cryo-EM-datan analysointiin Puhdissa/Mahdissa
• Desktop — Etätyöpöytäympäristö
• Julia-Jupyter — Interaktiivinen laskentaympäristö Julia-ohjelmointikielelle
• Jupyter — Interaktiivinen laskentaympäristö Pythonille
• Jupyter for courses — Jupyter-sovelluksen versio kurssiympäristöihin
• Maestro — Monipuolinen lääkekehityksen ja materiaalimallinnuksen ohjelmistopaketti
• MATLAB — Korkean tason teknisen laskennan kieli
• TensorBoard — TensorFlown visualisointityökalupakki
• Visual Studio Code — Lähdekoodieditori
• VMD — Molekyylien visualisointiohjelma

Puhti web-käyttöliittymä

• Accelerated visualization — Valikoima GPU-kiihdytettyjä visualisointisovelluksia
• Blender — 3D-mallinnus-, visualisointi- ja renderöintiohjelmisto
• CryoSPARC — Työkalu Cryo-EM-datan analysointiin Puhdissa/Mahdissa
• Desktop — Etätyöpöytäympäristö
• Grace — Piirtotyökalu erityisesti xvg-tiedostoille
• Julia-Jupyter — Interaktiivinen laskentaympäristö Julia-ohjelmointikielelle
• Jupyter — Interaktiivinen laskentaympäristö Pythonille
• Jupyter for courses — Jupyter-sovelluksen versio kurssiympäristöihin
• Maestro — Monipuolinen lääkekehityksen ja materiaalimallinnuksen ohjelmistopaketti
• ParaView — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
• RStudio IDE — Integroitu kehitysympäristö R:lle
• TensorBoard — TensorFlown visualisointityökalupakki
• VisIt — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
• Visual Studio Code — Lähdekoodieditori
• VMD — Molekyylien visualisointiohjelma

LUMI web-käyttöliittymä

• Accelerated visualization — Valikoima GPU-kiihdytettyjä visualisointisovelluksia
• Blender — 3D-mallinnus-, visualisointi- ja renderöintiohjelmisto
• Desktop — Etätyöpöytäympäristö
• GRASS GIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatietoaineistojen katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
• Julia-Jupyter — Interaktiivinen laskentaympäristö Julia-ohjelmointikielelle
• Jupyter — Interaktiivinen laskentaympäristö Pythonille
• MATLAB — Korkean tason teknisen laskennan kieli
• ParaView — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
• QGIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatietodatan katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
• SAGA GIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatietodatan katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
• TensorBoard — TensorFlown visualisointityökalupakki
• VisIt — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
• Visual Studio Code — Lähdekoodieditori

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Kerro meille miten voisimme parantaa tätä sivua ottamalla meihin yhteyttä.