Biopython

Biopython on kokoelma Python-moduuleja, jotka helpottavat Python-skriptien kehittämistä bioinformatiikan sovelluksiin. Sellaisenaan se ei sisällä käyttövalmiita ohjelmia samalla tavalla kuin monet kaupalliset paketit ja ilmaiset selainkäyttöliittymät. Toisaalta Biopython tarjoaa uudelleenkäytettäviä Python-moduuleja, jotka helpottavat skriptien kirjoittamista sekvenssien käsittelyyn, tietokantojen käyttöön eri tiedostomuotojen avulla sekä erilaisten molekyylibiologisten ohjelmien tulosten suorittamiseen ja jäsentämiseen. Näin Biopython mahdollistaa sellaisten skriptien kehittämisen, jotka voivat analysoida suuria määriä sekvenssidataa tavoilla, jotka ovat yleensä vaikeita tai mahdottomia selainpohjaisilla järjestelmillä.

Biopython

Lisenssi

Biopython on vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia. Se on kaksoislisensoitu Biopython-lisenssillä tai BSD 3-Clause -lisenssillä.

Saatavuus

Puhti: Python 3.10.6 ja Biopython 1.79
Puhti: Python 3.12.3 ja Biopython 1.83

Puhdissa Biopython-kirjastot sekä monet muut bioinformatiikkaan liittyvät Python-kirjastot ovat saatavilla.

module load biopythontools

Kun moduuli on ladattu, voit käynnistää Biopython-ohjelman komennolla:

python my_biopython_code.py

Vaihtoehtoisesti voit muuttaa koodisi ensimmäisellä rivillä olevan python-määrittelyn muotoon

#!/bin/env python

ja suorittaa python-ohjelman

./my_biopython_code.pm

Uusia python-kirjastoja voidaan asentaa pip install -komennolla. Esimerkiksi Python-kirjasto nimeltä OBITools3 voidaan asentaa komennolla:

pip install --user OBITools3

Lisäohjeita asennussijainnin määrittämisestä jne. löytyy CSC:n Pythonin käyttöoppaasta.

Lisätietoja

Lisätietoja Biopythonista löytyy Biopythonin kotisivulta.

www.biopython.org