AMS

Amsterdam Modeling Suite (AMS) on kattava laskennallisen kemian ohjelmistopaketti. Sen mukana tulee graafinen käyttöliittymä, AMS-GUI, joka tarjoaa intuitiivisen tavan simulaatioiden määrittämiseen, ajamiseen ja analysointiin.

Saatavuus

Puhti: AMS, versio 2024.102, 2025.105
Mahti: AMS, versio 2024.102, 2025.105

Lisenssi

Lisenssi oikeuttaa ohjelmiston käyttöön kaikki akateemiset tutkijat ja opiskelijat akateemisessa instituutissa, jossa "Academic" tarkoittaa "tutkintoja myöntävään instituuttiin kuuluvaa".
Lisenssi ei sisällä oikeutta ohjelmiston käyttöön valtion laboratorioiden työntekijöille tai muiden ei-akateemisten voittoa tavoittelemattomien tutkimuslaitosten työntekijöille.
Lisenssi sallii vain voittoa tavoittelemattoman ei-kaupallisen käytön.
Lisenssi sulkee pois kaiken sopimustutkimuksen, rojaltituloja tuottavan toiminnan ja muun rahalliseen hyötyyn johtavan toiminnan.
Tutkimusryhmät, jotka tarvitsevat AMS-ohjelmistopaketin muita moduuleja, voivat hankkia itselleen lisenssin ohjelmien ajamiseen CSC:n tietokoneilla.

Käyttö

Alusta AMS:

module load ams/2025.105

Esimerkkieräajokomennostot

Huom

Erityisesti jotkin ominaisuuslaskennat voivat olla hyvin levy-I/O-intensiivisiä. Tällaiset työt hyötyvät nopean paikallisen tallennustilan (NVMe) käytöstä Puhdissa tai Mahdissa. Paikallisen levyn käyttö tällaisissa töissä vähentää myös Lustre-rinnakkaistiedostojärjestelmän kuormitusta.

PuhtiPuhti, local diskMahtiMahti, local disk

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=test
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=40      # MPI tasks per node
#SBATCH --account=yourproject     # insert here the project to be billed 
#SBATCH --time=00:15:00           # time as `hh:mm:ss`
#SBATCH --mem-per-cpu=1500        # requested memory per process in MB
module purge
module load ams/2025.105
export SCM_TMPDIR=$PWD/$SLURM_JOB_ID
mkdir -p $SCM_TMPDIR
# Create an example input file from the examples 
sed '1,4d;$d;/Print/,/End/d' $AMSHOME/examples/Benchmarks/ADF/Si35_TZ2P/Si35_TZ2P.run  > ./Si35_TZ2P.inp
"$AMSBIN/ams" < ./Si35_TZ2P.inp > ./Si35_TZ2P.log

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=large
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=40      # MPI tasks per node
#SBATCH --account=yourproject     # insert here the project to be billed
#SBATCH --time=00:15:00           # time as `hh:mm:ss`
#SBATCH --mem-per-cpu=1500        # requested memory per process in MB
#SBATCH --gres=nvme:100           # requested local disk space in GB
module load ams/2025.105
export SCM_TMPDIR=$LOCAL_SCRATCH
# Create an example input file from the examples
sed '1,4d;$d;/Print/,/End/d' $AMSHOME/examples/Benchmarks/ADF/Si35_TZ2P/Si35_TZ2P.run  > ./Si35_TZ2P.inp
"$AMSBIN/ams" < ./Si35_TZ2P.inp > ./Si35_TZ2P.log

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=medium
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=128 # MPI tasks per node
#SBATCH --account=yourproject # insert here the project to be billed
#SBATCH --time=00:20:00       # time as `hh:mm:ss`
module purge
module load ams/2025.105
export SCM_TMPDIR=$PWD/$SLURM_JOB_ID
mkdir -p $SCM_TMPDIR

# Create an example input file from the examples
sed '1,4d;$d;/Print/,/End/d' $AMSHOME/examples/Benchmarks/ADF/Si35_TZ2P/Si35_TZ2P.run  > ./Si35_TZ2P.inp
"$AMSBIN/ams" < ./Si35_TZ2P.inp > ./Si35_TZ2P.log

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=128 # MPI tasks per node
#SBATCH --account=yourproject # insert here the project to be billed
#SBATCH --time=00:20:00       # time as `hh:mm:ss`
#SBATCH --gres=nvme:100
module purge
module load ams/2025.105
export SCM_TMPDIR=$LOCAL_SCRATCH
mkdir -p $SCM_TMPDIR

# Create an example input file from the examples
sed '1,4d;$d;/Print/,/End/d' $AMSHOME/examples/Benchmarks/ADF/Si35_TZ2P/Si35_TZ2P.run  > ./Si35_TZ2P.inp
"$AMSBIN/ams" < ./Si35_TZ2P.inp > ./Si35_TZ2P.log

AMS-GUI

AMS:n mukana tulee integroitu graafinen käyttöliittymä, AMS-GUI, joka tekee mallinnustehtävien määrittämisestä, ajamisesta ja analysoinnista helppoa. Voit testata käyttöliittymää Puhdin selainkäyttöliittymän kautta, mutta laajempaan käyttöön suosittelemme asentamaan käyttöliittymän omalle kannettavalle tietokoneellesi tai työasemallesi. Yksityiskohtaiset ohjeet löydät AMS-GUI-dokumentaatiosta.

Viitteet

Käytöstäsi riippuen varmista, että viittaat asianmukaisesti AMS-ajuriin, käytettyihin laskentamoottoreihin sekä ominaisuuksien viitteisiin. Lisätietoja on asiaankuuluvassa AMS-dokumentaatiossa