AMS

Amsterdam Modeling Suite (AMS) on kattava laskennallisen kemian ohjelmistopaketti. Sen mukana tulee graafinen käyttöliittymä, AMS-GUI, joka tarjoaa intuitiivisen tavan simulaatioiden määrittämiseen, ajamiseen ja analysointiin.

Saatavuus

Roihu-CPU: AMS, versio 2026.104

Lisenssi

Lisenssi oikeuttaa ohjelmiston käyttöön kaikki akateemiset tutkijat ja opiskelijat akateemisessa instituutissa, jossa "Academic" tarkoittaa "tutkintoja myöntävään instituuttiin kuuluvaa".
Lisenssi ei sisällä oikeutta ohjelmiston käyttöön valtion laboratorioiden työntekijöille tai muiden ei-akateemisten voittoa tavoittelemattomien tutkimuslaitosten työntekijöille.
Lisenssi sallii vain voittoa tavoittelemattoman ei-kaupallisen käytön.
Lisenssi sulkee pois kaiken sopimustutkimuksen, rojaltituloja tuottavan toiminnan ja muun rahalliseen hyötyyn johtavan toiminnan.
Tutkimusryhmät, jotka tarvitsevat AMS-ohjelmistopaketin muita moduuleja, voivat hankkia itselleen lisenssin ohjelmien ajamiseen CSC:n tietokoneilla.

Käyttö

Alusta AMS Roihu-CPU:ssa:

module load ams/2026.104

Esimerkkieräajokomennostot

Huomio

Erityisesti jotkin ominaisuuslaskennat voivat olla hyvin levy-I/O-intensiivisiä. Tällaiset ajot hyötyvät nopean paikallisen tallennustilan (NVMe) käytöstä Roihussa. Paikallisen levyn käyttö tällaisissa ajoissa vähentää myös Lustre-rinnakkaistiedostojärjestelmän kuormitusta.

Roihu-CPURoihu-CPU, local diskRoihu-CPU, disaggregated NVMe

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=128              # MPI tasks
#SBATCH --account=yourproject     # insert here the project to be billed
#SBATCH --time=00:20:00           # time as `hh:mm:ss`
#SBATCH --mem-per-cpu=1500M       # requested memory per process
module purge
module load ams/2026.104
export SCM_TMPDIR=$PWD/$SLURM_JOB_ID
mkdir -p $SCM_TMPDIR
# Create an example input file from the examples
sed '1,4d;$d;/Print/,/End/d' $AMSHOME/examples/Benchmarks/ADF/Si35_TZ2P/Si35_TZ2P.run > ./Si35_TZ2P.inp
"$AMSBIN/ams" < ./Si35_TZ2P.inp > ./Si35_TZ2P.log

Ydinten määrän valinta Roihu-CPU:ssa

Roihun M-solmuissa on 384 ydintä, mutta ADF ei skaalaudu tehokkaasti koko solmulle tyypillisissä ajoissa. Alla oleva taulukko näyttää Si35_TZ2P- vertailuajon skaalautuvuuden — huomaa, että skaalautuvuus riippuu vahvasti järjestelmästä ja mallista, joten näitä lukuja tulisi käyttää ohjeellisina eikä absoluuttisina arvoina. 128–192 ydintä tarjoaa parhaan tasapainon tehokkuuden ja nopeuden välillä tässä tapauksessa. Tämän jälkeen seinäkelloaika paranee tuskin lainkaan, kun taas muistinkäyttö ja laskutuskustannukset kasvavat merkittävästi. Koko solmun ajoissa käytä paikallista NVMe-väliaikaistallennustilaa (katso "Roihu-CPU, local disk" -välilehdet), jotta AMS:n rank-kohtaisten väliaikaistiedostojen aiheuttama I/O-kilpailu vältetään.

MPI-rankit	CPU-tehokkuus	Seinäkelloaika
48	~95%	~437 s
96	~91%	~385 s
128	~90%	~302 s
192	~85%	~252 s
384 (koko solmu)	~75%	~247 s

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=128              # MPI tasks
#SBATCH --account=yourproject     # insert here the project to be billed
#SBATCH --time=00:20:00           # time as `hh:mm:ss`
#SBATCH --mem-per-cpu=1500M       # requested memory per process
module purge
module load ams/2026.104
# On Roihu, local NVMe scratch is available via $TMPDIR (no --gres flag needed)
export SCM_TMPDIR=$TMPDIR/ams_$SLURM_JOB_ID
mkdir -p $SCM_TMPDIR
# Create an example input file from the examples
sed '1,4d;$d;/Print/,/End/d' $AMSHOME/examples/Benchmarks/ADF/Si35_TZ2P/Si35_TZ2P.run > ./Si35_TZ2P.inp
"$AMSBIN/ams" < ./Si35_TZ2P.inp > ./Si35_TZ2P.log

Katso myös

Katso "Roihu-CPU" -välilehdeltä suositukset ydinten määrälle. Jos koko solmun ajo vaatii maksimaalista I/O-suorituskykyä, harkitse hajautettua NVMe-vaihtoehtoa "Roihu-CPU, disaggregated NVMe" -välilehdellä.

$TMPDIR:ssä käytettävissä olevan paikallisen NVMe-levytilan enimmäismäärä riippuu Slurm-osiosta ja solmutyypistä. Jaetuilla solmuilla (esim. small- ja longrun-osioissa) käytettävissäsi on 20 GiB väliaikaistallennustilaa. Kokonaisilla solmuilla (medium- ja large-osioissa) käytettävissäsi on 600 GiB paikallista tallennustilaa. Katso lisätietoja Roihun tallennusdokumentaatiosta.

Hajautettu NVMe Roihussa

Roihu tarjoaa keskitetyn poolin nopeaa NVMe-tallennustilaa, jota palvellaan InfiniBand NDR:n yli. I/O-intensiivisissä koko solmun ajoissa tämä voi tarjota paremman suorituskyvyn kuin sekä Lustre scratch että solmukohtainen $TMPDIR. Se on käytettävissä kaikissa osioissa, ja sitä voi pyytää Slurmin --bb-valinnalla käyttäen #BB_LUA burst-buffer-määrittelyä. Katso Roihun levyalueet täydet tiedot.

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=medium
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=384     # full node
#SBATCH --account=yourproject     # insert here the project to be billed
#SBATCH --time=00:20:00           # time as `hh:mm:ss`
#SBATCH --bb="#BB_LUA SBF storagesize=100GB path=/sbf/data"
module purge
module load ams/2026.104
# Disaggregated NVMe is mounted at /sbf/data as requested above
export SCM_TMPDIR=/sbf/data/ams_$SLURM_JOB_ID
mkdir -p $SCM_TMPDIR
# Create an example input file from the examples
sed '1,4d;$d;/Print/,/End/d' $AMSHOME/examples/Benchmarks/ADF/Si35_TZ2P/Si35_TZ2P.run > ./Si35_TZ2P.inp
"$AMSBIN/ams" < ./Si35_TZ2P.inp > ./Si35_TZ2P.log

Si35_TZ2P:n vertailutulokset 384 rankilla

Vertailumittaukset osoittivat, että hajautettu NVMe tarjoaa parhaan suorituskyvyn koko solmun ADF-ajoille ja päihittää sekä Lustre scratchin että solmukohtaisen $TMPDIR:n:

Väliaikaistallennuksen sijainti	Seinäkelloaika	CPU-tehokkuus	Laskutusyksiköt
Lustre scratch	~247 s	~75%	~20 BU
`$TMPDIR` (solmukohtainen)	~230 s	~91%	~19 BU
Hajautettu NVMe	~190 s	~89%	~15 BU

Huomaa, että skaalautuvuus riippuu vahvasti järjestelmästä ja mallista. Katso "Roihu-CPU" -välilehdeltä ohjeita ydinten määrän valintaan.

AMS-GUI

AMS:n mukana tulee integroitu graafinen käyttöliittymä, AMS-GUI, joka tekee mallinnustehtävien määrittämisestä, ajamisesta ja analysoinnista helppoa. Voit testata käyttöliittymää Roihun selainkäyttöliittymän kautta, mutta laajempaan käyttöön suosittelemme asentamaan käyttöliittymän omalle kannettavalle tietokoneellesi tai työasemallesi. Yksityiskohtaiset ohjeet löydät AMS-GUI-dokumentaatiosta.

Viitteet

Käytöstäsi riippuen varmista, että viittaat asianmukaisesti AMS-ajuriin, käytettyihin laskentamoottoreihin sekä ominaisuuksien viitteisiin. Lisätietoja on asiaankuuluvassa AMS-dokumentaatiossa