ClustalW

ClustalW on klassinen ohjelma nukleiinihappo- ja proteiinisekvenssien monikohdistukseen. Suurten kohdistusten tapauksessa kannattaa harkita nopeampaa Clustal Omegaa.

ClustalW

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU LGPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 2.1, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

ClustalW on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten ClustalW-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load clustalw/2.1

Ohjelmaa ajetaan komennolla clustalw2. Esimerkiksi tiedostossa olevien sekvenssien kohdistaminen:

clustalw2 -infile=sequences.fasta -outfile=aligned.aln

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=clustalw
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=4G

module load bio-apps/v202603
module load clustalw/2.1

clustalw2 -infile=sequences.fasta -outfile=aligned.aln

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

ClustalW EBI:ssä