Hyppää sisältöön

Geoconda

Page undergoing cleanup after Puhti and Mahti retirement

This page contains outdated references to Puhti and/or Mahti, which have now been decommissioned. The page is undergoing changes to reflect CSC's new supercomputer Roihu.

Learn more about Roihu.

Geoconda on kokoelma Python-paketteja, jotka helpottavat Python-skriptien kehittämistä geoinformatiikan sovelluksiin. Se sisältää seuraavat Python-paketit:

Lisäksi geoconda sisältää:

  • jupyter - Jupyter Notebookit ja JupyterLabin. Käytä Mahdin selainkäyttöliittymästä ja Jupyter-sovelluksesta. Sisältää Dask-laajennuksen ja Resource usage -laajennuksen.
  • spyder - tieteellinen Python-kehitysympäristö graafisella käyttöliittymällä (samankaltainen kuin RStudio R:lle). Ei versiossa 3.14.3.
  • GDAL/OGR komentorivityökalut
  • GMT The Generic Mapping Tools
  • landsatlinks - Landsat Collection 2 Level 1 -tuotepakettien lataus-URL-osoitteiden luomiseen USGS/EROS Machine-to-Machine API:n avulla. Käytä komentoa python -m landsatlinks. Ei versiossa 3.14.3.
  • PDAL - Point Data Abstraction Library
  • ncview netcdf-tiedostojen visualisointiin. Ei versiossa 3.14.3. Käytä ncview-moduulia.
  • psy-view netcdf-tiedostojen visualisointiin. Ei versiossa 3.14.3.

Pythonissa on useita paketteja rinnakkaislaskentaan, esimerkiksi multiprocessing, joblib ja dask. Roihu Python -esimerkeissämme on esimerkkejä siitä, miten näitä eri rinnakkaistamiskirjastoja voidaan hyödyntää.

Jos mielestäsi jokin tärkeä Pythonin GIS-paketti puuttuu täältä, voit pyytää sen asennusta CSC:n asiakastuesta.

Saatavuus

geoconda-moduuli on saatavilla:

  • 3.14.4 (Python 3.14.4, PDAL 2.10.0, GDAL 3.12.2, luotu toukokuussa 2026), LUMIssa
  • 3.14.3 (Python 3.14.3, PDAL 2.10.0, GDAL 3.12.2, luotu maaliskuussa 2026), Mahdissa
  • 3.11.10 (Python 3.11.10, PDAL 2.8.0, GDAL 3.9.2, luotu marraskuussa 2024), LUMIssa.
  • 3.11.9 (Python 3.11.9, PDAL 2.7.2, GDAL 3.9.1, luotu elokuussa 2024), Mahdissa.
  • 3.10.6 (Python 3.10.6, PDAL 2.4.1, GDAL 3.5.0, luotu syyskuussa 2022), Mahdissa.

Versionumero on sama kuin Pythonin versio.

Roihussa geocondan nimi on muutettu muotoon python-geo

Käyttö

Kun käytät LUMIa, suorita ensin tämä:

module use /appl/local/csc/modulefiles

Yllä lueteltujen Python-pakettien ja muiden työkalujen käyttöön voit alustaa ne komennolla:

module load geoconda

Oletuksena ladataan uusin geoconda-moduuli. Jos haluat tietyn version, voit määrittää geocondan versionumeron:

module load geoconda/[VERSION]

Ladatun moduulin sisältämät tarkat paketit ja versiot voit tarkistaa komennolla:

list-packages

Voit lisätä lisää Python-paketteja geocondaan noudattamalla ohjeita Pythonin käyttöoppaassamme.

Voit muokata Python-koodiasi seuraavilla tavoilla:

Spyderin avaaminen Mahdin tai LUMIn selainkäyttöliittymässä etätyöpöydällä:

  1. Kirjaudu Mahtiin tai LUMIin selainkäyttöliittymässä.
  2. Avaa etätyöpöytä: Apps -> Desktop.
  3. Etätyöpöydän käynnistämisen jälkeen:
    • Mahdissa avaa Terminal (työpöytäkuvake)
    • LUMIssa avaa Terminal Emulator vasemman alakulman valikosta
  4. Käynnistä Spyder:
    • Muista LUMIssa suorittaa ensin module use /appl/local/csc/modulefiles
module load geoconda
spyder

r5py-muistiasetukset

r5py ei oletuksena ymmärrä oikein, kuinka paljon muistia sillä on käytettävissä supertietokoneessa, joten se täytyy määrittää käsin. Se käyttää taustalla Javaa, joten lisää ympäristömuuttuja asettamaan Javalle käytettävissä oleva enimmäismuisti:

  • export _JAVA_OPTIONS="-Xmx4g" komentorivillä ennen Pythonin käynnistämistä TAI
  • os.environ["_JAVA_OPTIONS"] = "-Xmx4g" Python-koodisi alkuun.

Allaksen tai LUMI-O:n käyttö Pythonista

Geocondaan on asennettu kaksi Python-kirjastoa, jotka voivat olla yhteydessä Altaaseen tai LUMI-O:hon. Swiftclient käyttää swift-protokollaa ja boto3 käyttää S3-protokollaa. Löydät CSC:n esimerkkejä molempien käytöstä täältä.

On myös mahdollista lukea ja kirjoittaa tiedostoja suoraan Altaasta tai muusta pilvipohjaisesta objektitallennuksesta GDAL-pohjaisilla paketeilla, kuten geopandas ja rasterio. Katso ohjeet ja esimerkit Paikkatiedostojen käyttö suoraan pilvestä, mukaan lukien Allas -ohjeestamme.

Suurten rasteridatamäärien kanssa kannattaa harkita virtuaalirasterien käyttöä.

Lisenssi

Kaikki paketit on lisensoitu erilaisilla vapailla ja avoimen lähdekoodin lisensseillä (FOSS), katso tarkat tiedot yllä linkitetyiltä sivuilta.

Viittaaminen

Katso viittaustiedot pakettikohtaisesti yllä linkitetyiltä pakettisivuilta.

Kiitokset

Mainitse CSC ja Geoportti julkaisuissasi; tämä on tärkeää projektin jatkuvuuden ja rahoitusraporttien kannalta. Voit esimerkiksi kirjoittaa: "The authors wish to thank CSC - IT Center for Science, Finland (urn:nbn:fi:research-infras-2016072531) and the Open Geospatial Information Infrastructure for Research (Geoportti, urn:nbn:fi:research-infras-2016072513) for computational resources and support".

Asennus

Geoconda asennettiin Mahtiin käyttäen Tykkyn conda-containerize-toiminnallisuutta. LUMIssa Geoconda asennettiin käyttäen LUMI container wrapperia. Työkalujen toiminnallisuus on lähes identtinen, mutta --post-valinta on LUMI container wrapperissa --post-install. WhiteboxToolsin conda-paketti asentaa vain WhiteboxToolsin asennustyökalun, joten WhiteboxToolsin oikea asennus vaati täydentävän asennuksen jälkeisen komennon ja kansion komentorivityökalujen käärimiseen.

conda-containerize new --mamba --prefix install_dir --post download_wbt -w miniconda/envs/env1/lib/python3.11/site-packages/whitebox/WBT/whitebox_tools geoconda_3.11.10.yml

Geocondan conda-ympäristötiedostot sekä WhiteboxToolsiin tarvittavat download_wbt ja start_wbt.py ovat saatavilla CSC:n geolaskennan repositoriossa. Huomaa, että toistettavuuden vuoksi sinun täytyy määrittää pakettiversiot ympäristötiedostossa; ne voi tarkistaa Mahdissa komennolla list-packages geoconda-moduulin lataamisen jälkeen.

Viitteet

Onko tämä sivu hyödyllinen?
Kiitos palautteestasi!
Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Kerro meille miten voisimme parantaa tätä sivua ottamalla meihin yhteyttä .

Yhteystiedot
CSC – Tieteen tietotekniikan keskus oy
PL 405, 02101 Espoo
(09) 457 2001 (vaihde)
Tarkemmat yhteystiedot sivustolla CSC.fi
Asiakaspalvelu
Päivystys ma–pe klo 8.30–16
Info

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.