Hyppää sisältöön

Docs CSC now features an automatic Finnish translation. Click here for more information.

Warning!

Puhti and Mahti are being decommissioned in stages, and their storage areas will become fully unavailable from 15 October 2026. Clean up unnecessary files and move any data you need to keep by 31 August 2026. See the Roihu data migration guide for instructions on transferring your data to Roihu.

Puhti computing services have been decommissioned and no new jobs are accepted or executed on its compute nodes. Puhti login nodes and storage services are planned to remain available until 15 October 2026.

Geoconda

Geoconda on kokoelma Python-paketteja, jotka helpottavat Python-skriptien kehittämistä geoinformatiikan sovelluksiin. Se sisältää seuraavat Python-paketit:

Lisäksi geoconda sisältää:

Pythonissa on useita paketteja rinnakkaislaskentaan, esimerkiksi multiprocessing, joblib ja dask. Roihu Python -esimerkeissämme on esimerkkejä siitä, miten näitä eri rinnakkaistuskirjastoja voidaan hyödyntää.

Jos mielestäsi jokin tärkeä Pythonin GIS-paketti puuttuu tästä, voit pyytää sen asennusta CSC:n Service Deskiltä.

Saatavuus

geoconda-moduuli on saatavilla:

  • 3.14.4 (Python 3.14.4, PDAL 2.10.0, GDAL 3.12.2, luotu toukokuussa 2026), LUMIssa
  • 3.14.3 (Python 3.14.3, PDAL 2.10.0, GDAL 3.12.2, luotu maaliskuussa 2026), Mahdissa
  • 3.11.10 (Python 3.11.10, PDAL 2.8.0, GDAL 3.9.2, luotu marraskuussa 2024), LUMIssa.
  • 3.11.9 (Python 3.11.9, PDAL 2.7.2, GDAL 3.9.1, luotu elokuussa 2024), Mahdissa.
  • 3.10.6 (Python 3.10.6, PDAL 2.4.1, GDAL 3.5.0, luotu syyskuussa 2022), Mahdissa.

Versionumero on sama kuin Python-versio.

Roihussa geoconda on nimetty uudelleen muotoon python-geo

Käyttö

Kun käytät LUMIa, suorita ensin tämä:

module use /appl/local/csc/modulefiles

Yllä lueteltujen Python-pakettien ja muiden työkalujen käyttöön voit alustaa ne komennolla:

module load geoconda

Oletuksena ladataan uusin geoconda-moduuli. Jos haluat tietyn version, voit määrittää geocondan versionumeron:

module load geoconda/[VERSION]

Voit tarkistaa ladattuun moduuliin sisältyvät tarkat paketit ja versiot komennolla:

list-packages

Voit lisätä lisää Python-paketteja geocondaan noudattamalla ohjeita Pythonin käyttöoppaassamme.

Voit muokata Python-koodiasi seuraavilla tavoilla:

Spyderin avaaminen Mahdin tai LUMIn selainkäyttöliittymässä etätyöpöydällä:

  1. Kirjaudu Mahtiin tai LUMIin selainkäyttöliittymässä.
  2. Avaa etätyöpöytä: Apps -> Desktop.
  3. Etätyöpöydän käynnistämisen jälkeen:
    • Mahdissa avaa Terminal (työpöytäkuvake)
    • LUMIssa avaa Terminal Emulator vasemman alakulman valikosta
  4. Käynnistä spyder:
    • Muista LUMIssa suorittaa ensin module use /appl/local/csc/modulefiles
module load geoconda
spyder

r5py-muistiasetukset

r5py ei oletusarvoisesti ymmärrä oikein, kuinka paljon muistia sillä on käytettävissä supertietokoneessa, joten se täytyy määrittää käsin. Se käyttää taustalla Javaa, joten lisää ympäristömuuttuja asettamaan Javalle käytettävissä oleva enimmäismuisti:

  • export _JAVA_OPTIONS="-Xmx4g" komentorivillä ennen Pythonin käynnistämistä TAI
  • os.environ["_JAVA_OPTIONS"] = "-Xmx4g" Python-koodisi alkuun.

Allaksen tai LUMI-O:n käyttäminen Pythonista

Geocondaan on asennettu kaksi Python-kirjastoa, jotka voivat olla vuorovaikutuksessa Allaksen tai LUMI-O:n kanssa. Swiftclient käyttää swift-protokollaa ja boto3 käyttää S3-protokollaa. Löydät CSC:n esimerkkejä molempien käytöstä täältä.

On myös mahdollista lukea ja kirjoittaa tiedostoja Allaksesta ja Altaaseen tai muusta pilviobjektitallennuksesta suoraan GDAL-pohjaisilla paketeilla, kuten geopandas ja rasterio. Katso ohjeet ja esimerkit Paikkatiedostojen käyttö suoraan pilvestä, mukaan lukien Allas -ohjeestamme.

Suurten rasteridatamäärien kanssa kannattaa harkita virtuaalirasterien käyttöä.

Lisenssi

Kaikki paketit on lisensoitu erilaisilla vapailla ja avoimen lähdekoodin lisensseillä (FOSS), katso yllä linkitetyiltä sivuilta tarkat tiedot.

Viittaaminen

Katso yllä linkitetyiltä pakettisivuilta pakettikohtaiset viittaustiedot.

Kiitokset

Mainitse julkaisuissasi CSC ja Geoportti; tämä on tärkeää projektin jatkuvuuden ja rahoitusraporttien kannalta. Voit esimerkiksi kirjoittaa: "The authors wish to thank CSC - IT Center for Science, Finland (urn:nbn:fi:research-infras-2016072531) and the Open Geospatial Information Infrastructure for Research (Geoportti, urn:nbn:fi:research-infras-2016072513) for computational resources and support".

Asennus

Geoconda asennettiin Mahtiin käyttäen Tykkyn conda-containerize-toiminnallisuutta. LUMIssa Geoconda asennettiin käyttäen LUMI container wrapperia. Työkalujen toiminnallisuus on lähes identtinen, ja --post-valitsin on LUMI container wrapperissa --post-install. WhiteboxToolsin conda-paketti asentaa vain WhiteboxToolsin asennustyökalun, joten WhiteboxToolsin oikea asennus vaati lisäksi asennuksen jälkeisen komennon ja kansion komentorivityökalujen käärimiseen.

conda-containerize new --mamba --prefix install_dir --post download_wbt -w miniconda/envs/env1/lib/python3.11/site-packages/whitebox/WBT/whitebox_tools geoconda_3.11.10.yml

Geocondan conda-ympäristötiedostot sekä WhiteboxToolsille tarvittavat download_wbt ja start_wbt.py ovat saatavilla CSC:n geolaskennan repositoriossa. Huomaa, että toistettavuuden vuoksi sinun tulee määrittää pakettiversiot ympäristötiedostossa; ne voi tarkistaa Mahdissa list-packages-komennolla geoconda-moduulin lataamisen jälkeen.

Viitteet

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.