Opastusmateriaalit
Yleistä
- CSC:n superlaskennan käytön aloittaminen
- Kvanttitietokoneiden käytön aloittaminen
- Datan hallinta Puhdin ja Mahdin scratch-levyillä
- CSC:n pikaopas (pdf)
- Linuxin perusteet CSC:llä
- Interaktiivisten ja eräajojen käytännön harjoitus Puhdissa
- csc-env-komennon käyttö
- Skriptien etäkehittäminen
- CSC:n HPC-ympäristön tehokas käyttö
- Olemassa olevien konttien ajaminen Puhdissa
- Levykäytön tarkistaminen Luella
- Julia-ajojen suorittaminen Puhdin ja Mahdin klustereilla
- Pythonin käyttö CSC:n supertietokoneilla
- SSH-avainten käyttöönotto CSC:llä
Roihu
- Roihun käytön aloittaminen
- Valmistautuminen Roihuun: datanhallinta ja väliaikaiset tallennusvaihtoehdot
Työkalujen asennus supertietokoneille
Suorituskyky ja suuren läpimenon työnvuot
- Yleiset suuren läpimenon ohjeet
- Rinnakkaisen I/O:n optimointi
- Dask ja rinnakkainen Python
- HyperQueue-meta-ajastin
- FireWorks-työvuojen hallintaohjelma
- Monien lyhyiden ajojen suorittaminen GNU Parallelilla
- Nextflow-putkien ajaminen
- Snakemake-putkien ajaminen Puhdissa
Resurssit kursseille
- Kurssin järjestäminen CSC:n palveluilla
- Puhdin selainkäyttöliittymän demo kurssijärjestäjille
- Noppe-ympäristö mukautettujen notebookien luomiseen
Allas
- Altaan käyttö interaktiivisesti Puhdissa ja Mahdissa
- Altaan käyttö eräajoissa
- Altaan käyttö aineiston isännöintiin tutkimusprojektia varten
- Työkalut asiakaspuolen salaukseen Altaassa
- Altaan käyttö LUMI-supertietokoneelta
Bioinformatiikka
- Pakettien asentaminen Biocondasta Tykyn avulla
- Singularity-sovellukset Puhdissa
- MaxQuantin ajaminen Puhdissa
- Schrödinger Maestro Puhdin edistynyt opas
- Schrödingerin GPU-kiihdytetty seulonta Molport-tietokannalle
- Ensimmäisen ajosi suorittaminen Puhdissa
Kemia
- Gaussian-ajojen viljely HyperQueuella
- Gabeditin käyttö Gaussian-ajoihin Puhdissa
- Suuren läpimenon laskenta GROMACSilla
- Kevätkoulu laskennallisesta kemiasta
Data-analyysi
- Data-analyysin opas
- Rinnakkaisen R:n käytön aloittaminen
- RStudion tai Jupyter-notebookien käyttö Puhdissa
Geoinformatiikka
- Johdanto geolaskentaan CSC:n laskentaympäristössä
- Maan havainnoinnin (EO) opas
- Paikkatietotiedostojen käyttö suoraan pilvestä, mukaan lukien Allas
- GDAL-opastus
- Virtuaalirasterit
- Ohjelmistokohtaiset opastukset ja esimerkit löytyvät vastaavilta ohjelmistosivuilta
Koneoppiminen ja tekoäly
- Koneoppimisen opas, mitä CSC-palvelua käyttää koneoppimiseen
- Koneoppimisen käytön aloittaminen CSC:llä
- GPU-kiihdytetty koneoppiminen
- Datan tallennus koneoppimista varten
- Monen GPU:n ja monen solmun koneoppiminen
- Hyperparametrien haku
- Koneoppimisen työnkulkujen hallinta CSC:n supertietokoneilla
- Suurten kielimallien käyttö supertietokoneilla
Pouta - pilvi
Poudan opastusmateriaalit löytyvät kohdasta Pilvipalvelut > Pouta > Opastusmateriaalit
Pukki - tietokantapilvi
Rahti - konttipilvi
Rahdin opastusmateriaalit löytyvät kohdasta Pilvipalvelut > Rahti > Opastusmateriaalit
Sensitiivinen data
- Altaan käyttö sensitiivisen datan siirtämiseen
- Väliaikaisen PostgreSQL-tietokannan ajaminen SD Desktopissa