Oppaat
Yleistä
- Superlaskennan käytön aloittaminen CSC:llä
- Kvanttitietokoneiden käytön aloittaminen
- Datan hallinta Puhdin ja Mahdin scratch-levyillä
- CSC:n pikaopas (pdf)
- Linuxin perusteet CSC:llä
- Interaktiivisten ja eräajojen käytännön harjoitus Puhdissa
- csc-env-komennon käyttö
- Skriptien kehittäminen etäyhteydellä
- CSC:n HPC-ympäristön tehokas käyttö
- Olemassa olevien konttien ajaminen Puhdissa
- Levykäytön tarkistaminen Luella
- Julia-ajojen suorittaminen Puhdin ja Mahdin klustereilla
- Pythonin käyttö CSC:n supertietokoneilla
- SSH-avainten käyttöönotto CSC:llä
Roihu
Työkalujen asennus supertietokoneille
Suorituskyky ja suuren läpimenon työnkulut
- Yleiset suuren läpimenon ohjeet
- Rinnakkaisen I/O:n optimointi
- Dask ja rinnakkainen Python
- HyperQueue-meta-ajastin
- FireWorks-työvuojen hallintaohjelma
- Monien lyhyiden ajojen suorittaminen GNU Parallelilla
- Nextflow-putkien ajaminen
- Snakemake-putkien ajaminen Puhdissa
Resurssit kursseille
- Kurssin järjestäminen CSC:n palveluilla
- Puhdin selainkäyttöliittymän demo kurssien järjestäjille
- Noppe-ympäristö mukautettujen notebookkien luomiseen
Allas
- Altaan käyttö interaktiivisesti Puhdissa ja Mahdissa
- Altaan käyttö eräajoissa
- Altaan käyttö aineiston isännöintiin tutkimusprojektia varten
- Työkalut asiakaspuolen salaukseen Altaalle
- Altaan käyttö LUMI-supertietokoneelta
Bioinformatiikka
- Pakettien asentaminen Biocondasta Tykyn avulla
- Singularity-sovellukset Puhdissa
- MaxQuantin ajaminen Puhdissa
- Schrödinger Maestro Puhdin edistynyt opas
- Schrödingerin GPU-tehostettu Molport-tietokannan seulonta
- Ensimmäisen ajosi suorittaminen Puhdissa
Kemia
- Gaussian-ajojen hallinta HyperQueuella
- Gabeditin käyttö Gaussian-ajoihin Puhdissa
- Suuren läpimenon laskenta GROMACSilla
- Computational Chemistry -kevätkoulu
Data-analyysi
- Data-analyysin opas
- Rinnakkaisen R:n käytön aloittaminen
- RStudion tai Jupyter-notebookkien käyttö Puhdissa
Geoinformatiikka
- Johdatus geolaskentaan CSC:n laskentaympäristössä
- Maan havainnoinnin (EO) opas
- Paikkatietotiedostojen käyttö suoraan pilvestä, mukaan lukien Allas
- GDAL-opas
- Virtuaalirasterit
- Ohjelmistokohtaiset oppaat ja esimerkit löytyvät vastaavilta ohjelmistosivuilta
Koneoppiminen ja tekoäly
- Koneoppimisen opas: mitä CSC-palvelua käyttää koneoppimiseen
- Koneoppimisen käytön aloittaminen CSC:llä
- GPU-kiihdytetty koneoppiminen
- Datan tallennus koneoppimista varten
- Moni-GPU- ja monisolmuinen koneoppiminen
- Hyperparametrien haku
- Koneoppimisen työnkulkujen hallinta CSC:n supertietokoneilla
- Suurten kielimallien käyttö supertietokoneilla
Pouta - pilvi
Poudan oppaat löytyvät kohdasta Pilvipalvelut > Pouta > Oppaat
Pukki - tietokantapilvi
Rahti - konttipilvi
Rahdin oppaat löytyvät kohdasta Pilvipalvelut > Rahti > Oppaat
Sensitiivinen data
- Altaan käyttö sensitiivisen datan siirtämiseen
- Väliaikaisen PostgreSQL-tietokannan ajaminen SD Desktopissa