Oppaat
Yleistä
- Superlaskennan käytön aloittaminen CSC:llä
- Kvanttitietokoneiden käytön aloittaminen
- Datan hallinta supertietokoneiden scratch-levyillä
- CSC:n pikaopas (pdf)
- Linuxin perusteet CSC:llä
- Interaktiivisten ja eräajojen käytännön harjoitus Roihussa
csc-env-komennon käyttö- Skriptien etäkehittäminen
- CSC:n HPC-ympäristön tehokas käyttö
- Olemassa olevien konttien ajaminen Puhdissa
- Levytilan käytön tarkistaminen Luella
- Julia-eräajojen suorittaminen CSC:n klustereilla
- Pythonin käyttö CSC:n supertietokoneilla
- SSH-avainten käyttöönotto CSC:llä
- CSC:n laskentaympäristön käyttö LLM-koodausagenttien kanssa
Roihu
- Roihun käytön aloittaminen
- Roihun datamigraatio-opas
- Valmistautuminen Roihuun: datanhallinta ja väliaikaiset tallennusvaihtoehdot
Työkalujen asentaminen supertietokoneille
- Ohjelmistojen asentaminen Spackilla
- Ohjelmistojen asentaminen Spackilla Roihussa
- Condan parhaat käytännöt
Suorituskyky ja suuren läpimenon työnvuot
- Yleiset suuren läpimenon ohjeet
- CPU-affiniteetin tarkastelu ja hallinta
- Rinnakkaisen I/O:n optimointi
- Dask ja rinnakkainen Python
- HyperQueue-meta-ajastin
- FireWorks-työvuojen hallintaohjelma
- Monien lyhyiden ajojen suorittaminen GNU Parallelilla
- Nextflow-putkien ajaminen
- Snakemake-putkien ajaminen Puhdissa
Resurssit kursseille
- Kurssin järjestäminen CSC:n palveluilla
- Puhdin selainkäyttöliittymädemo kurssien järjestäjille
- Noppe-ympäristö mukautettujen muistikirjojen luomiseen
Allas
- Altaan käyttö interaktiivisesti Roihussa
- Altaan käyttö eräajoissa
- Altaan käyttö aineiston isännöintiin tutkimusprojektia varten
- Työkalut asiakaspuolen salaukseen Altaassa
- Altaan käyttö LUMI-supertietokoneelta
Bioinformatiikka
- Pakettien asentaminen Biocondasta Tykyn avulla
- Singularity-sovellukset Puhdissa
- MaxQuantin ajaminen Puhdissa
- Schrödinger Maestro Puhti -edistynyt opas
- Schrödingerin GPU-kiihdytetty seulonta Molport-tietokannalle
- Ensimmäisen ajosi suorittaminen Puhdissa
Kemia
- Gaussian-ajojen farmitus HyperQueuella
- Gabeditin käyttö Gaussian-ajoihin Puhdissa
- Suuren läpimenon laskenta GROMACSilla
- Laskennallisen kemian kevätkoulu
Data-analyysi
- Rinnakkaisen R:n käytön aloittaminen
- Rinnakkaisen R:n eräajoesimerkkejä
- RStudion tai Jupyter-muistikirjojen käyttö Roihussa
Geoinformatiikka
- Johdanto geolaskentaan CSC:n laskentaympäristössä
- Maan havainnoinnin (EO) opas
- Paikkatietotiedostojen käyttö suoraan pilvestä, mukaan lukien Allas
- GDAL-opas
- Virtuaalirasterit
- Ohjelmistokohtaiset oppaat ja esimerkit löytyvät vastaavilta ohjelmistosivuilta
Koneoppiminen ja tekoäly
- Koneoppimisen opas: mitä CSC:n palvelua käyttää koneoppimiseen
- Koneoppimisen käytön aloittaminen CSC:llä
- GPU-kiihdytetty koneoppiminen
- Datan tallennus koneoppimista varten
- Moni-GPU- ja monisolmukoneoppiminen
- Hyperparametrien haku
- Koneoppimisen työnkulkujen hallinta CSC:n supertietokoneilla
- Suurten kielimallien käyttö supertietokoneilla
- CSC-pohjaisten ML-konttien laajentaminen sandboxin avulla
Pouta - pilvi
Poutan oppaat löytyvät kohdasta Pilvipalvelut > Pouta > Oppaat
Pukki - tietokantapilvi
Rahti - konttipilvi
Rahdin oppaat löytyvät kohdasta Pilvipalvelut > Rahti > Oppaat
Sensitiivinen data
- Altaan käyttö sensitiivisen datan siirtämiseen
- Väliaikaisen PostgreSQL-tietokannan ajaminen SD Desktopissa