Hyppää sisältöön

Docs CSC now features an automatic Finnish translation. Click here for more information.

Warning!

Puhti and Mahti are being decommissioned in stages, and their storage areas will become fully unavailable from 15 October 2026. Clean up unnecessary files and move any data you need to keep by 31 August 2026. See the Roihu data migration guide for instructions on transferring your data to Roihu.

Puhti scratch is very full: keep only active data there and move or delete everything else. No new Puhti scratch quota will be granted.

R paikkatietoon

Tämä sivu käsittelee paikkatietoon liittyviä R-kirjastoja ja työkaluja, jotka on asennettu Puhdin R-ympäristöön. Yleinen R-dokumentaatio löytyy r-env-sivulta.

Asennetut paikkatieto-R-kirjastot

  • aws.s3 - S3-tallennuksen, esimerkiksi Altaan, kanssa työskentelyyn. Esimerkki.
  • CAST - toiminnallisuutta caret-paketin ajamiseen spatiaalisen tai spatiaalis-ajallisen datan kanssa
  • fasterize - nopeampi korvaaja raster-paketin rasterize()-funktiolle
  • FORTLS - maanpäällisen laserskannauksen (TLS) pistepilvidatan käsittelyyn metsätalouden tarkoituksiin
  • gdalcubes - moniaikaisen rasteridatakuution käsittelyyn
  • geodata - pääsy ilmasto-, viljelykasvi-, korkeus-, maankäyttö-, maaperä-, lajiesiintymä-, saavutettavuus-, hallinnolliset rajat- ja muuhun dataan.
  • geofi - paikkatiedon lataamiseen kunnista, postinumeroalueista sekä väestö- ja tilastoruuduista Tilastokeskuksesta
  • geoR - geostatistiseen analyysiin, mukaan lukien perinteiset, uskottavuuteen perustuvat ja bayesilaiset menetelmät
  • geosphere - pallotrigonometriaan maantieteellisille koordinaateille (lat, lon)
  • ggmap - karttavisualisointeihin ggplot2:lla. Taustakarttoina voidaan käyttää erilaisia verkkolähteitä (esim. Google Maps ja Stamen Maps). Sisältää myös työkaluja geokoodaukseen ja reititykseen
  • ggspatial - karttojen piirtämiseen
  • gstat - spatiaaliseen ja spatiaalis-ajalliseen geostatistiseen mallinnukseen, ennustamiseen ja simulointiin. Variogrammimallinnus; yksinkertainen, tavallinen ja universaali piste- tai lohko(co)kriging; spatiaalis-ajallinen kriging; peräkkäinen gaussinen tai indikaattori(co)simulointi; variogrammien ja variogrammikarttojen piirtämisen apufunktiot
  • GWmodel - maantieteellisesti painotettuihin malleihin: GW-yhteenvetotilastot, GW-pääkomponenttianalyysi, GW-diskriminanttianalyysi ja erilaiset GW-regression muodot
  • [igraph]
  • lidR - LiDAR-datan käsittelyyn ja visualisointiin (metsätaloussovelluksiin), metriikoiden laskentaan aluepohjaisessa lähestymistavassa, pisteiden suodatukseen, keinotekoiseen pisteiden vähentämiseen, luokitteluun maantieteellisestä datasta, normalisointiin, yksittäisten puiden segmentointiin ja muihin käsittelyihin. Esimerkki
  • lidRtRee - metsien analysointiin ilmalaserskannausdatan (LiDAR) avulla
  • mapedit - sf-objektien interaktiiviseen muokkaukseen
  • maptools - työkaluja maantieteellisen datan käsittelyyn sekä rajapintakääreitä spatiaalisten objektien vaihtamiseen useiden muiden R-pakettien kanssa
  • mapview - spatiaalisen datan interaktiivisten visualisointien nopeaan ja kätevään luomiseen taustakarttojen kanssa tai ilman. Näytettyjen kohteiden attribuutteja voi tarkastella täysin ponnahdusikkunoiden kautta
  • ncdf4 - NetCDF-tiedostojen lukemiseen, kirjoittamiseen ja muokkaamiseen
  • ows4R - datan lukemiseen OGC API -rajapinnoista
  • raster - rasteridatan pääpaketti
  • RCSF - Cloth Simulation Filter (CSF) on LiDAR-maanpisteiden suodatusalgoritmi
  • rlas - las- ja laz-tiedostomuotojen lukemiseen ja kirjoittamiseen
  • rstac - asiakaskirjasto Spatio-Temporal Asset Catalogille (STAC)
  • rTLS - maanpäällisen laserskannauksen (TLS) pistepilvien käsittelyyn
  • Rsagacmd - SAGA GIS -komentojen käyttämiseen R:stä
  • sen2r - Sentinel-2-datan etsimiseen, lataamiseen ja käsittelyyn
  • sf - vektoridatan pääpaketti, sidokset GDAL-, GEOS- ja PROJ-kirjastoihin. Toimii tidyverse-pakettien kanssa. Samankaltainen toiminnallisuus, mutta uudempi ja parempi kuin sp
  • sp - vanhempi vektoridatan pääpaketti
  • spacetime - spatiaalis-ajallisen datan käsittelyyn
  • spatial - krigingiin ja pistekuvioanalyysiin
  • spatialreg - spatiaalisiin poikkileikkausmalleihin
  • spatstat - pistekuvioiden analysointiin
  • spdep - spatiaaliseen riippuvuuteen: painotusmenetelmät, tilastot ja mallit
  • stars - spatiaalis-ajallisten taulukoiden lukemiseen, käsittelyyn, kirjoittamiseen ja piirtämiseen (rasteri- ja vektoridatakuutiot)
  • s2 - geometrisiin laskelmiin pallolla
  • terra - monipuolisiin spatiaalisen datan analyysimenetelmiin, erityisesti rasteridatalle
  • tmap - teemakarttoihin

Voit myös asentaa omia lisäkirjastoja. Noudata vain R:n pääsivun ohjeita.

GDAL- ja SAGA GIS -tuki

r-env-moduuli sisältää myös GDALin ja SAGA GISin.

Rinnakkaislaskenta

Jotkin R-paketit, kuten raster, terra ja lidR, sisältävät funktioita, jotka tukevat rinnakkaislaskentaa. Esimerkki raster-paketin predict-funktion käytöstä rinnakkain löytyy esimerkeistämme.

Monien muiden GIS-pakettien kohdalla koodi täytyy rinnakkaistaa itse. Tämä voidaan tehdä useilla kirjastoilla, mukaan lukien future. Katso lisätietoja oppaasta Rinnakkaistyöt R:llä -ohje.

Altaan käyttö R:stä

Voit käyttää Allasta R:stä paketilla aws.s3. Löydät CSC:n esimerkkejä sen käytöstä täältä.

On myös mahdollista lukea ja kirjoittaa tiedostoja Altaasta ja Altaaseen tai muuhun pilviobjektitallennukseen suoraan GDAL-pohjaisilla paketeilla, kuten sf ja terra. Katso ohjeet ja esimerkit oppaasta Paikkatiedostojen käyttö suoraan pilvestä, mukaan lukien Allas.

Jos Altaassa on suuria määriä dataa, harkitse virtuaalirasterien käyttöä.

Lisenssi ja viittaukset

Kaikki paketit on lisensoitu erilaisilla vapailla ja avoimen lähdekoodin lisensseillä (FOSS); katso tarkat tiedot yllä linkitetyiltä sivuilta. Jos haluat selvittää oikeat viittaukset R:lle ja eri R-paketeille, voit kirjoittaa:

citation() # for citing R
citation("package") # for citing R packages

Mainitse julkaisuissasi CSC ja Geoportti; tämä on tärkeää projektin jatkuvuuden ja rahoitusraporttien kannalta. Esimerkiksi voit kirjoittaa: "The authors wish to thank CSC - IT Center for Science, Finland (urn:nbn:fi:research-infras-2016072531) and the Open Geospatial Information Infrastructure for Research (Geoportti, urn:nbn:fi:research-infras-2016072513) for computational resources and support".

Viitteet

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.