Hyppää sisältöön

Docs CSC now features an automatic Finnish translation. Click here for more information.

Warning!

Puhti and Mahti will be decommissioned after Roihu becomes available. Users should clean up unnecessary files and move any required data by the end of August 2026. See the Roihu data preparation instructions for details.

Puhti scratch is very full: keep only active data there and move or delete everything else. No new Puhti scratch quota will be granted.

R paikkatietoon

Tämä sivu käsittelee spatiaalisen R:n kirjastoja ja työkaluja, jotka on asennettu Puhdin R-ympäristöön. Yleinen R-dokumentaatio löytyy r-env-sivulta. Spatiaaliset kirjastot sisältyvät kaikkiin Puhdin R-versioihin.

Käyttö

Moduulin lataaminen

Lataa yleinen R-moduuli komennolla

module load r-env

Asennetut spatiaaliset R-kirjastot

  • aws.s3 - S3-tallennuksen, esimerkiksi Altaan, käyttöön. Esimerkki.
  • CAST - toiminnallisuuksia caret-paketin käyttämiseen spatiaalisen tai spatiaalis-ajallisen datan kanssa
  • fasterize - nopeampi korvaaja raster-paketin rasterize()-funktiolle
  • FORTLS - maanpäällisen laserskannauksen (TLS) pistepilvidatan käsittelyyn metsätalouskäyttöä varten
  • gdalcubes - moniaikaisen rasteridatakuution käsittelyyn
  • geodata - pääsy ilmasto-, viljelykasvi-, korkeus-, maankäyttö-, maaperä-, lajiesiintymä-, saavutettavuus-, hallinnollisiin rajatietoihin ja muuhun dataan.
  • geofi - paikkatiedon lataamiseen kunnista, postinumeroista sekä väestö- ja tilastoruuduista Tilastokeskukselta
  • geoR - geostatistiseen analyysiin, mukaan lukien perinteiset, uskottavuuspohjaiset ja bayesilaiset menetelmät
  • geosphere - pallotrigonometriaan maantieteellisille koordinaateille (lat, lon)
  • ggmap - karttavisualisointeihin ggplot2:lla. Taustakarttana voidaan käyttää useita verkkolähteitä (esim. Google Maps ja Stamen Maps). Sisältää myös työkaluja geokoodaukseen ja reititykseen
  • ggspatial - karttojen piirtämiseen
  • gstat - spatiaaliseen ja spatiaalis-ajalliseen geostatistiseen mallinnukseen, ennustamiseen ja simulointiin. Variogrammien mallinnus; yksinkertainen, tavallinen ja universaali piste- tai lohko(co)kriging; spatiaalis-ajallinen kriging; peräkkäinen gaussinen tai indikaattori(co)simulointi; variogrammien ja variogrammikarttojen piirron apufunktiot
  • GWmodel - maantieteellisesti painotettuihin malleihin: GW-yhteenvetotilastot, GW-pääkomponenttianalyysi, GW-diskriminanttianalyysi ja erilaiset GW-regression muodot
  • [igraph]
  • lidR - LiDAR-datan käsittelyyn ja visualisointiin (metsäsovelluksiin), metriikoiden laskentaan aluepohjaisessa lähestymistavassa, pisteiden suodatukseen, keinotekoiseen pisteharvennukseen, luokitteluun maantieteellisestä datasta, normalisointiin, yksittäisten puiden segmentointiin ja muihin käsittelyihin. Esimerkki
  • lidRtRee - metsien analysointiin lentolaserkeilausdatalla (LiDAR)
  • mapedit - sf-objektien interaktiiviseen muokkaukseen
  • maptools - työkaluja maantieteellisen datan käsittelyyn sekä rajapintakääreitä spatiaalisten objektien vaihtamiseen useiden muiden R-pakettien kanssa
  • mapview - spatiaalisen datan interaktiivisten visualisointien nopeaan ja kätevään luomiseen taustakarttojen kanssa tai ilman. Näytettyjen kohteiden attribuutteja voi tarkastella täysin ponnahdusikkunoiden kautta
  • ncdf4 - NetCDF-tiedostojen lukemiseen, kirjoittamiseen ja muokkaamiseen
  • ows4R - datan lukemiseen OGC API -rajapinnoista
  • raster - rasteridatan pääpaketti
  • RCSF - Cloth Simulation Filter (CSF) on LiDARin maanpisteiden suodatusalgoritmi
  • rlas - 'las'- ja 'laz'-tiedostomuotojen lukemiseen ja kirjoittamiseen
  • rstac - asiakaskirjasto Spatio-Temporal Asset Catalogille (STAC)
  • rTLS - maanpäällisten laserskannausten (TLS) pistepilvien käsittelyyn
  • Rsagacmd - SAGA GIS -komentojen käyttämiseen R:stä
  • sen2r - Sentinel-2-datan etsimiseen, lataamiseen ja käsittelyyn
  • sf - vektoridatan pääpaketti, sidokset GDAL-, GEOS- ja PROJ-kirjastoihin. Toimii tidyverse-pakettien kanssa. Samankaltainen toiminnallisuus kuin sp:llä, mutta uudempi ja parempi
  • sp - vanhempi vektoridatan pääpaketti
  • spacetime - spatiaalis-ajallisen datan käsittelyyn
  • spatial - krigingiin ja pistekuvioanalyysiin
  • spatialreg - spatiaalisiin poikkileikkausmalleihin
  • spatstat - pistekuvioiden analysointiin
  • spdep - spatiaalinen riippuvuus: painotusmenetelmät, tilastot ja mallit
  • stars - spatiaalis-ajallisten taulukoiden lukemiseen, käsittelyyn, kirjoittamiseen ja piirtämiseen (rasteri- ja vektoridatakuutiot)
  • s2 - geometrisiin laskentoihin pallolla
  • terra - monipuolisia menetelmiä spatiaalisen datan analyysiin, erityisesti rasteridatan
  • tmap - temaattisiin karttoihin

Voit myös asentaa omia lisäkirjastoja. Noudata vain R:n pääsivun ohjeita.

GDAL- ja SAGA GIS -tuki

r-env-moduuli sisältää myös GDALin ja SAGA GISin.

Rinnakkaislaskenta

Jotkin R-paketit, kuten raster, terra ja lidR, sisältävät funktioita, jotka tukevat rinnakkaislaskentaa. Esimerkeissämme on esimerkki raster-paketin predict-funktion käytöstä rinnakkain.

Monien muiden GIS-pakettien kohdalla koodi täytyy rinnakkaistaa itse. Se voidaan tehdä useilla kirjastoilla, mukaan lukien future. Katso lisätietoja ohjeesta Rinnakkaisajot R:llä -opas.

Altaan käyttö R:stä

Voit käyttää Allasta R:stä paketilla aws.s3. Löydät CSC:n esimerkkejä sen käytöstä täältä.

On myös mahdollista lukea ja kirjoittaa tiedostoja Altaasta ja muihin pilviobjektitallennuksiin suoraan GDAL-pohjaisilla paketeilla, kuten sf ja terra. Katso ohjeet ja esimerkit oppaasta Paikkatiedostojen käyttö suoraan pilvestä, mukaan lukien Allas.

Jos Altaassa on suuria määriä dataa, harkitse virtuaalirasterien käyttöä.

Lisenssi ja viittaukset

Kaikki paketit on lisensoitu erilaisilla vapailla ja avoimen lähdekoodin lisensseillä (FOSS), katso tarkat tiedot yllä linkitetyiltä sivuilta. Jos haluat selvittää oikeat viittaukset R:lle ja eri R-paketeille, voit kirjoittaa:

citation() # for citing R
citation("package") # for citing R packages

Mainitse CSC ja Geoportti julkaisuissasi; tämä on tärkeää projektin jatkuvuuden ja rahoitusraportoinnin kannalta. Esimerkiksi voit kirjoittaa: "The authors wish to thank CSC - IT Center for Science, Finland (urn:nbn:fi:research-infras-2016072531) and the Open Geospatial Information Infrastructure for Research (Geoportti, urn:nbn:fi:research-infras-2016072513) for computational resources and support".

Viitteet

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.