HyPhy

HyPhy (Hypothesis testing using Phylogenies) on ohjelmistopaketti geneettisten sekvenssien analysointiin käyttäen fylogenetiikan, molekyylievoluution ja koneoppimisen menetelmiä. Sitä käytetään laajasti luonnonvalinnan merkkien havaitsemiseen (menetelmät kuten FEL, MEME, aBSREL ja BUSTED).

HyPhy

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia. Katso HyPhyn repositorio.

Saatavuus

Roihu: 2.5.51hf, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

HyPhy on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten HyPhy-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load hyphy/2.5.51hf

HyPhy-analyysit suoritetaan hyphy-komennolla antamalla menetelmän nimi sekä syötteenä kohdistus ja puu. Esimerkiksi FEL-valinta-analyysi:

hyphy fel --alignment alignment.fasta --tree tree.nwk

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=hyphy
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

module load bio-apps/v202603
module load hyphy/2.5.51hf

hyphy CPU=$SLURM_CPUS_PER_TASK fel --alignment alignment.fasta --tree tree.nwk

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n Service Desk