Bowtie

Bowtie on erittäin nopea ja muistitehokas lyhyiden DNA-sekvenssien (lukujen) kohdistusohjelma seuraavan sukupolven sekvensointilaitteista peräisin oleville luvuille. Tämä on alkuperäinen Bowtie (Bowtie 1); pidempien lukujen aukolliseen kohdistukseen katso Bowtie2.

Bowtie

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia Artistic License 2.0 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 1.3.1, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

Bowtie on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Bowtie-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load bowtie/1.3.1

Indeksoi ensin viitegenomi komennolla bowtie-build (tee tämä scratch-hakemistossa):

bowtie-build genome.fa genome

Kohdista sitten luvut indeksiä vasten:

bowtie -x genome reads.fq -S output.sam

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=bowtie
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

module load bio-apps/v202603
module load bowtie/1.3.1

bowtie-build genome.fa genome
bowtie -p $SLURM_CPUS_PER_TASK -x genome reads.fq -S output.sam

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC Service Desk