MACS2/3

MACS (Model-based Analysis of ChIP-Seq) on NGS ChIP-Seq -datan analyysityökalu. MACS mallintaa empiirisesti sekvensoitujen ChIP-fragmenttien pituuden ja käyttää sitä ennustettujen sitoutumiskohtien spatiaalisen resoluution parantamiseen.

MACS käyttää myös dynaamista Poisson-jakaumaa paikallisten harhojen tehokkaaseen tunnistamiseen genomisekvenssissä, mikä mahdollistaa herkemmän ja luotettavamman ennustamisen. MACSia voidaan käyttää ChIP-Seq-analyysiin joko kontrollinäytteiden kanssa tai ilman niitä.

• MACS2/3
  • Lisenssi
  • Saatavuus
  • Käyttö
  • Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia BSD 3-Clause -lisenssillä.

Saatavuus

• Roihu-CPU: 2.2.9.1, 3.0.4
• Chipsterin graafinen käyttöliittymä

Käyttö

Tarkistaaksesi Roihuun asennetun version, suorita komento:

module spider macs

Ottaaksesi MACS2- tai MACS3-komennot käyttöön Roihussa, anna komento:

module load macs/<version>

Esimerkiksi

Tämän jälkeen voit käynnistää MACSin komennolla:

module load macs/2.2.9.1
macs2 -h

tai

module load macs/3.0.4
macs3 -h

Lyhyitä MACS-ajotöitä voidaan suorittaa interaktiivisina eräajoina Roihussa. Pidemmät ajot tulee suorittaa eräajoina.

Lisätietoja

• MACS2 GitHubissa
• MACS3 GitHubissa

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Kerro meille miten voisimme parantaa tätä sivua ottamalla meihin yhteyttä.