Hyppää sisältöön

Welcome to our weekly research support coffee hour on Zoom! Click here for more information.

Warning!

Puhti scratch disk is becoming very full (80+ % ) resulting in performance degradation. Everybody is advised to only keep actively processed data on scratch, all other data should be deleted, transferred to host institute or stored in Lumi-O. No new quota will be granted. Click here for a tool for examining your disk usage.

MACS2/3

MACS (Model-based Analysis of ChIP-Seq) on NGS ChIP-Seq -datan analyysityökalu. MACS mallintaa empiirisesti sekvensoitujen ChIP-fragmenttien pituuden ja käyttää sitä ennustettujen sitoutumiskohtien spatiaalisen resoluution parantamiseen.

MACS käyttää myös dynaamista Poisson-jakaumaa paikallisten harhojen tehokkaaseen tunnistamiseen genomisekvenssissä, mikä mahdollistaa herkemmän ja luotettavamman ennustamisen. MACS-vertailuja voidaan käyttää ChIP-Seq-analyysiin joko kontrollinäytteiden kanssa tai ilman niitä.

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia BSD 3-Clause -lisenssillä.

Saatavuus

  • Puhti: 2.2.7.1, 3.0.0a7, 3.0.1
  • Chipsterin graafinen käyttöliittymä

Käyttö

Tarkistaaksesi Puhdissa asennetun version, suorita komento:

module spider macs

Ottaaksesi MACS2- tai MACS3-komennot käyttöön Puhdissa, anna komento:

module load macs/<version>

Esimerkiksi

Tämän jälkeen voit käynnistää MACSin komennolla:

module load macs/2.2.7.1
macs2 -h

tai

module load macs/3.0.1
macs3 -h

Lyhyitä MACS-ajoja voidaan suorittaa interaktiivisina eräajoina Puhdissa. Pidemmät ajot tulee suorittaa eräajoina.

Lisätietoja

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.