Hyppää sisältöön

Docs CSC now features an automatic Finnish translation. Click here for more information.

Warning!

Puhti and Mahti will be decommissioned after Roihu becomes available. Users should clean up unnecessary files and move any required data by the end of August 2026. See the Roihu data preparation instructions for details.

Puhti scratch is very full: keep only active data there and move or delete everything else. No new Puhti scratch quota will be granted.

MACS2/3

MACS (Model-based Analysis of ChIP-Seq) on NGS ChIP-Seq -datan analyysityökalu. MACS mallintaa empiirisesti sekvensoitujen ChIP-fragmenttien pituuden ja käyttää sitä ennustettujen sitoutumiskohtien spatiaalisen resoluution parantamiseen.

MACS käyttää myös dynaamista Poisson-jakaumaa paikallisten harhojen tehokkaaseen tunnistamiseen genomisekvenssissä, mikä mahdollistaa herkemmän ja luotettavamman ennustamisen. MACS-vertailuja voidaan käyttää ChIP-Seq-analyysiin joko kontrollinäytteiden kanssa tai ilman niitä.

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia BSD 3-Clause -lisenssillä.

Saatavuus

  • Puhti: 2.2.7.1, 3.0.0a7, 3.0.1
  • Chipsterin graafinen käyttöliittymä

Käyttö

Tarkistaaksesi Puhdissa asennetun version, suorita komento:

module spider macs

Ottaaksesi MACS2- tai MACS3-komennot käyttöön Puhdissa, anna komento:

module load macs/<version>

Esimerkiksi

Tämän jälkeen voit käynnistää MACSin komennolla:

module load macs/2.2.7.1
macs2 -h

tai

module load macs/3.0.1
macs3 -h

Lyhyitä MACS-ajoja voidaan suorittaa interaktiivisina eräajoina Puhdissa. Pidemmät ajot tulee suorittaa eräajoina.

Lisätietoja

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.