Sovellukset
Etkö löydä etsimääsi sovellusta?
- Täältä löydät keinoja sovellusten asentamiseksi itse .
- Voit myös ottaa yhteyttä CSC:n asiakaspalveluun pyytääksesi sovellusta asennettavaksi. Voimme harkita tietyn sovelluksen esiasennusta—tai lisenssin hankkimista sille, mikäli kyseessä ei ole avoin sovellus—, jos sovellukselle on tarpeeksi kysyntää.
- Emme voi luvata esiasentavamme kaikkia pyydettyjä sovelluksia, mutta CSC:n asiakaspalvelu neuvoo mielellään sovellusten asennuksessa.
Sovellukset aakkosjärjestyksessä
A
- Abaqus — Dassault Systemesin SIMULIA-akateeminen tutkimusohjelmistopaketti
- ABySS — De novo -rinnakkainen paired-end-sekvenssikokoaja
- Accelerated visualization — Valikoima GPU-kiihdytettyjä visualisointisovelluksia
- AdmixTools — Populaatioiden sekoittumisen päättely f-statistiikoista
- ADMIXTURE — Yksilöiden alkuperien nopea suurimman uskottavuuden estimointi SNP-datasta
- Alphafold — Proteiinin 3D-rakenteen ennustaminen
- Amber — Molekyylidynamiikkaohjelmistopaketti
- AMS — Mallinnusohjelmistopaketti, joka tarjoaa ADF-moottorin
- AMS-GUI — AMS:n integroitu graafinen käyttöliittymä
- ANGSD — Seuraavan sukupolven sekvensointidatan analyysi genotyyppitodennäköisyyksien avulla
- Ansys — Ansys Academic research CFD
- antiSMASH — Sekundaarimetaboliittien biosynteesigeeniklustereiden tunnistus mikrobigenomeista
- ArcGIS Python API — Paikkatietoanalyysi ja datatiede
- ASTRAL — Koalesenssipohjainen lajipuun estimointi geenipuista
- AUGUSTUS — Geenien ennustaminen eukaryoottien genomisekvensseissä
B
- BamTools — Työkaluja BAM-muotoisten tiedostojen käsittelyyn
- Barrnap — Nopea ribosomaalisen RNA:n (rRNA) ennustus
- BayeScan — Työkalu luonnonvalinnan kohteena olevien ehdokaslokuskohtien tunnistamiseen populaatioiden alleelifrekvenssien perusteella
- BBMap — BBToolsin lyhytlukujen kohdistin ja sekvenssidatan käsittelyohjelmistopaketti
- BCFtools — Varianttien tunnistus ja VCF-/BCF-tiedostojen käsittely
- BEDOPS — Joukko-operaatioita genomisille intervalleille (BED)
- BEDTools — Genomioperaatioita BED/VCF/GFF-intervalleille
- Bio-apps — Pääsymoduuli biosieteissä usein käytettyjen sovellusten ja ohjelmistojen kokoelmaan
- BioPerl — Perl-ympäristö BioPerl-laajennuksella
- Biopython — Python-ympäristö, jossa on Biopython ja muita bioinformatiikkaan liittyviä Python-kirjastoja
- BLAST — Sekvenssien samankaltaisuushakutyökalu nukleotideille ja proteiineille
- Blender — 3D-mallinnus-, visualisointi- ja renderöintiohjelmisto
- Bowtie — Erittäin nopea ja muistitehokas lyhyiden lukujen kohdistusohjelma
- Bowtie2 — Lyhyiden lukujen kohdistusohjelma
- Bracken — Lajien runsauden estimointi Kraken2:n tulosteesta
- BRAKER — Automaattinen genomin annotointiputki eukaryooteille
- BUSCO — Genomi-/transkriptomiaineiston täydellisyyden arviointi ortologien avulla
- BWA — Lyhyiden sekvenssilukujen kohdistusohjelma
- bwa-mem2 — Nopeampi seuraaja bwa memille
C
- Canu — Pitkien lukujen (PacBio/Nanopore) genomin kokoaja
- CD-HIT — Sekvenssien klusterointi- ja redundanssinpoistotyökalu
- CDO — Komentorivityökaluja ilmasto- ja NWP-mallidatan käsittelyyn ja analysointiin
- CheckM2 — Genomien laadun arviointi koneoppimisen avulla
- Chipster — Easy-to-use analysis platform for RNA-seq, single cell RNA-seq and other NGS data
- Chipster_genomes — Työkalu Chipsterin käyttämien kohdistinohjelmien indeksien lataamiseen Puhtiin
- Cirq-on-iqm — avoimen lähdekoodin cirq-sovitin kvanttilaskentaan
- CloudCompare — pistepilvien visualisointiin, muokkaamiseen ja käsittelyyn
- CLUMPP — Populaatiorakenneanalyysien toistettujen klusterimääritysten kohdistaminen
- Clustal Omega — Monisekvenssikohdistus
- ClustalW — Monisekvenssikohdistus
- compute-sanitizer — Toiminnallisen oikeellisuuden tarkistustyökalujen kokonaisuus, joka sisältyy CUDA-työkalupakkiin
- COMSOL Multiphysics — Yleiskäyttöinen simulointiohjelmisto
- COSMO-RS — Työkalupakki nestevaiheen termodynaamisten ominaisuuksien ennustamiseen COSMO-RS-mallilla
- CP2K — DFT, kvanttikemia, QM/MM, AIMD jne. erityisesti jaksollisille järjestelmille
- cProfile — Python-ohjelmien sisäänrakennettu profilointityökalu
- CryoSPARC — Työkalu Cryo-EM-datan analysointiin Puhdissa/Mahdissa
- CSD — Cambridge Crystallographic Database – orgaanisten ja metallo-orgaanisten kiderakenteiden tietokanta ja työkalut
- cuda-gdb — Nvidian laajennus GNU-virheenjäljittimeen GDB:hen
- Cufflinks — Transkriptien kokoaminen ja differentiaalisen ilmentymisen analyysi RNA-Seq-dataa varten
- Cutadapt — Suuritehoisen sekvensoinnin lukujen trimmaus
D
- DDT — Rinnakkaisvirheenjäljitin
- deepTools — Työkaluja syväsekvensoinnin peittodatan tutkimiseen
- Desktop — Etätyöpöytäympäristö
- Diamond — Proteiinien ja nukleotidien sekvenssien samankaltaisuushakutyökalu
- Dorado — GPU-kiihdytetty Oxford Nanopore -emäskutsuja
E
- eBay's tsv-utils — Työkaluja suurten taulukkomuotoisten datatiedostojen käsittelyyn
- eggNOG-mapper — Sekvenssien toiminnallinen annotointi ortologian avulla (eggNOG)
- Elmer — Avoimen lähdekoodin monifysikaalinen FEM-ohjelmistopaketti
- EMBOSS — Työkalupakki klassiseen sekvenssianalyysiin
- Entrez Direct — Entrez direct - komentorivityökalu datan hakemiseen ja noutamiseen NCBI:ltä
- Exonerate — Yleiskäyttöinen työkalu sekvenssien parittaiseen vertailuun
F
- fastp — Nopea kaiken yhdessä tekevä FASTQ-esikäsittely ja laadunvalvonta
- FastQC — Laadunvalvontatyökalu suuren läpimenon sekvenssidatalle
- FASTX-Toolkit — FASTA/FASTQ-lyhytlukujen esikäsittelytyökalut
- FFmpeg — Työkalut ja kirjastot äänen ja videon tallentamiseen, muuntamiseen ja suoratoistoon
- Finnish Tagtools — Finnish Tagtools
- FireWorks — FireWorks on ilmainen avoimen lähdekoodin työkalu useita vaiheita ja mahdollisesti monimutkaisia riippuvuuksia sisältävien työnkulkujen määrittelyyn, hallintaan ja suorittamiseen
- Freebayes — Geneettisten varianttien tunnistin
G
- gapseq — Genominlaajuisten metabolisten verkostojen rekonstruointi ja analyysi
- GATK — Genome Analysis Toolkit varianttien tunnistamiseen
- Gaussian — Monipuolinen laskennallisen kemian ohjelmistopaketti
- GDAL — paikkatietodatan tiedostomuodoille
- gdb — GNU-virheenjäljitin käännetyille ohjelmille
- Geoconda — Python-kirjastoja paikkatietoanalyysiin
- GetOrganelle — Organelle-genomien kokoaminen koko genomin sekvensointidatasta
- GOLD — Proteiini-ligandi-telakointiohjelmisto
- GPAW — Monipuolinen DFT-paketti
- Grace — Piirtotyökalu erityisesti xvg-tiedostoille
- GRASS GIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatietoaineistojen katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
- GROMACS — Nopea ja monipuolinen klassinen molekyylidynamiikka
- GTDB-Tk — Bakteeri- ja arkeonigenomien taksonominen luokittelu GTDB:n avulla
H
- HADDOCK3 — Korkean ambiguiteetin ohjaama biomolekyylien telakointi
- HeLI-OTS — Valmis kielentunnistin, jossa on kielimallit 220 kielelle
- HFST — Helsinki Finite-State Transducer Technology
- HFST-fi — Helsinki Finite-State Technology for Finnish
- HFST-sv — Helsinki Finite-State Technology for Swedish
- HISAT2 — Silmukoidut kohdistukset tekevä kohdistusohjelma RNA-seq- ja DNA-lukemille
- HMMER — Työkalupakki sekvenssiprofiilien piilotettujen Markovin mallien luomiseen ja käyttöön
- HUMAnN — Mikrobisten reittien profilointi metagenomisella datalla
- HybPiper — Kohdennettu sekvenssikaappaus (Hyb-Seq) lokusten talteenottoon fylogenomiiikkaa varten
- HyperQueue — Ajastin alisolmutason tehtäville
- HyPhy — Hypoteesien testaus fylogenioilla (valinta-analyysi)
I
- IDL — Ohjelmointikieli, numeerinen analyysi, tieteellisen datan käsittely ja visualisointi
- IGV — Integrative Genomics Viewer - interaktiivinen genomiselain
- Illumina BaseSpace — Komentoriviohjelma datan noutamiseen Illumina BaseSpace -ympäristöstä
- inStrain — Kannan tason populaatiogenomiikkaa metagenomisista kohdistuksista
- Intel Trace Analyzer and Collector (ITAC) — MPI-profilointi- ja jäljitystyökalu
- Intel VTune Profiler — Suorituskyvyn analysointityökalu yhden ytimen ja säikeistyksen suorituskyvyn analysointiin
- InterProScan — Proteiinisignatuurien/motiivien hakutyökalu
- iPyrad — työkalupakki populaatiogeneettisiin ja fylogeneettisiin tutkimuksiin restriktiokohtiin liittyville genomisille datajoukoille (esim. RAD, ddRAD, GBS)
- IQ-TREE — Suurimman uskottavuuden fylogeneettinen päättely
J
- JAX — Autograd ja XLA yhdistettynä suorituskykyiseen koneoppimistutkimukseen
- Jellyfish — Nopea k-merien laskenta
- Julia Language — Korkean tason, suorituskykyinen dynaaminen ohjelmointikieli numeeriseen laskentaan
- Julia-Jupyter — Interaktiivinen laskentaympäristö Julia-ohjelmointikielelle
- Jupyter — Interaktiivinen laskentaympäristö Pythonille
- Jupyter for courses — Jupyter-sovelluksen versio kurssiympäristöihin
K
- kp-spell (enchant) — Suomen- ja ruotsinkielinen oikoluku enchant-käyttöliittymän kautta
- Kraken — Taksonominen sekvenssiluokittelujärjestelmä
- Krona visualization tool — Visualisointityökalu taksonomiseen luokitteluun ja muuhun hierarkkiseen dataan
L
- LAMMPS — Nopea molekyylidynamiikkamoottori laajalla voimakenttävalikoimalla
- LAStools — LiDAR-aineistoille
- Lazypipe — Itsenäinen putki virusten tunnistamiseen isäntään liittyvistä tai ympäristönäytteistä
M
- MACS2/3 — ChIP-Seq-analyysityökalu
- Maestro — Monipuolinen ohjelmistokokonaisuus lääkeainekehitykseen ja materiaalien mallinnukseen
- MAFFT — Monisekvenssikohdistus
- Mash — Nopea genomi-/metagenomietäisyyksien estimointi (MinHash)
- MATLAB — Korkean tason teknisen laskennan kieli
- MaxQuant — A proteomics software for processing of Mass-spectromtery data
- medaka — Nanopore-konsensussekvenssien muodostus ja varianttien tunnistus
- Megahit — Metagenomiikan kokoaminen
- MEME Suite — Motiivien tunnistus ja analyysi (MEME Suite)
- MetaBAT — Metagenomin binnaus (MetaBAT2)
- MetaHipMer2 — GPU-kiihdytetty metagenomikokoonpano
- MetaPhlAn — Mikrobiyhteisöjen koostumuksen profilointi metagenomisella sekvensointidatalla
- MICOM — Mikrobiyhteisöjen metabolinen mallinnus
- minibwa — Lyhytlukujen kohdistin, BWA-MEMin seuraaja
- Minimap2 — Lyhyiden lukujen kohdistusohjelma
- MIRA — Kokogenomin shotgun- ja EST-sekvenssien kokoaja
- MMseqs2 — Erittäin nopea proteiinihaku ja klusterointi
- Molden — Prosessointiohjelma molekyyli- ja elektronirakennelaskentaan
- MOLPRO — Paketti tarkkoihin ab initio -kvanttikemian laskuihin
- Mothur — Ohjelmistopaketti mikrobiyhteisöjen analysointiin amplikonisekvensointidatasta
- MrBayes — Ohjelma fylogenioiden päättelyyn bayesilaisilla menetelmillä
- MUMmer — Genomien kohdistus (MUMmer)
- MUSCLE — Usean sekvenssin kohdistus (v3)
- MUSCLE5 — Monisekvenssikohdistus (v5)
N
- NAMD — Erittäin skaalautuva klassisen molekyylidynamiikan ohjelmisto
- NCBI C++ Toolkit — NCBI C++ Toolkit -kirjastot ja komentorivisovellukset
- ncu — Nvidia CUDA -ytimien profilointityökalu
- Nextflow — Nextflow on tieteellinen työnkulunhallintajärjestelmä skaalautuvien, siirrettävien ja toistettavien työnkulkujen luomiseen
- NMRLipids — NMRLipids-datapankki, joka sisältää MD-simulaatioita
- nsys — Nvidian GPU- ja CPU-profilointityökalu
- nvprof — Nvidian profilointityökalu, joka kerää ja näyttää profilointidataa
- NWChem — Laskennallisen kemian ohjelmistopaketti, joka on suunniteltu toimimaan tehokkaasti rinnakkaisissa HPC-järjestelmissä
O
- Octave — Korkean tason tulkattava kieli numeeriseen laskentaan
- Open Babel — Ohjelma molekyylimallinnuksessa tällä hetkellä käytettävien tiedostomuotojen muuntamiseen
- OpenDroneMap (ODM) — ilmasta otettujen drone-kuvien käsittelyyn
- OpenFOAM — OpenFOAM® on johtava vapaa ja avoimen lähdekoodin ohjelmisto laskennalliseen virtausdynamiikkaan (CFD)
- openSMILE — Työkalupakki äänipiirteiden poimintaan puheen ja musiikin analysointia varten
- ORCA — Yleiskäyttöinen kvanttikemian ohjelmistopaketti
- Orfeo ToolBox — kaukokartoitussovelluksiin
P
- PALM — Meteorologinen mallijärjestelmä ilmakehän ja valtamerten rajakerrosvirtauksille
- PANNZER2/SANSPANZ — Automaattinen proteiinien annotointityökalu
- ParaView — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
- PDAL — pistepilviaineistojen muunnoksiin ja käsittelyyn
- pdb — Pythonin sisäänrakennettu virheenjäljitin
- Pennylane — Ilmainen avoimen lähdekoodin ohjelmistokehys kvanttikoneoppimiseen ja kvanttilaskentaan
- perf — Komentorivityökalu suorituskyvyn analysointiin
- PHYLIP — PHYLIP fylogeneettisten päätelmien ohjelmistopaketti
- Picard Tools — Työkaluja SAM-, BAM-, CRAM- ja VCF-tiedostojen käsittelyyn
- PLUMED — Kirjasto ja työkalut tehostettuihin näytteenottomenetelmiin
- Praat — Työkalupakki puheen ja muiden ääninäytteiden annotointiin, käsittelyyn ja analysointiin
- Prodigal — Prokaryoottien geenien ennustus
- Prokka — Nopea prokaryoottigenomien annotointityökalu
- Python — Ohjelmointikieli ja sen moduulit CSC:llä
- Python Data — Python-kirjastojen kokoelma data-analytiikkaan ja koneoppimiseen
- Python-geo — Python-kirjastot paikkatietoanalyysiin
- PyTorch — Koneoppimiskehys Pythonille
Q
- QGIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatietodatan katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
- QIIME — Paketti mikrobiyhteisöjen analysointiin amplikonisekvensointidatasta
- Qiskit — avoimen lähdekoodin työkalupakki hyödylliseen kvanttilaskentaan
- Qiskit-on-iqm — avoimen lähdekoodin qiskit-sovitin kvanttilaskentaan
- Quantum ESPRESSO — Elektronirakennelaskentaa ja materiaalimallinnusta nanomittakaavassa
R
- R for GIS — R:n paikkatietoanalyysin kirjastot
- r-env — R ja RStudio Server
- RAxML — Ohjelma fylogenioiden päättelyyn uskottavuusmenetelmällä
- RAxML-NG — Suurimman uskottavuuden fylogeneettinen päättely (RAxML-NG)
- Roary — Pan-genomiputki
- RStudio IDE — Integroitu kehitysympäristö R:lle
- run_dbcan — Automaattinen hiilihydraattiaktiivisten entsyymien (CAZyme) annotointi
S
- SAGA GIS — Yleiskäyttöinen paikkatieto-ohjelmistoperhe paikkatietodatan katseluun, muokkaukseen ja analysointiin
- SageMath — Ilmainen avoimen lähdekoodin matematiikkaohjelmistojärjestelmä
- SALMON — Ohjelma transkriptitason kvantifiointiarvioiden tuottamiseen RNA-seq-datasta
- SameStr — Kannan tason jakautumisanalyysi metagenomisten SNV-profiilien perusteella
- SAMtools — Työkaluja SAM/BAM-muotoisten kohdistustiedostojen hallintaan
- Scalasca — Suorituskykyprofilointityökalu rinnakkaisohjelmille
- SeqKit — Monialustainen FASTA/FASTQ-työkalupakki
- Seqtk — Työkalu sekvenssien käsittelyyn FASTA- tai FASTQ-muodossa
- Snakemake — Snakemake on Python-pohjainen tieteellinen työnkulunhallintajärjestelmä skaalautuvien, siirrettävien ja toistettavien työnkulkujen luomiseen
- SNAP — kaukokartoitussovelluksiin
- SortMeRNA — rRNA-lukujen suodatus ja lajittelu (meta)transkriptomisesta datasta
- SPAdes — Genomikokoonpano
- Spark — Korkean suorituskyvyn hajautetun laskennan kehys
- SRA Toolkit — NCBI:n SRA Toolkit SRA-datan käyttöön ja muuntamiseen
- Stacks — Työvuo lokusten muodostamiseen lyhytlukusekvensseistä (esim. RAD-seq-data)
- STAR — Lyhyiden lukujen kohdistusohjelma
- Star-CCM+ — Siemens Digital Industries Softwaren laskennallisen virtausdynamiikan ohjelmisto
- SteadierCom — Mikrobiyhteisöjen vakaan tilan metabolinen simulointi
- StrAuto — STRUCTURE-analyysin automatisointi ja rinnakkaistaminen
- StringTie — Transkriptien kokoaminen ja kvantifiointi RNA-Seq-dataa varten
- Structure — Populaatiorakenteen päättely genetiikassa
- Structure Harvester — STRUCTURE-tulosten jälkikäsittely (Evanno-menetelmä)
T
- TensorBoard — TensorFlown visualisointityökalupakki
- TensorFlow — Syväoppimiskirjasto Pythonille
- TmoleX — Graafinen käyttöliittymä TURBOMOLE-ajojen määrittämiseen ja analysointiin
- TopHat — Silmukointikohtien kartoittaja RNA-Seq-lukemille
- trankit — Transformer-pohjainen Python-työkalupakki monikieliseen luonnollisen kielen käsittelyyn (NLP)
- Trimmomatic — Trimmaa Illumina-paripääte- ja yksittäislukudataa
- Trinity — Transkriptomin kokoamistyökalu
- TURBOMOLE — Nopea ja vakaa kvanttikemian ohjelmistopaketti
U
- UDPipe — Koulutettava putki tokenisointiin, sanaluokkien tunnistukseen, lemmatisointiin ja riippuvuusanalyysiin
V
- VASP — Ab initio DFT -elektronirakenteet
- VCFtools — VCF-tiedostojen käsittely ja tilastot
- Velvet — Genomikokoaja
- VirusDetect — Virusten tunnistus sRNA-datalla
- VisIt — Ilmainen avoimen lähdekoodin visualisointisovellus
- Visual Studio Code — Lähdekoodieditori
- vLLM — Nopea ja helppokäyttöinen kirjasto LLM-inferenssiin ja tarjoiluun
- VMD — Molekyylien visualisointiohjelma
- vrt-tools — Työkaluja VRT (Vertical Text) -korpustiedostojen muuntamiseen
- VSEARCH — Monipuolinen sekvenssihaku- ja klusterointityökalu
W
- Whisper — Yleiskäyttöinen puheentunnistusmalli
- WhiteboxTools — edistynyt paikkatietoanalyysin alusta
- wtdbg2 — Nopea kokoamistyökalu pitkän lukupituuden sekvenssidatalle
X
- XHMM (eXome-Hidden Markov Model) — Kopiolukumuutosten tunnistus kohdennetusta sekvensointidatasta
Z
- Zonation — Paikkatiedon suojelun priorisointikehys