Orfeo ToolBox

Orfeo ToolBox eli OTB on avoimen lähdekoodin sovellus korkean resoluution optisten, multispektraalisten ja tutkakuvien käsittelyyn teratavuluokassa.

Saatavuus

Orfeo ToolBox on saatavilla Roihussa seuraavina versioina:

9.1.1

Käyttö

Orfeo ToolBoxin lataaminen

Orfeo ToolBox voidaan ladata komennolla

module load orfeotoolbox

Komentorivityökalujen käyttö

Lukuisat OTB-sovellukset ja niiden esimerkkejä löytyvät OTB CookBookista

Voit esimerkiksi laskea NDVI:n Sentinel-virtuaalirasterista käyttämällä otbcli_RadiometricIndices-sovellusta. Tämä edellyttää, että NIR-kaista on ensimmäisessä kanavassa ja RED-kaista toisessa.

otbcli_RadiometricIndices -in <virtual raster> -channels.nir 1 -channels.red 2 -list Vegetation:NDVI -out <output_file>

OTB:n Python-työkalujen käyttö

OTB:hen sisältyviä sovelluksia voidaan ajaa myös moduuliin sisältyvien Python-sidosten avulla.

Tässä on esimerkki siitä, miten keskiarvorasterin laskenta suoritetaan testivirtuaalirasterille Pythonilla.

import otbApplication as otb

fp = <INPUT RASTER FILEPATH>

out = <OUTPUT RASTER FILEPATH>

app = otb.Registry.CreateApplication("Smoothing")
app.SetParameterString("in", fp)
app.SetParameterString("type", "mean")
app.SetParameterString("out", out)
app.ExecuteAndWriteOutput()

OTB-sovellusten ajaminen rinnakkain

OTB-sovellukset näyttävät skaalaavan käsittelysäikeiden määrän automaattisesti, mikä tarkoittaa, että sovellukset toimivat yleensä nopeammin, kun niille annetaan enemmän CPU-ytimiä.

Tässä on esimerkkieräajotyöskripti, jossa käytetään 4 CPU-ydintä.

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=<name_of_your_job>
#SBATCH --account=<your_project>
#SBATCH --time=00:03:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=2000
#SBATCH --partition=small

module load otb

otbcli_RadiometricIndices -in test_vrt.vrt -channels.nir 1 -channels.red 2 -list Vegetation:NDVI -out NDVI.tif

Note

OTB:tä on myös mahdollista ajaa rinnakkain useilla laskentasolmuilla MPI:tä käyttäen, mutta tätä ei ole vielä testattu Roihussa.

Paikkatietoaineistot CSC:n laskentaympäristössä

Roihussa on paikallisesti saatavilla satoja suomalaisia paikkatietoaineistoja, ja lisäksi niitä on lisää Altaassa ja cPoudassa. Lisätietoja kohdassa Paikkatiedot CSC:n laskentaympäristössä

Lisenssi

Orfeo ToolBox on lisensoitu Apache License, Version 2.0 -lisenssillä. Orfeo ToolBoxin lisenssin täydet tiedot

Viittaus

Grizonnet, M., Michel, J., Poughon, V. et al. Orfeo ToolBox: open source processing of remote sensing images. Open geospatial data, softw. stand. 2, 15 (2017). https://doi.org/10.1186/s40965-017-0031-6

Kiitokset

Mainitse CSC ja Geoportti julkaisuissasi; tämä on tärkeää projektin jatkuvuuden ja rahoitusraportoinnin kannalta. Esimerkiksi voit kirjoittaa: "The authors wish to thank CSC - IT Center for Science, Finland (urn:nbn:fi:research-infras-2016072531) and the Open Geospatial Information Infrastructure for Research (Geoportti, urn:nbn:fi:research-infras-2016072513) for computational resources and support".

Asennus

Orfeo Toolbox asennettiin Tykyn wrap-container-toiminnallisuudella käyttäen OTB-yhteisön tarjoamaa Orfeo Toolbox Dockerhub -Docker-kuvaa.

#OrfeoToolBox 9.1.1
wrap-container -w /app/otb/bin,/usr/bin/python3 docker://orfeotoolbox/otb:9.1.1_ubuntu24 --prefix 9.1.1

#OrfeoToolBox 8.0.1
wrap-container -w /opt/otb/bin,/usr/bin/python3 docker://orfeotoolbox/otb:8.0.1 --prefix install_dir