StrAuto

StrAuto automatisoi ja rinnakkaistaa Structure -analyysin. Yhdestä syötetiedostosta se luo Structuren parametri- ja komentotiedostot, suorittaa koko K-arvojen × toistoajojen joukon ja ketjuttaa tulokset Evannon ΔK-analyysiin StructureHarvesterilla ja CLUMPP:lla.

StrAuto
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 1.0 (moduuli strauto), bio-apps-moduulin kautta.

strauto-moduulin lataaminen lataa myös sen käyttämät työkalut — structure, structureharvester ja clumpp — joten niitä ei tarvitse ladata erikseen.

Käyttö

StrAuto on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten StrAuto-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load strauto/1.0

Roihussa StrAutoa ajetaan strauto-roihu-käynnistimellä, joka lähettää Structure-ajojoukon natiivina Slurm-taulukkotyönä.

Siirry projektisi scratch-hakemistoon (mikä tahansa alihakemisto scratch-alueellasi käy) ja luo uusi tyhjä työhakemisto:

cd /scratch/<project>/$USER
mkdir structure_job1
cd structure_job1

StrAuto käyttää kahta syötetiedostoa: parametritiedostoa, jonka nimen on oltava input.py, sekä genotyyppidatatiedostoa, jonka nimi määritellään tiedostossa input.py ja päättyy päätteeseen .str tai .ustr. Mallitiedostot ovat saatavilla moduulin kautta ympäristömuuttujassa $STRAUTO_TEMPLATES, ja ne voidaan kopioida työhakemistoosi:

cp $STRAUTO_TEMPLATES/input.py .
cp $STRAUTO_TEMPLATES/sim.str .

Muokkaa input.py vastaamaan analyysiasi. Huomaa, että rinnakkaistaminen hoidetaan Slurm-taulukkotyöllä, joten parallel-parametria ei pidä asettaa arvoon True tiedostossa input.py.

Kun syötetiedosto on valmis, käynnistä analyysi:

strauto-roihu

Tämä luo Structuren parametri- ja komentotiedostot ja lähettää koko K × toistoajojen joukon Slurm-taulukkotyönä.

Voit tarkistaa analyysin tilanteen suorittamalla saman komennon uudelleen samassa työhakemistossa:

strauto-roihu

Tämä raportoi Structure-ajojen tilan ja, kun kaikki Structure-ajot ovat valmistuneet, suorittaa tulosten jälkikäsittelyn (StructureHarvesterin Evanno ΔK -analyysi ja CLUMPP).

Pitkäkestoisille analyyseille käytä komentoa strauto-roihu-longrun, joka lähettää työn longrun-osioon:

strauto-roihu-longrun

Tuki

CSC Service Desk