Hyppää sisältöön

Puhdin ja Mahdin laskentapalvelut ovat poistuneet käytöstä. Puhdin ja Mahdin kirjautumisnoodit sekä tallennustila ovat saatavilla 15. lokakuuta 2026 asti, mutta ne eivät enää ole palvelusopimusten piirissä. Ryhdythän toimiin datan siirtämiseksi Roihuun välittömästi. Ohjeita löydät sivulta Roihun datan siirto-opas.

OpenDroneMap (ODM)

OpenDroneMap (ODM) on avoimen lähdekoodin komentorivityökalu ilmasta otettujen kuvien käsittelyyn. Sitä käytetään esimerkiksi DEM:ien, DSM:ien, pistepilvien ja ortokuvien fotogrammetriseen tuottamiseen.

Saatavuus

OpenDroneMap on saatavilla Roihussa seuraavalla versiolla:

  • 3.5.6

Käyttö

OpenDroneMap on saatavilla Singularity -konttina.

OpenDroneMapin suorittaminen:

  1. Kopioi ilmasta otetut kuvasi supertietokoneelle. OpenDroneMap edellyttää, että kansioiden nimet päättyvät muotoon code/images, esimerkiksi /scratch/project_2000XXX/odm/code/images.
  2. Kirjoita eräajotyöskripti (katso alla).
  3. Lähetä OpenDroneMap-eräajotyösi.

Huomaa:

  • Testiemme mukaan projekti, jossa on noin 300 kuvaa, toimii optimaalisesti 8–12 CPU-ytimellä; säädä CPU:iden määrää rivillä --cpus-per-task. OpenDroneMap voi käyttää käsittelyssä vain yhtä laskentasolmua, mikä tarkoittaa, että se on Roihussa rajoitettu enintään 384 ytimeen per työ.
  • --project-path - paikka, johon kuvat on tallennettu, ilman code/images-osaa.
  • --max-concurrency - säikeiden määrä, jota käytetään useissa ODM-käsittelyn vaiheissa; tässä se on asetettu samaksi kuin varattujen ytimien määrä.
  • Komennon loppuun on mahdollista lisätä lisäargumentteja.
  • Jos kuvasi kattavat erittäin laajan alueen, katso ODM Splitting Large Datasets documentation Alta löydät esimerkin eräajotyöskriptistä. Säädä --account, --cpus-per-task, --time ja --mem-per-cpu tarpeidesi mukaan.

Roihu-esimerkkiskripti

#!/bin/bash
#SBATCH --account=<YOUR-CSC-PROJECT>
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --mem-per-cpu=3G

apptainer run \
  --bind /scratch/project_200XXX/ \
  /appl/soft/manual/geo/x86_64/opendronemap/opendronemap.sif \
  --project-path /scratch/project_200XXX/odm \
  --max-concurrency $SLURM_CPUS_PER_TASK

Tulosteet ovat saatavilla code-kansiossa, esimerkiksi /scratch/project_2000XXX/odm/code

Lisenssi

OpenDroneMap jaetaan GNU General Public License (GPL) version 3 mukaisesti. OpenDroneMapin täydet lisenssitiedot

Viittaus

OpenDroneMap Authors, ODM - komentorivityökalu karttojen, pistepilvien, 3D-mallien ja DEM:ien tuottamiseen drone-, ilmapallo- tai leijakuvista. OpenDroneMap/ODM GitHub Page 2026; https://github.com/OpenDroneMap/ODM

Kiitokset

Mainitse CSC ja Geoportti julkaisuissasi; tämä on tärkeää projektin jatkuvuuden ja rahoitusraportoinnin kannalta. Voit esimerkiksi kirjoittaa: "The authors wish to thank CSC - IT Center for Science, Finland (urn:nbn:fi:research-infras-2016072531) and the Open Geospatial Information Infrastructure for Research (Geoportti, urn:nbn:fi:research-infras-2016072513) for computational resources and support".

Asennus

OpenDroneMap asennettiin Apptrainerilla käyttäen OpenDroneMap Docker image from Dockerhub provided by OpenDroneMap community -näköistiedostoa. OpenDroneMap-komentoja ei ole kääritty Tykkyllä, koska kansioiden liittäminen tarvitaan aina ajoaikana.

apptainer build opendronemap_3.5.6.sif docker://opendronemap/odm:3.5.6

Viitteet

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta