PLUMED
PLUMED (PLUgin for MolEcular Dynamics) on avoimen lähdekoodin yhteisön kehittämä kirjasto, joka tarjoaa laajan valikoiman erilaisia menetelmiä tehostettuun näytteenottoon molekyylidynamiikassa. Sitä voidaan käyttää useiden MD-ohjelmistojen kanssa.
Saatavuus
- Puhti: 2.7.4, 2.8.0
- Mahti: 2.6.3, 2.7.2
- LUMI: 2.9.4, 2.10.0
Lisenssi
PLUMED-lisenssi (L-GPL) sallii myös sen liittämisen suljetun lähdekoodin ohjelmistoihin.
Käyttö
PLUMEDin itsenäinen moduuli on tarkoitettu omien sovellustesi rakentamiseen ja linkittämiseen
PLUMEDiin tai tällaisella koodilla tuotettujen tulosten analysointiin. Käyttääksesi sitä anna ensin komento module spider,
jolla löydät kaikki versiot ja niiden kirjastoriippuvuudet:
Jotta pääset käyttämään CSC:n PLUMED-moduuleja LUMIssa, muista suorittaa ensin:
Jos haluat ajaa molekyylidynamiikkaa PLUMEDilla, joko käännä valitsemasi MD-ohjelma PLUMEDin kanssa (katso valikoima esimerkiksi täältä) tai käytä esimerkiksi GROMACSia, joka on saatavilla CSC:llä. GROMACSin versiot >=2025.0 sisältävät PLUMEDin oletusarvoisesti.
Viitteet
Viittaa PLUMEDilla tehtyyn työhösi seuraavasti:
This work was carried out using the open-source, community-developed PLUMED library
[1], version 2.x [2] (or alternatively version 1.x [3]).
[1] The PLUMED consortium. Promoting transparency and reproducibility in enhanced molecular simulations, Nat. Methods 16, 670 (2019)
[2] G.A. Tribello, M. Bonomi, D. Branduardi, C. Camilloni, G. Bussi. PLUMED2: New feathers for an old bird, Comp. Phys. Comm. 185, 604 (2014), preprint available as arXiv:1310.0980
[3] M. Bonomi, D. Branduardi, G. Bussi, C. Camilloni, D. Provasi, P. Raiteri, D. Donadio, F. Marinelli, F. Pietrucci, R.A. Broglia and M. Parrinello. PLUMED: a portable plugin for free energy calculations with molecular dynamics, Comp. Phys. Comm. 180, 1961 (2009), preprint available as arXiv:0902.0874