gapseq

gapseq tekee informoituja ennusteita ja analyysejä bakteerien metabolisista reiteistä ja tuottaa aukontäytettyjä genominlaajuisia metabolisia malleja genomisekvensseistä.

gapseq

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 2.1.0, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

gapseq on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten gapseq-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load gapseq/2.1.0

Viitesekvenssitietokanta

gapseq vaatii viitesekvenssitietokannan sekvenssihakuihin. Jos jaettua tietokantaa ei ole saatavilla Roihussa, lataa se kirjoitettavaan sijaintiin, kuten projektisi /scratch-hakemistoon.

Bakteerigenomeille:

DB=/scratch/<project>/gapseq_db

gapseq update-sequences \
    -t Bacteria \
    -D "$DB"

Arkeonigenomeille korvaa Bacteria arvolla Archaea.

Määritä sama tietokantahakemisto valitsimella -D, kun ajat gapseqia.

gapseqin ajaminen

Koko putki (reittien ennustus, verkon rakentaminen ja aukontäyttö) voidaan ajaa genomille doall-alikomennolla:

gapseq doall genome.fna.gz

Yksittäiset vaiheet (find, find-transport, draft, fill) voidaan myös ajaa erikseen. gapseq-analyysit voivat olla laskennallisesti raskaita, ja ne tulisi ajaa eräajotöinä:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=gapseq
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=12:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load gapseq/2.1.0

DB=/scratch/<project>/gapseq_db

gapseq doall \
    -K "$SLURM_CPUS_PER_TASK" \
    -D "$DB" \
    genome.fna.gz

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajotyöskriptin luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki