HADDOCK3
HADDOCK (High Ambiguity Driven protein-protein DOCKing) on laajasti käytetty laskennallinen työkalu biomolekyylien vuorovaikutusten integroivaan mallinnukseen. Ohjelmisto yhdistää erilaisia kokeellisia datoja, biokemiallista, biofysikaalista ja bioinformatiikkaan perustuvaa ennustetietoa sekä asiantuntemusta telakointiprosessin ohjaamiseksi.
HADDOCK, jonka ovat kehittäneet Utrechtin yliopiston BonvinLabin tutkijat, on yksi EU:n H2020-ohjelman lippulaivaohjelmistoista BioExcel Center of Excellence for Biomolecular Research.
Saatavuus
| Versio | Saatavilla olevat moduulit | Huomautukset |
|---|---|---|
| 2025.5.0 | haddock3/2025.5.0-mpi |
MPI-tuettu moduuli saatavilla |
| 2025.8.1 | haddock3/2025.8.1-mpi |
MPI-tuettu moduuli saatavilla |
Lisenssi
HADDOCK3 on vapaa avoimen lähdekoodin ohjelmisto, joka on lisensoitu Apache License 2.0 -lisenssillä. Kaupallisten toimijoiden tulee tarvittaessa varmistaa ja hankkia CNS-lisenssi. Lisätietoja varten ota yhteyttä pääkehittäjään Alexandre Bonvin.
Käyttö
Lataa HADDOCK3-moduuli LUMIssa seuraavasti:
LUMI
Ohjelmistoa on helppo kokeilla LUMIssa. Lataa ensin opetusmateriaalin syötetiedostot kloonaamalla tämä repositorio scratch-kansioosi:
HADDOCK lähettää automaattisesti alitöitä Slurm-varauksen sisällä, myös useille solmuille ulottuen (toinen esimerkki). Huomaa, että eräajo tulee luoda oikeaan alikansioon ja käynnistää sieltä (correct subfolder mainitaan jokaisessa esimerkin eräajoskriptissä).
Sovita Slurmin ja cfg-tiedoston vaatimukset yhteen
Varmista, että syötetiedoston .cfg skriptissä määritelty ytimien määrä (ncores)
vastaa sitä, mitä pyydät SLURMilta asetuksella --ntasks-per-node=XX (tai
mpi-ajossa --nodes=YY kertaa tämä määrä). Näitä esimerkkejä varten sinun täytyy
muokata myös .cfg-tiedostoja!
#!/bin/bash
#SBATCH --account=project_xxxxxxxx
#SBATCH --partition=standard
#SBATCH --time=00:15:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=32
#SBATCH --job-name=haddock3job
module use /appl/local/csc/modulefiles/
module load haddock3/2025.8.1-mpi
# create this batch script file in and submit it from
# haddock3/examples/docking-protein-ligand
# and make sure the requested cores match the ncores in *.cfg file
haddock3 docking-protein-ligand-test.cfg
#!/bin/bash
#SBATCH --account=project_xxxxxxxx
#SBATCH --partition=standard
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=128
#SBATCH --job-name=haddock3mpi
module use /appl/local/csc/modulefiles/
module load haddock3/2025.8.1-mpi
# create this batch script file in and submit it from
# haddock3/examples/docking-antibody-antigen
# and make sure the requested cores match the ncores in *.cfg file
# execute
haddock3 docking-antibody-antigen-CDR-accessible-clt-full-mpi.cfg
Ensimmäisen työn pitäisi valmistua muutamassa minuutissa, kun taas toisen työn pitäisi valmistua noin tunnissa.
Toinen työ sisältää useita vaiheita, jotka suoritetaan erillisinä työn vaiheina. Voit seurata
niiden etenemistä esimerkiksi komennolla sacct -j <JOBID> -o jobid,alloc,elapsed,maxrss. Näiden
alitöiden lisäksi työvuossa on lopullinen analyysivaihe, joka kestää pidempään käytettyjen
laskentaytimien määrän kasvaessa. Käytännössä tämä rajoittaa tässä tapauksessa järkevän
resurssimäärän kahteen solmuun.
Viitteet
Viittaa työhösi seuraavilla lähteillä:
- M. Giulini, V. Reys, J.M.C. Teixeira, B. Jiménez-García, R.V. Honorato, A. Kravchenko, X. Xu, R. Versini, A. Engel, S. Verhoeven, A.M. J.J. Bonvin, HADDOCK3: A modular and versatile platform for integrative modelling of biomolecular complexes Journal of Chemical Information and Modeling (2025). doi: 10.1021/acs.jcim.5c00969
- M.C. Teixeira, J., Vargas Honorato, R., Giulini, M., Bonvin, A., Alidoost, S., Reys, V., Jimenez, B., Schulte, D., van Noort, C., Verhoeven, S., Vreede, B., SSchott, & Tsai, R. (2024). haddocking/haddock3: v3.0.0-beta.5 (Version 3.0.0-beta.5)