BEDTools

BEDTools-työkalut muodostavat yhdessä genomianalyysin monipuolisiin tehtäviin soveltuvan työkalujen sveitsinlinkkuveitsen. Niillä voidaan leikata, yhdistää, laskea, täydentää ja sekoittaa genomisia intervalleja useista tiedostoista laajasti käytetyissä tiedostomuodoissa, kuten BED, GFF, GTF, VCF ja BAM.

BEDTools

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 2.31.1, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

BEDTools on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten BEDTools-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load bedtools2/2.31.1

Työkaluja käytetään bedtools-komennolla, jota seuraa alikomento. Esimerkiksi kahden intervallitiedoston päällekkäisyyksien etsimiseen:

bedtools intersect -a features.bed -b regions.bed > overlaps.bed

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=bedtools
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=8G

module load bio-apps/v202603
module load bedtools2/2.31.1

bedtools intersect -a features.bed -b regions.bed > overlaps.bed

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki