ABySS

ABySS (Assembly By Short Sequences) on de novo -sekvenssikokoaja, joka on suunniteltu lyhyille paired-end-lukemille ja kaikenkokoisille genomeille. Se tukee muistitehokasta Bloom-suodatin -kokoamista sekä vanhaa MPI-tilaa.

ABySS

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 2.3.10, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

ABySS on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten ABySS-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load abyss/2.3.10

Kokoamiset ajetaan abyss-pe-ajurilla. Yksinkertainen paired-end-kokoaminen käyttää k-mer-kokoa (k), tulosteen nimeä (name) ja syötelukemia (in):

abyss-pe k=64 B=2G name=assembly in='reads1.fq.gz reads2.fq.gz'

Suuremmille kokoamisille ABySS suosittelee Bloom-suodatintilaa, joka otetaan käyttöön asettamalla B-muistibudjetti. Sopiva B:n arvo riippuu ensisijaisesti genomin koosta. MPI-tila on edelleen saatavilla, mutta sitä pidetään ohjelmiston kehittäjien toimesta vanhana.

Esimerkkieräajokomentosarja

Kokoamistyöt vaativat paljon resursseja, ja ne tulisi ajaa eräajoina. Alla on esimerkki monisäikeisestä eräajokomentosarjasta, joka käyttää Bloom-suodatintilaa:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=abyss
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=12:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load abyss/2.3.10

abyss-pe k=64 B=2G j=$SLURM_CPUS_PER_TASK \
    name=assembly \
    in='reads1.fq.gz reads2.fq.gz'

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Voit lähettää eräajotiedoston eräajojärjestelmään komennolla:

sbatch batch_job_file.sh

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki