Prokka

Prokka on ohjelmistotyökalu bakteeri-, arkeoni- ja virusgenomien annotointiin.

Prokka

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 1.15.6

Käyttö

Aktivoidaksesi Prokka-ympäristön suorita komento:

module load prokka

Tämän jälkeen voit käynnistää Prokan komennolla prokka.

Prokka-työt tulee suorittaa joko interaktiivisessa istunnossa tai eräajona. Lisätietoja eräajojen suorittamisesta löytyy Roihun käyttöoppaan eräajo-osiosta.

Sinun tulee aina määrittää Prokan käyttämien ytimien määrä valinnalla --cpus vastaamaan työlle varattujen ytimien määrää. Voit käyttää ympäristömuuttujaa $SLURM_CPUS_PER_TASK vastaamaan varattua määrää.

Esimerkiksi:

prokka --cpus $SLURM_CPUS_PER_TASK contigs.fasta

Laajemmat analyysit kannattaa suorittaa eräajona useita ytimiä hyödyntäen. Esimerkkieräajotiedosto (batch_job_file.bash) on alla:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=prokka
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --time=24:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem=16000
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --account=your_project_name

# Set the number of threads based on cpus-per-task
export OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK:-1}

# Place and bind threads to single cores
# Comment the following lines if binding is not desired
export OMP_PLACES=cores
export OMP_PROC_BIND=spread

# Set up Prokka
module load prokka

# Run Prokka
prokka --cpus $SLURM_CPUS_PER_TASK --outdir results_case1 --prefix mygenome contigs_case1.fa

Yllä olevassa eräajoesimerkissä suoritetaan yksi Prokka-tehtävä (--ntasks=1). Työ varaa 8 ydintä (--cpus-per-task=8) ja yhteensä 16 Gt muistia (--mem=16000). Työn enimmäiskesto on 24 tuntia (--time=24:00:00). Kaikki ytimet varataan yhdeltä laskentasolmulta (--nodes=1). Resurssivarausten lisäksi sinun täytyy määrittää eräajotyöllesi laskutusprojekti. Tämä tehdään korvaamalla your_project_name oman projektisi nimellä. Voit käyttää komentoa csc-projects nähdäksesi, mihin CSC-projekteihin sinulla on käyttöoikeus.

Voit lähettää eräajotiedoston eräajojärjestelmään komennolla:

sbatch batch_job_file.bash

Katso Roihun käyttöopas saadaksesi lisätietoja eräajojen suorittamisesta.

Lisätietoja

Prokka-kotisivu