Prokka

Prokka on ohjelmistotyökalu bakteeri-, arkeoni- ja virusgenomien annotointiin.

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Puhti: 1.4.6, 1.14.6

Käyttö

Puhdissa Prokka tulee suorittaa eräajona. Interaktiivinen eräajo Prokan testaamiseen voidaan käynnistää komennolla:

sinteractive -i -m 8G

Aktivoi Prokan käyttöympäristö suorittamalla komento:

module load prokka

Tämän jälkeen voit käynnistää Prokan komennolla prokka. Oletuksena Prokka yrittää käyttää 8 laskentaydintä, mutta tässä interaktiivisessa eräajossa käytettävissäsi on vain yksi ydin. Siksi sinun tulee aina määrittää Prokan käyttämien ytimien määrä valinnalla -cpus.

Esimerkiksi:

prokka --cpus 1 contigs.fasta

Suuremmat analyysit tulee suorittaa eräajona useita ytimiä hyödyntäen. Esimerkkieräajoskripti (batch_job_file.bash) on alla:

#!/bin/bash -l
#SBATCH --job-name=prokka
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --time=24:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --nodes=1  
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem=16000
#SBATCH --account=your_project_name

#set up prokka
module load prokka

#Run prokka
prokka --cpus $SLURM_CPUS_PER_TASK --outdir results_case1 --prefix mygenome contigs_case1.fa

Yllä olevassa eräajoesimerkissä suoritetaan yksi Prokka-tehtävä (--ntasks=1). Työ varaa 8 ydintä (--cpus-per-task=8) ja yhteensä 16 Gt muistia (--mem=16000). Työn enimmäiskesto on 24 tuntia (--time 24:00:00). Kaikki ytimet varataan yhdeltä laskentasolmulta (--nodes=1). Resurssivarausten lisäksi sinun täytyy määrittää eräajollesi laskutusprojekti. Tämä tehdään korvaamalla your_project_name projektisi nimellä. Voit käyttää komentoa csc-projects nähdäksesi, mihin CSC-projekteihin sinulla on käyttöoikeus.

Voit lähettää eräajotiedoston eräajo järjestelmään komennolla:

sbatch batch_job_file.bash

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta Puhdin käyttöoppaasta.

Lisätietoja

Prokan kotisivu