ADMIXTURE

ADMIXTURE on työkalu yksilöiden alkuperien nopeaan suurimman uskottavuuden estimointiin monilokus-SNP-genotyyppiaineistoista. Se käyttää samaa tilastollista mallia kuin STRUCTURE, mutta laskee estimaatit paljon nopeammin numeerista optimointialgoritmia käyttäen.

ADMIXTURE

Lisenssi

ADMIXTURE on vapaasti käytettävissä. Se jaellaan binäärinä; katso ADMIXTUREn kotisivu lisenssiehtojen osalta.

Saatavuus

Roihu: 1.4.0, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

ADMIXTURE on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten ADMIXTURE-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load admixture/1.4.0

ADMIXTURE ottaa syötteeksi PLINK .bed- (tai .ped-) genotyyppitiedoston ja oletettujen esi-isäpopulaatioiden määrän K. Esimerkiksi ajo K = 3:

admixture input.bed 3

Tämä tuottaa alkuperäosuudet (input.3.Q) ja alleelifrekvenssit (input.3.P). ADMIXTURE voi käyttää useita säikeitä -j-valinnalla.

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=admixture
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

module load bio-apps/v202603
module load admixture/1.4.0

admixture -j$SLURM_CPUS_PER_TASK input.bed 3

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

ADMIXTUREn kotisivu