ADMIXTURE
ADMIXTURE on työkalu yksilöiden alkuperien nopeaan suurimman uskottavuuden estimointiin monilokus-SNP-genotyyppiaineistoista. Se käyttää samaa tilastollista mallia kuin STRUCTURE, mutta laskee estimaatit paljon nopeammin numeerista optimointialgoritmia käyttäen.
Lisenssi
ADMIXTURE on vapaasti käytettävissä. Se jaellaan binäärinä; katso ADMIXTUREn kotisivu lisenssiehtojen osalta.
Saatavuus
- Roihu: 1.4.0,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
ADMIXTURE on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten ADMIXTURE-moduuli:
ADMIXTURE ottaa syötteeksi PLINK .bed- (tai .ped-) genotyyppitiedoston ja oletettujen
esi-isäpopulaatioiden määrän K. Esimerkiksi ajo K = 3:
Tämä tuottaa alkuperäosuudet (input.3.Q) ja alleelifrekvenssit
(input.3.P). ADMIXTURE voi käyttää useita säikeitä -j-valinnalla.
Esimerkkieräajokomentosarja
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=admixture
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=2G
module load bio-apps/v202603
module load admixture/1.4.0
admixture -j$SLURM_CPUS_PER_TASK input.bed 3
Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.