Cufflinks

Cufflinks kokoaa transkripteja, arvioi niiden runsaudet ja testaa differentiaalista ilmentymistä ja säätelyä RNA-Seq-näytteissä. Paketti sisältää työkaluja, kuten cufflinks, cuffmerge, cuffdiff ja cuffcompare.

Cufflinks

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia Boost Software License 1.0 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 2.2.1, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

Cufflinks on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Cufflinks-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load cufflinks/2.2.1

Transkriptien kokoaminen kohdistetusta, lajitellusta BAM-tiedostosta:

cufflinks -p 4 -o cufflinks_out aligned.sorted.bam

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=cufflinks
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load cufflinks/2.2.1

cufflinks -p $SLURM_CPUS_PER_TASK -o cufflinks_out aligned.sorted.bam

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

Cufflinksin kotisivu