Structure Harvester

Structure Harvester jäsentää Pritchardin Structure -ohjelman tulosteen, soveltaa Evannon ΔK-menetelmää klustereiden määrän tunnistamisen helpottamiseksi ja voi valinnaisesti tuottaa CLUMPP-yhteensopivia indfile- ja popfile-tiedostoja.

• Structure Harvester
  • Lisenssi
  • Saatavuus
  • Käyttö
    • Esimerkkieräajokomentosarja
  • Tuki
  • Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä.

Saatavuus

• Roihu: 0.7, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

Structure Harvester on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load structureharvester/0.7

Suorita structureHarvester.py hakemistolle, joka sisältää Structure-tulostiedostoja:

structureHarvester.py --dir=structure_results --out=harvester_out --evanno --clumpp

Structure Harvesteria käytetään usein osana automatisoitua Structure-työvuo'ta — katso StrAuto, joka suorittaa sen osana jälkikäsittelyään.

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=structureharvester
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=2G

module load bio-apps/v202603
module load structureharvester/0.7

structureHarvester.py --dir=structure_results --out=harvester_out --evanno --clumpp

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n Service Desk

Lisätietoja

• Structure Harvesterin GitHub-repositorio

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Kerro meille miten voisimme parantaa tätä sivua ottamalla meihin yhteyttä .