Structure Harvester
Structure Harvester jäsentää Pritchardin Structure -ohjelman tulosteen, soveltaa Evannon ΔK-menetelmää klustereiden määrän tunnistamisen helpottamiseksi ja voi valinnaisesti tuottaa CLUMPP-yhteensopivia indfile- ja popfile-tiedostoja.
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä.
Saatavuus
- Roihu: 0.7,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
Structure Harvester on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten moduuli:
Suorita structureHarvester.py hakemistolle, joka sisältää Structure-tulostiedostoja:
Structure Harvesteria käytetään usein osana automatisoitua Structure-työvuo'ta — katso StrAuto, joka suorittaa sen osana jälkikäsittelyään.
Esimerkkieräajokomentosarja
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=structureharvester
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=2G
module load bio-apps/v202603
module load structureharvester/0.7
structureHarvester.py --dir=structure_results --out=harvester_out --evanno --clumpp
Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.