CLUMPP
CLUMPP (CLUster Matching and Permutation Program) käsittelee populaatiorakenteen klusterointiohjelmien, kuten Structuren, tulosteissa esiintyvää nimikkeiden vaihtumista ja multimodaalisuutta. Se permutoi toistettujen ajojen klusterinimikkeet niin, että ne vastaavat toisiaan mahdollisimman hyvin.
Lisenssi
CLUMPP on vapaasti ladattavissa ja vapaasti käytettävissä; mitään tiettyä avoimen lähdekoodin lisenssiä ei ole määritelty. Katso ehdot CLUMPPin kotisivulta.
Saatavuus
- Roihu: 1.1.2,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
CLUMPP on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten CLUMPP-moduuli:
CLUMPPia ohjataan parametritiedostolla (paramfile), joka määrittää syötteen, tulosteen ja valinnat. Aja se komennolla:
CLUMPPia käytetään usein osana automatisoitua Structure -työvuo'ta — katso StrAuto, joka ajaa CLUMPPin osana jälkikäsittelyään.
Esimerkkieräajokomentosarja
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=clumpp
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=2G
module load bio-apps/v202603
module load clumpp/1.1.2
CLUMPP paramfile
Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.