deepTools

deepTools on työkalukokoelma syväsekvensointidatan tutkimiseen. Se käsittelee DNA-sekvensoinnin tuottamia suuria datamääriä, ja sitä käytetään laajasti ChIP-seq-, RNA-seq- ja niihin liittyvien analyysien peiton normalisointiin, vertailuun ja visualisointiin. Se sisältää työkaluja kuten bamCoverage, bamCompare, computeMatrix, plotHeatmap ja plotProfile.

deepTools

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 3.5.3 (moduuli py-deeptools), bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

deepTools on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load py-deeptools/3.5.3

Esimerkiksi normalisoidun peittoraidan luominen indeksoidusta BAM-tiedostosta:

bamCoverage -b aligned.sorted.bam -o coverage.bw --normalizeUsing RPKM -p 8

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=deeptools
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

module load bio-apps/v202603
module load py-deeptools/3.5.3

bamCoverage -b aligned.sorted.bam -o coverage.bw --normalizeUsing RPKM -p $SLURM_CPUS_PER_TASK

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

deepToolsin dokumentaatio