AUGUSTUS

AUGUSTUS on ohjelma, joka ennustaa geenejä eukaryoottien genomisekvensseissä. Sitä voidaan käyttää ab initio -ennustajana, ja se voi myös hyödyntää ulkoista näyttöä, kuten RNA-Seq-kohdistuksia ja proteiinihomologiaa.

AUGUSTUS

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia Artistic License 1.0 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 3.5.0, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

AUGUSTUS on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten AUGUSTUS-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load augustus/3.5.0

Geenien ennustaminen olemassa olevalla lajimallilla:

augustus --species=human genome.fa > predictions.gff

Asetushakemisto

Moduuli asettaa AUGUSTUS_CONFIG_PATH-ympäristömuuttujan osoittamaan moduuliasennuksen asetushakemistoon (lajimallit, parametrit). Tämä asennus on vain luku -tilassa, mikä sopii hyvin ennusteiden ajamiseen olemassa olevilla lajimalleilla.

Jos sinun täytyy kouluttaa uusi laji (tai muuten kirjoittaa asetushakemistoon, esimerkiksi etraining-komennolla tai autoAug-skripteillä), kopioi asetukset kirjoitettavaan sijaintiin ja osoita AUGUSTUS_CONFIG_PATH sinne:

cp -r $AUGUSTUS_CONFIG_PATH /scratch/<project>/augustus_config
export AUGUSTUS_CONFIG_PATH=/scratch/<project>/augustus_config

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=augustus
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=8G

module load bio-apps/v202603
module load augustus/3.5.0

augustus --species=human genome.fa > predictions.gff

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki