Hyppää sisältöön

Welcome to our weekly research support coffee hour on Zoom! Click here for more information.

Warning!

Puhti scratch disk is becoming very full (80+ % ) resulting in performance degradation. Everybody is advised to only keep actively processed data on scratch, all other data should be deleted, transferred to host institute or stored in Lumi-O. No new quota will be granted. Click here for a tool for examining your disk usage.

FastQC

FastQC on laadunvalvontatyökalu suuren läpimenon sekvenssidatalle.

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

  • Puhti: 0.11.9
  • Chipster -graafinen käyttöliittymä

Käyttö

Alusta Puhdissa komennolla:

module load biokit

Tämän jälkeen voit suorittaa FastQC:n:

fastqc --help

Jos suoritat FastQC:n ilman komentoriviargumentteja, se avaa graafisen käyttöliittymän. Paras tapa käyttää graafista käyttöliittymää etänä Puhdissa on käyttää Puhdin selainkäyttöliittymän työpöytää.

Lisätietoja

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.