Hyppää sisältöön

Docs CSC now features an automatic Finnish translation. Click here for more information.

Warning!

Puhti and Mahti will be decommissioned after Roihu becomes available. Users should clean up unnecessary files and move any required data by the end of August 2026. See the Roihu data preparation instructions for details.

Puhti scratch is very full: keep only active data there and move or delete everything else. No new Puhti scratch quota will be granted.

FastQC

FastQC on laadunvalvontatyökalu suuren läpimenon sekvenssidatalle.

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

  • Puhti: 0.11.9
  • Chipster -graafinen käyttöliittymä

Käyttö

Alusta Puhdissa komennolla:

module load biokit

Tämän jälkeen voit suorittaa FastQC:n:

fastqc --help

Jos suoritat FastQC:n ilman komentoriviargumentteja, se avaa graafisen käyttöliittymän. Paras tapa käyttää graafista käyttöliittymää etänä Puhdissa on käyttää Puhdin selainkäyttöliittymän työpöytää.

Lisätietoja

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.