Hyppää sisältöön

Docs CSC now features an automatic Finnish translation. Click here for more information.

Warning!

Puhti and Mahti are being decommissioned in stages, and their storage areas will become fully unavailable from 15 October 2026. Clean up unnecessary files and move any data you need to keep by 31 August 2026. See the Roihu data migration guide for instructions on transferring your data to Roihu.

Puhti scratch is very full: keep only active data there and move or delete everything else. No new Puhti scratch quota will be granted.

FastQC

FastQC on laadunvalvontatyökalu suuren läpimenon sekvenssidatalle.

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

  • Puhti: 0.11.9
  • Chipster -graafinen käyttöliittymä

Käyttö

Alusta Puhdissa komennolla:

module load biokit

Tämän jälkeen voit suorittaa FastQC:n:

fastqc --help

Jos suoritat FastQC:n ilman komentoriviargumentteja, se avaa graafisen käyttöliittymän. Paras tapa käyttää graafista käyttöliittymää etänä Puhdissa on käyttää Puhdin selainkäyttöliittymän työpöytää.

Lisätietoja

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.