Hyppää sisältöön

A new version of SD Connect and SD Desktop will be available from Monday, September 28. The major upgrade will introduce significant improvements, but also includes changes that are not compatible with the current version of the service. Click here to review the available support materials.

Warning!

Puhti and Mahti computing services have been decommissioned and no new jobs are accepted or executed on its compute nodes. Puhti and Mahti login nodes and storage services are planned to remain available until 15 October 2026. Clean up unnecessary files and move any data you need to keep by 31 August 2026. See the Roihu data migration guide for instructions on transferring your data to Roihu.

FastQC

FastQC on laadunvalvontatyökalu suuren läpimenon sekvenssidatalle.

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

  • Roihu: 0.12.1, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

FastQC on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten FastQC-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load fastqc/0.12.1

Tämän jälkeen voit suorittaa FastQC:n:

fastqc --help

Jos suoritat FastQC:n ilman komentoriviargumentteja, se avaa graafisen käyttöliittymän. Paras tapa käyttää graafista käyttöliittymää etänä Roihussa on käyttää Roihun selainkäyttöliittymän työpöytää.

Tuki

CSC Service Desk

Lisätietoja

Suomenkielinen tekoälykäännös

Sisällössä voi esiintyä virheellistä tietoa tekoälykäännöksestä johtuen.

Klikkaa tästä antaaksesi palautetta

Ymmärrän.