FastQC

FastQC on laadunvalvontatyökalu suuren läpimenon sekvenssidatalle.

FastQC
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 0.12.1, bio-apps-moduulin kautta.
Chipster -graafinen käyttöliittymä

Käyttö

FastQC on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten FastQC-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load fastqc/0.12.1

Tämän jälkeen voit suorittaa FastQC:n:

fastqc --help

Jos suoritat FastQC:n ilman komentoriviargumentteja, se avaa graafisen käyttöliittymän. Paras tapa käyttää graafista käyttöliittymää etänä Roihussa on käyttää Roihun selainkäyttöliittymän työpöytää.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

FastQC:n kotisivu