EMBOSS
EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite) -paketti sisältää yli 200 ohjelmaa sekvenssianalyysiin. EMBOSS on suunniteltu klassiseen sekvenssianalyysiin, jossa sekvenssien määrä on alle 100 000. Tämän vuoksi useimmat työkalut eivät ole tehokkaita raakamuotoisille NGS-aineistoille, joissa on miljoonia sekvenssejä (readit). Esimerkkejä EMBOSS-työkalujen käyttökohteista on annettu alla.
- Sekvenssien kohdistus
- Fylogenia
- Piilotetut Markov-mallit
- Nopea tietokantahaku sekvenssikuvioiden avulla
- Proteiinimotiivien tunnistus, mukaan lukien domeenianalyysi
- EST-analyysi
- Nukleotidisekvenssien kuviomallianalyysi, esimerkiksi CpG-saarten tunnistamiseen
- Yksinkertaisten ja lajispesifisten toistojaksojen tunnistus
- Kodonikäytön analyysi pienille genomeille
- Sekvenssikuvioiden nopea tunnistus laajamittaisissa sekvenssijoukoissa
- Esitystyökalut julkaisuja varten
- RNA:n sekundaarirakenteen ennustaminen
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv2 -lisenssillä.
Saatavuus
- Puhdissa: 6.5.7
- Chipster tarjoaa graafisen käyttöliittymän monille EMBOSS-työkaluille.
Käyttö
EMBOSS-ohjelmat ovat saatavilla Puhdissa osana biokit-moduulin kokoelmaa. Ota se käyttöön lataamalla biokit-moduuli komennolla:
biokit-moduuli ottaa käyttöön joukon yleisesti käytettyjä bioinformatiikan työkaluja, mukaan lukien EMBOSSin.
Huomaa kuitenkin, että Puhdissa on myös muita bioinformatiikan työkaluja, joilla on erilliset käyttöönottokomennot.
Kun biokit on ladattu, voit käynnistää minkä tahansa EMBOSS-ohjelman kirjoittamalla sen nimen. Esimerkiksi:
wossname-komento on aputyökalu, jonka avulla voit nähdä, mitä EMBOSS-komentoja on saatavilla. Voit käyttää sitä myös EMBOSS-työkalujen etsimiseen avainsanojen avulla.