EMBOSS
EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite) -paketti sisältää yli 200 ohjelmaa sekvenssianalyysiin. EMBOSS on suunniteltu klassiseen sekvenssianalyysiin, jossa sekvenssien määrä on alle 100 000. Tämän vuoksi useimmat työkaluista eivät ole tehokkaita raakamuotoisille NGS-aineistoille, joissa on miljoonia sekvenssejä (lukemia). Esimerkkejä EMBOSS-työkalujen käyttökohteista on annettu alla.
- Sekvenssien kohdistus
- Fylogenia
- Piilotetut Markovin mallit
- Nopea tietokantahaku sekvenssikuvioiden avulla
- Proteiinimotiivien tunnistus, mukaan lukien domeenianalyysi
- EST-analyysi
- Nukleotidisekvenssien kuviomallitarkastelu, esimerkiksi CpG-saarten tunnistamiseen
- Yksinkertaisten ja lajispesifisten toistojaksojen tunnistus
- Kodonikäytön analyysi pienille genomeille
- Sekvenssikuvioiden nopea tunnistus laajoissa sekvenssijoukoissa
- Esitystyökalut julkaisuja varten
- RNA:n sekundaarirakenteen ennustaminen
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv2 -lisenssillä.
Saatavuus
- Roihu-CPU: 6.6.0,
bio-apps-moduulin kautta. - Chipster tarjoaa graafisen käyttöliittymän monille EMBOSS-työkaluille.
Käyttö
EMBOSS on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa bio-apps-moduulipuu ja sitten EMBOSS-moduuli:
Lataamisen jälkeen voit käynnistää minkä tahansa EMBOSS-ohjelman kirjoittamalla sen nimen. Esimerkiksi:
wossname-komento on aputyökalu, jonka avulla voit nähdä, mitä EMBOSS-komentoja on saatavilla. Voit käyttää sitä myös EMBOSS-työkalujen etsimiseen avainsanojen avulla.