EMBOSS
EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite) -paketti sisältää yli 200 ohjelmaa sekvenssianalyysiin. EMBOSS on suunniteltu klassiseen sekvenssianalyysiin, jossa sekvenssien määrä on alle 100 000. Tämän vuoksi useimmat työkalut eivät ole tehokkaita raakamuotoisille NGS-aineistoille, joissa on miljoonia sekvenssejä (lukemia). Esimerkkejä EMBOSS-työkalujen käyttökohteista on annettu alla.
- Sekvenssien kohdistus
- Fylogenia
- Piilotetut Markov-mallit
- Nopea tietokantahaku sekvenssikuvioiden avulla
- Proteiinimotiivien tunnistus, mukaan lukien domeenianalyysi
- EST-analyysi
- Nukleotidisekvenssien kuviomallianalyysi, esimerkiksi CpG-saarten tunnistamiseen
- Yksinkertaisten ja lajispesifisten toistojaksojen tunnistus
- Kodonikäytön analyysi pienille genomeille
- Sekvenssikuvioiden nopea tunnistus laajamittaisissa sekvenssijoukoissa
- Esitystyökalut julkaisuja varten
- RNA:n sekundaarirakenteen ennustaminen
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv2 -lisenssillä.
Saatavuus
- Roihu: 6.6.0,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
EMBOSS on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten EMBOSS-moduuli:
Lataamisen jälkeen voit käynnistää minkä tahansa EMBOSS-ohjelman kirjoittamalla sen nimen. Esimerkiksi:
wossname-komento on aputyökalu, jonka avulla voit nähdä, mitä EMBOSS-komentoja on saatavilla. Voit käyttää sitä myös EMBOSS-työkalujen etsimiseen avainsanoilla.