EMBOSS

EMBOSS (European Molecular Biology Open Software Suite) -paketti sisältää yli 200 ohjelmaa sekvenssianalyysiin. EMBOSS on suunniteltu klassiseen sekvenssianalyysiin, jossa sekvenssien määrä on alle 100 000. Tämän vuoksi useimmat työkaluista eivät ole tehokkaita raakamuotoisille NGS-aineistoille, joissa on miljoonia sekvenssejä (lukemia). Esimerkkejä EMBOSS-työkalujen käyttökohteista on annettu alla.

Sekvenssien kohdistus
Fylogenia
Piilotetut Markovin mallit
Nopea tietokantahaku sekvenssikuvioiden avulla
Proteiinimotiivien tunnistus, mukaan lukien domeenianalyysi
EST-analyysi
Nukleotidisekvenssien kuviomallitarkastelu, esimerkiksi CpG-saarten tunnistamiseen
Yksinkertaisten ja lajispesifisten toistojaksojen tunnistus
Kodonikäytön analyysi pienille genomeille
Sekvenssikuvioiden nopea tunnistus laajoissa sekvenssijoukoissa
Esitystyökalut julkaisuja varten
RNA:n sekundaarirakenteen ennustaminen

EMBOSS
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv2 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 6.6.0, bio-apps-moduulin kautta.
Chipster tarjoaa graafisen käyttöliittymän monille EMBOSS-työkaluille.

Käyttö

EMBOSS on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa bio-apps-moduulipuu ja sitten EMBOSS-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load emboss/6.6.0

Lataamisen jälkeen voit käynnistää minkä tahansa EMBOSS-ohjelman kirjoittamalla sen nimen. Esimerkiksi:

wossname

wossname-komento on aputyökalu, jonka avulla voit nähdä, mitä EMBOSS-komentoja on saatavilla. Voit käyttää sitä myös EMBOSS-työkalujen etsimiseen avainsanojen avulla.

Tuki

CSC Service Desk