HUMAnN
HUMAnN on putki, jolla voidaan tehokkaasti ja tarkasti profiloida mikrobiyhteisön reittien esiintymistä/puuttumista ja runsautta metagenomisesta tai metatranskriptomisesta sekvensointidatasta. Tämän prosessin (funktionaalinen profilointi) tavoitteena on kuvata mikrobiyhteisön ja sen jäsenten metabolista potentiaalia.
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä.
Saatavuus
Puhdissa saatavilla olevat versiot: 3.0.1, 3.6, 3.8, 3.9
Käyttö
Puhdissa HUMAnN on asennettu kontitettuna sovelluksena. Ota se käyttöön suorittamalla komento:
Oletuksena HUMAnN yrittää tarkistaa ja päivittää MetaPhlAn-tietokannan joka kerta, kun sitä ajetaan. Tämä epäonnistuu kontitetussa asennuksessa, joten sinun täytyy lisätä komentorivivalitsin:
Käyttääksesi CSC:n tarjoamaa tietokantaa, käytä:
CSC tarjoaa HUMAnN-tietokannoista oletusversiot. Voit käyttää niitä määrittämällä:
HUMAnN voi hyödyntää useita CPU-ytimiä. Tee tämä asettamalla --cpus-per-task haluttuun arvoon.
Puhdissa voit käyttää enintään 40 ydintä. Muista myös lisätä valitsin --threads HUMAnN-komentoosi.
Voit käyttää muuttujaa $SLURM_CPUS_PER_TASK, jotta määrä vastaa automaattisesti pyydettyä
ydinmäärää.
Esimerkkieräajokomentosarja (käytä oman projektisi nimeä parametrissa --account)
#!/bin/bash -l
#SBATCH --job-name=humann
#SBATCH --account=project_123456
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=10
#SBATCH --mem=20000
# Load HUMaN module
module load humann
# Dowload a test file
wget https://github.com/biobakery/humann/raw/master/examples/demo.fastq.gz
# Run HUMaN
humann --threads=$SLURM_CPUS_PER_TASK --input demo.fastq.gz --nucleotide-database $HUMANN_NUC --protein-database $HUMANN_PROT --metaphlan-options "--offline --bowtie2db $MPA" --output demo_out