HUMAnN

HUMAnN on putki mikrobiyhteisön mikrobireittien esiintymisen/puuttumisen ja runsauden tehokkaaseen ja tarkkaan profilointiin metagenomisesta tai metatranskriptomisesta sekvensointidatasta. Tämän prosessin (toiminnallinen profilointi) tavoitteena on kuvata mikrobiyhteisön ja sen jäsenten metabolista potentiaalia.

HUMAnN

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 4.0.0a2 (HUMAnN 4.0:n alfaversio), bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

HUMAnN on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten HUMAnN-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load humann/4.0.0a2

Tämän jälkeen voit suorittaa HUMAnNin:

humann --help

Tietokannat

HUMAnNin viitetietokannat (ChocoPhlAn ja UniRef) ovat useiden gigatavujen kokoisia, eikä niitä ole sisällytetty moduuliin. HUMAnN käyttää myös MetaPhlAnia taksonomiseen esiseulontaan, ja se tarvitsee oman tietokantansa.

Jaetut viitetietokannat

CSC suunnittelee tarjoavansa jaetut viitetietokannat keskitetystä sijainnista Roihussa. Tätä ollaan vielä ottamassa käyttöön. Kunnes se on saatavilla, lataa ja käytä omia kopioitasi alla esitetyllä tavalla.

HUMAnN tallentaa tietokantapolkunsa asetustiedostoon (humann.cfg) moduulin asennushakemiston sisällä. Roihussa tämä asennus on vain luku -tilassa, joten humann_config ja humann_databases-komennon oletusarvoinen asetuspäivitys eivät voi tallentaa polkuja sinne. Lataa sen sijaan tietokannat kirjoitettavaan sijaintiin (esimerkiksi projektisi /scratch-hakemistoon) käyttäen valitsinta --update-config no, ja osoita HUMAnN niihin komentorivillä jokaisella ajokerralla.

humann_databases --download chocophlan full /scratch/<project>/humann_db --update-config no
humann_databases --download uniref uniref90_diamond /scratch/<project>/humann_db --update-config no

HUMAnNin suorittaminen

HUMAnN voi hyödyntää useita CPU-ytimiä. Aseta --cpus-per-task haluttuun määrään ja välitä --threads $SLURM_CPUS_PER_TASK HUMAnNille, jotta se vastaa pyydettyä ydinten määrää. Osoita HUMAnNille lataamasi tietokannat valitsimilla --nucleotide-database ja --protein-database (sekä MetaPhlAnin tietokanta valitsimella --metaphlan-options).

Esimerkkieräajotyön skripti:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=humann
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=10
#SBATCH --mem-per-cpu=2000M

module load bio-apps/v202603
module load humann/4.0.0a2

DB=/scratch/<project>/humann_db

# Download a test file
wget https://github.com/biobakery/humann/raw/master/examples/demo.fastq.gz

# Run HUMAnN, specifying the database locations on the command line
humann --threads $SLURM_CPUS_PER_TASK --input demo.fastq.gz \
    --nucleotide-database $DB/chocophlan \
    --protein-database $DB/uniref \
    --output demo_out

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234) ja käytä samaa projektia yllä olevissa tietokantapoluissa.

Tuki

CSC:n asiakastuki