fastp

fastp on työkalu, joka on suunniteltu tarjoamaan nopea kaiken yhdessä tekevä esikäsittely FASTQ-tiedostoille. Se suorittaa adapterien trimmauksen, laadun suodatuksen, lukukohtaisen laadun karsinnan ja tuottaa laadunvalvontaraportit HTML- ja JSON-muodossa.

• fastp
  • Lisenssi
  • Saatavuus
  • Käyttö
    • Esimerkkieräajokomentosarja
  • Tuki
  • Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä.

Saatavuus

• Roihu-CPU: 1.0.1, 1.3.6, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

fastp on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten fastp-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load fastp/1.3.6

Paripäiselle datalle:

fastp -i read1.fq.gz -I read2.fq.gz -o out1.fq.gz -O out2.fq.gz --thread 4

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=fastp
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

module load bio-apps/v202603
module load fastp/1.3.6

fastp -i read1.fq.gz -I read2.fq.gz -o out1.fq.gz -O out2.fq.gz --thread $SLURM_CPUS_PER_TASK

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

• fastp GitHub-repositorio

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Kerro meille miten voisimme parantaa tätä sivua ottamalla meihin yhteyttä .