fastp
fastp on työkalu, joka on suunniteltu tarjoamaan nopea kaiken yhdessä tekevä esikäsittely FASTQ-tiedostoille. Se suorittaa adapterien trimmauksen, laadun suodatuksen, lukukohtaisen laadun karsinnan ja tuottaa laadunvalvontaraportit HTML- ja JSON-muodossa.
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia MIT-lisenssillä.
Saatavuus
- Roihu-CPU: 1.0.1, 1.3.6,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
fastp on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten fastp-moduuli:
Paripäiselle datalle:
Esimerkkieräajokomentosarja
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=fastp
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --mem-per-cpu=2G
module load bio-apps/v202603
module load fastp/1.3.6
fastp -i read1.fq.gz -I read2.fq.gz -o out1.fq.gz -O out2.fq.gz --thread $SLURM_CPUS_PER_TASK
Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.