eggNOG-mapper

eggNOG-mapper on työkalu uusien sekvenssien nopeaan toiminnalliseen annotointiin. Se käyttää eggNOG-tietokannan valmiiksi laskettuja ortologiryhmiä ja fylogenioita siirtääkseen toiminnallista tietoa hienojakoisilta ortologeilta.

eggNOG-mapper

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 2.1.15, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

eggNOG-mapper on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten eggNOG-mapper-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load eggnog-mapper/2.1.15

Tietokannat

eggNOG-mapper vaatii eggNOG-viitetietokannat, jotka eivät sisälly moduuliin.

Jaetut viitetietokannat

CSC suunnittelee tarjoavansa jaetut viitetietokannat keskitetystä sijainnista Roihussa. Tätä ollaan vielä ottamassa käyttöön. Kunnes se on saatavilla, lataa oma kopiosi kirjoitettavaan sijaintiin (esimerkiksi projektisi /scratch-hakemistoon).

Lataa tietokannat komennolla download_eggnog_data.py ja osoita eggNOG-mapper niihin valitsimella --data_dir (tai EGGNOG_DATA_DIR-ympäristömuuttujalla):

download_eggnog_data.py -y --data_dir /scratch/<project>/eggnog_db

Yllä olevan komennon -y-valitsin voidaan sisällyttää esimerkiksi skripteihin ja eräajoihin, jotta vahvistuskehote ohitetaan ennen latauksen alkamista.

eggNOG-mapperin suorittaminen

eggNOG-mapperia ajetaan komennolla emapper.py:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=emapper
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load eggnog-mapper/2.1.15

emapper.py --cpu $SLURM_CPUS_PER_TASK \
    --data_dir /scratch/<project>/eggnog_db \
    -i proteins.fasta -o annotation

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki