eggNOG-mapper

eggNOG-mapper on työkalu uusien sekvenssien nopeaan funktionaaliseen annotointiin. Se käyttää eggNOG-tietokannan valmiiksi laskettuja ortologiryhmiä ja fylogenioita siirtääkseen funktionaalista tietoa hienojakoisilta ortologeilta.

eggNOG-mapper

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 2.1.15, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

eggNOG-mapper on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten eggNOG-mapper-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load eggnog-mapper/2.1.15

Tietokannat

eggNOG-mapper vaatii eggNOG-viitetietokannat. CSC tarjoaa jaetun kopion Roihussa (eggNOG 5.0.2, sisältäen MMseqs2-, Pfam- ja novel families -tietokannat), ja eggnog-mapper-moduuli asettaa EGGNOG_DATA_DIR-ympäristömuuttujan tähän sijaintiin, joten emapper.py löytää tietokannat ilman lisävalintoja.

eggNOG-mapperin suorittaminen

eggNOG-mapperia ajetaan emapper.py-komennolla:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=emapper
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load eggnog-mapper/2.1.15

emapper.py --cpu $SLURM_CPUS_PER_TASK \
    -i proteins.fasta -o annotation

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihuun.

Tuki

CSC:n Service Desk