Megahit
Megahit on erittäin nopea kokoamistyökalu metagenomiikkadatalle.
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.
Saatavuus
- Roihu: 1.2.9,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
Megahit on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Megahit-moduuli:
Saat käyttöohjeet komennolla:
Metagenomiikkadatan kokoaminen voi vaatia erittäin paljon resursseja. Huomaa, että Megahitia ei tule ajaa kirjautumissolmuilla. Kaikissa varsinaisissa analyysitehtävissä suosittelemme ajamaan Megahitin eräajona.
Esimerkki Megahit-eräajosta:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=Megahit
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=megahit_out_%j
#SBATCH --error=megahit_err_%j
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=12:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem=32G
module load bio-apps/v202603
module load megahit/1.2.9
srun megahit -1 reads_1.fastq -2 reads_2.fastq -t $SLURM_CPUS_PER_TASK --m 32000000000 -o result_directory
Yllä olevassa esimerkissä <project> tulee korvata projektisi nimellä. Voit tarkistaa CSC-projektisi komennolla csc-projects. Enimmäisajoaika on
asetettu 12 tuntiin (--time=12:00:00). Koska Megahit käyttää säiepohjaista rinnakkaistusta, prosessi käsitellään yhtenä työnä, joka tulee suorittaa yhdellä solmulla (--ntasks=1, --nodes=1). Työ varaa kahdeksan ydintä (--cpus-per-task=8), jotka voivat käyttää yhteensä enintään 32 Gt muistia (--mem=32G). Huomaa, että käytettävien ytimien määrä täytyy määritellä myös varsinaisessa Megahit-komennossa.
Tämä tehdään Megahitin valitsimella -t. Tässä tapauksessa käytämme muuttujaa $SLURM_CPUS_PER_TASK, joka sisältää arvon --cpus-per-task
(voisimme yhtä hyvin käyttää -t 8, mutta silloin meidän täytyy muistaa muuttaa arvoa, jos varattujen CPU-ytimien määrä muuttuu).
Työ lähetetään eräajo järjestelmään komennolla sbatch. Esimerkiksi jos eräajotiedoston
nimi on megahit_job.sh, lähetyskomento on:
Lisätietoja eräajojen suorittamisesta löytyy sivulta eräajotiedoston luominen Roihulle.