Megahit

Megahit on erittäin nopea kokoamistyökalu metagenomiikkadatalle.

Megahit
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 1.2.9, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

Megahit on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Megahit-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load megahit/1.2.9

Saat käyttöohjeen komennolla:

megahit -h

Metagenomiikkadatan kokoaminen voi vaatia hyvin paljon resursseja. Huomaa, että Megahitia ei pidä ajaa kirjautumissolmuilla. Kaikissa varsinaisissa analyysitehtävissä suosittelemme ajamaan Megahitin eräajona.

Esimerkki Megahit-eräajosta:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=Megahit
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=megahit_out_%j
#SBATCH --error=megahit_err_%j
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=12:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem=32G

module load bio-apps/v202603
module load megahit/1.2.9

srun megahit -1 reads_1.fastq -2 reads_2.fastq -t $SLURM_CPUS_PER_TASK --m 32000000000 -o result_directory

Yllä olevassa esimerkissä <project> tulee korvata projektisi nimellä. Voit käyttää csc-projects-komentoa CSC-projektiesi tarkistamiseen. Enimmäisajoaika on asetettu 12 tuntiin (--time=12:00:00). Koska Megahit käyttää säiepohjaista rinnakkaistusta, prosessi käsitellään yhtenä työnä, joka tulee suorittaa yhdellä solmulla (--ntasks=1, --nodes=1). Työ varaa kahdeksan ydintä (--cpus-per-task=8), jotka voivat käyttää yhteensä enintään 32 Gt muistia (--mem=32G). Huomaa, että käytettävien ytimien määrä täytyy määritellä myös varsinaisessa Megahit-komennossa. Tämä tehdään Megahitin -t-valitsimella. Tässä tapauksessa käytämme $SLURM_CPUS_PER_TASK-muuttujaa, joka sisältää --cpus-per-task- arvon (voisimme yhtä hyvin käyttää myös -t 8, mutta silloin meidän täytyy muistaa muuttaa arvoa, jos varattujen suorittimien määrä muuttuu).

Työ lähetetään eräajo järjestelmään sbatch-komennolla. Jos eräajotiedoston nimi on esimerkiksi megahit_job.sh, lähetyskomento on:

sbatch megahit_job.sh

Lisätietoja eräajojen suorittamisesta löytyy sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC Service Desk

Lisätietoja

Megahitin kotisivu