Interaktiivinen käyttö
Kun kirjaudut CSC:n supertietokoneelle, muodostat yhteyden johonkin sen
kirjautumissolmuista. Kirjautumissolmut ovat kaikkien käyttäjien yhteiskäytössä,
eikä niitä saa käyttää raskaaseen laskentaan. Katso lisätietoja käyttöehdoistamme.
Jos sinun täytyy suorittaa raskaita laskentoja interaktiivisesti, voit käyttää
Puhdin ja Mahdin interactive-osioita.
interactive-osio tarjoaa vähemmän resursseja kuin muut osiot, mutta siihen
lähetetyillä töillä on vastaavasti paljon korkeampi prioriteetti, joten ne
jonottavat yleensä vain hyvin vähän aikaa. Osiota voidaan käyttää
selainkäyttöliittymäsovellusten ja
eräajojen suorittamiseen, mutta kätevin tapa käyttää sitä on
sinteractive-komennolla.
sinteractive-komento
sinteractive käynnistää uuden komentotulkkiohjelman laskentasolmulla käyttäjän
määrittämillä resursseilla. Prosesseja voidaan käynnistää aivan kuin käyttäisit
omaa laitettasi, eli Slurm-komentoja kuten srun ei tarvitse eikä edes voi
käyttää. Komentotulkkiympäristö poikkeaa hieman kirjautumissolmujen
ympäristöstä; esimerkiksi "raskaammat" tekstieditorit kuten Vim ja Emacs eivät
ole käytettävissä, joten niiden sijaan on käytettävä Vi:tä tai Nanoa.
Koska sinteractive käynnistää uuden komentotulkin, kaikki ympäristömuuttujat,
joita ei ole asetettu käyttäjän alustustiedostoissa, täytyy määritellä uudelleen
manuaalisesti. Kun interaktiivinen istunto päättyy, palaat alkuperäiseen
komentotulkkiisi, ja kaikki istunnon aikana hakemistoihin $TMPDIR ja $LOCAL_SCRATCH
kirjoitettu väliaikainen data katoaa.
Vaikka suositeltu tapa käyttää graafisia sovelluksia on virtuaalityöpöytä, tämä on mahdollista myös komentoriviltä käynnistetystä interaktiivisesta istunnosta käyttämällä X11-välitystä.
Helpoin tapa käyttää sinteractive-komentoa on suorittaa se -i-valinnalla:
Kun tätä valintaa käytetään, käyttäjältä kysytään istunnon yksittäiset parametrit (ajoaika, muisti, ytimet jne.). Jos et halua määrittää resursseja interaktiivisesti, voit antaa ne komennolle suoraan argumentteina. Huomaa, että käytettävissä olevat valinnat ja resurssit eivät ole täysin samat Puhdissa ja Mahdissa laitteistoerojen vuoksi.
sinteractive Puhdissa
Puhdissa kullakin käyttäjällä voi olla enintään kaksi aktiivista istuntoa
interactive-osiossa.
Jos resurssipyyntösi ylittävät
Puhdin interactive-osion rajat,
tai jos sinulla on siellä jo kaksi aktiivista istuntoa, sinulle tarjotaan
vaihtoehtoa lähettää työ small- tai gpu-osioon. Tällöin työsi ei hyödy
interactive-osion korkeammasta prioriteetista, joten joudut odottamaan jonkin
aikaa ennen kuin pyydetyt resurssit vapautuvat ja interaktiivinen istunto
käynnistyy. Jos pyydät GPU-resursseja -g-valinnalla, työsi lähetetään
automaattisesti gpu-osioon.
Kaikki sinteractive-komennolla käynnistetyt istunnot suoritetaan solmuilla,
joissa on käytettävissä
nopea paikallinen NVMe-tallennustila.
Tällä paikallisella levyalueella on suuri I/O-kapasiteetti, joten se on
ihanteellinen sijainti prosessiesi luomille väliaikaistiedostoille. Muista
kuitenkin, että tämä levyalue tyhjennetään, kun interaktiivinen istunto
päättyy. Ympäristömuuttujat $TMPDIR ja $LOCAL_SCRATCH osoittavat työn
paikalliselle levyalueelle.
Nähdäksesi Puhdissa käytettävissä olevat komentovalinnat suorita seuraava komento järjestelmään kirjautuneena:
sinteractive Mahdissa
Mahdissa kullakin käyttäjällä voi olla enintään 8 aktiivista istuntoa
interactive-osiossa. Katso
Mahdin interactive-osion tiedot
käytettävissä olevista resursseista. Interaktiiviseen työskentelyyn on myös
mahdollista pyytää
GPU-siivu käyttämällä -g-lippua,
jolloin työ lähetetään gpusmall-osioon. Huomaa, että GPU-siivun käyttö
rajoittaa työllesi käytettävissä olevien CPU-ytimien ja muistin määrää.
Kuten Puhdissa, voit nähdä Mahti-kohtaiset komentovalinnat suorittamalla seuraavan komennon järjestelmään kirjautuneena:
Esimerkki: Jupyter Notebookin tai RStudio Serverin suorittaminen sinteractive-komennolla
Katso ohje RStudion tai Jupyter Notebookien käytöstä.
Esimerkki: MPI-työn suorittaminen interaktiivisessa istunnossa
Koska interaktiivisessa istunnossa käynnistetty komentotulkki on jo Slurmin
työvaihe, uusia työvaiheita ei voida luoda. Tämä estää esimerkiksi GROMACSin
työkalujen suorittamisen tavalliseen tapaan, koska gmx_mpi on rinnakkainen
ohjelma ja vaatii normaalisti srun-komennon käyttöä. Tässä tapauksessa
srun täytyy korvata interaktiivisessa komentotulkissa komennolla
orterun -n 1. Orterun ei tunne Slurmin lippuja, joten sille täytyy kertoa,
kuinka monta tehtävää tai säiettä käytetään. Seuraava esimerkki suorittaa
olemassa olevalle trajektorille GROMACSin
keskimääräisen neliöpoikkeaman analyysin:
sinteractive --account <project>
module load gromacs-env
orterun -n 1 gmx_mpi msd -n index.ndx -f traj.xtc -s topol.tpr
Jos haluat käyttää kaikkia pyydettyjä ytimiä rinnakkain, sinun täytyy lisätä
--oversubscribe. Esimerkiksi neljällä ytimellä rinnakkainen interaktiivinen
työ (käynnistetty interaktiivisesta istunnosta) voidaan suorittaa näin:
sinteractive --account <project> --cores 4
module load gromacs-env
orterun -n 4 --oversubscribe gmx_mpi mdrun -s topol.tpr
Eksplisiittinen interaktiivinen komentotulkki ilman X11-grafiikkaa
Jos et halua käyttää sinteractive-käärekomentoa, voit myös käyttää
Slurm-komentoja eksplisiittisesti interaktiivisen istunnon käynnistämiseen.
Koska saatat joutua jonottamaan, on suositeltavaa pyytää sähköposti-ilmoitus
heti, kun resurssit on myönnetty.
srun --ntasks=1 --time=00:10:00 --mem=1G --pty \
--account=<project> --partition=small --mail-type=BEGIN \
bash
Kun resurssit ovat käytettävissä, voit työskennellä normaalisti komentotulkissa. Bash-kehote näyttää laskentasolmun nimen:
Kun pyydetty aika on kulunut, komentotulkki sulkeutuu automaattisesti.
Interaktiivisen sovelluksen käynnistäminen X11-grafiikalla
Ota X11-grafiikka käyttöön lisäämällä komentoon --x11=first.
Seuraava käynnistää sovelluksen myprog:
srun --ntasks=1 --time=00:10:00 --mem=1G --x11=first --pty \
--account=<project> --partition=small --mail-type=BEGIN \
myprog
Huomaa, että voit korvata myprog-arvon komennolla bash, jolloin
laskentasolmulla käynnistyy komentotulkki, jota voit puolestaan käyttää
graafisten sovellusten käynnistämiseen. Kun pyydetty aika on kulunut,
sovellus päätetään automaattisesti.