Interaktiivinen käyttö
Kun kirjaudut CSC:n supertietokoneelle, muodostat yhteyden yhteen sen
kirjautumissolmuista. Kirjautumissolmut ovat kaikkien käyttäjien yhteiskäytössä,
eikä niitä saa käyttää raskaaseen laskentaan. Katso lisätietoja käyttöehdoistamme.
Jos sinun täytyy ajaa raskaita laskentoja interaktiivisesti, voit käyttää
Puhdin ja Mahdin interactive-osioita.
interactive-osio tarjoaa vähemmän resursseja kuin muut osiot, mutta siihen
lähetetyillä töillä on vastaavasti paljon korkeampi prioriteetti, joten ne
viettävät yleensä hyvin vähän aikaa jonossa. Osiota voidaan käyttää
selainkäyttöliittymäsovellusten ja
eräajotöiden suorittamiseen, mutta kätevin tapa käyttää
sitä on sinteractive-komennolla.
sinteractive-komento
sinteractive käynnistää uuden komentotulkkiohjelman laskentasolmulla käyttäjän
määrittämillä resursseilla. Prosesseja voidaan käynnistää aivan kuin käyttäisit
omaa laitettasi, eli Slurm-komentoja kuten srun ei tarvitse eikä edes voi
käyttää. Komentotulkin ympäristö poikkeaa hieman kirjautumissolmujen
ympäristöstä; esimerkiksi "raskaammat" tekstieditorit kuten Vim ja Emacs eivät
ole käytettävissä, joten niiden sijaan on käytettävä Vi:tä tai Nanoa.
Koska sinteractive käynnistää uuden komentotulkin, kaikki ympäristömuuttujat,
joita ei ole asetettu käyttäjän alustustiedostoissa, täytyy määritellä
uudelleen käsin. Kun interaktiivinen istunto päättyy, palaat alkuperäiseen
komentotulkkiohjelmaasi, ja kaikki istunnon aikana hakemistoihin $TMPDIR ja
$LOCAL_SCRATCH kirjoitettu väliaikainen data katoaa.
Vaikka suositeltu tapa käyttää graafisia sovelluksia on virtuaalityöpöytä, tämä on mahdollista myös komentoriviltä käynnistetystä interaktiivisesta istunnosta käyttämällä X11-välitystä.
Helpoin tapa käyttää sinteractive-komentoa on ajaa se -i-valinnalla:
Kun tätä valintaa käytetään, käyttäjältä kysytään istunnon yksittäiset parametrit (ajoaika, muisti, ytimet jne.). Jos et halua määrittää resursseja interaktiivisesti, voit antaa ne komennolle suoraan argumentteina. Huomaa, että käytettävissä olevat valinnat ja resurssit eivät ole täysin samat Roihussa, Puhdissa ja Mahdissa laitteistoerojen vuoksi.
sinteractive Roihussa
Roihussa on käytettävissä kaksi interaktiivista osiota: interactive
CPU-resursseille ja gpuinteractive GPU-resursseille. Katso
Roihun interactive-osion tiedot
saadaksesi tietoa käytettävissä olevista resursseista. Roihun gpuinteractive-osiossa
on GH200-superpiirejä, jotka on jaettu yhteensä 48 pienempään siivuun. Jokaisessa
siivussa on yksi seitsemäsosa täydellisen GH200-superpiirin laskentakapasiteetista
ja yksi kahdeksasosa GPU-muistikapasiteetista (12 GiB). sinteractive valitsee
oikean osion resurssipyyntösi perusteella ja tarjoaa sinulle automaattisesti
GPU:n, jos komento ajetaan GPU-kirjautumissolmulta ilman lisäparametreja.
Lähetä työ oikealta kirjautumissolmulta: CPU tai GPU
On ehdottoman tärkeää, että jos pyydät interaktiivista GPU-työtä, teet
pyynnön osoitteesta roihu-gpu.csc.fi, ja vastaavasti CPU-työn osoitteesta
roihu-cpu.csc.fi. Muussa tapauksessa järjestelmäarkkitehtuurin kanssa
yhteensopimattomia moduuleja latautuu ja tulee saataville, koska
interaktiivinen työ perii ympäristön kirjautumissolmulta.
gpuinteractive tarjoaa tällä hetkellä pilotissa kokonaiset GPU:t
GPU-siivutus gpuinteractive-osiossa ei ole vielä käytössä, joten pilotin
aikana käyttäjille varataan kokonaisia GPU:ita.
Nähdäksesi Roihussa käytettävissä olevat komentovalinnat, aja seuraava komento järjestelmään kirjautuneena:
sinteractive Puhdissa
Puhdissa kullakin käyttäjällä voi olla enintään kaksi aktiivista istuntoa
interactive-osiossa.
Jos resurssipyyntösi ylittävät
Puhdin interactive-osion rajat,
tai jos sinulla on siellä jo kaksi aktiivista istuntoa, sinulle tarjotaan
vaihtoehtoa lähettää työ small- tai gpu-osioon. Tässä tapauksessa työsi ei
hyödy interactive-osion korkeammasta prioriteetista, joten joudut odottamaan
jonkin aikaa ennen kuin pyydetyt resurssit vapautuvat ja interaktiivinen
istunto käynnistyy. Jos pyydät GPU:ita -g-valinnalla, työsi lähetetään
automaattisesti gpu-osioon.
Kaikki sinteractive-komennolla käynnistetyt istunnot ajetaan solmuilla, joilla
on käytettävissä
nopea paikallinen NVMe-tallennustila.
Tällä paikallisella levyalueella on suuri I/O-kapasiteetti, ja se on siksi
ihanteellinen sijainti prosessiesi luomille väliaikaistiedostoille. Muista
kuitenkin, että tämä levyalue tyhjennetään, kun interaktiivinen istunto
päättyy. Ympäristömuuttujat $TMPDIR ja $LOCAL_SCRATCH osoittavat työn
paikalliselle levyalueelle.
Nähdäksesi Puhdissa käytettävissä olevat komentovalinnat, aja seuraava komento järjestelmään kirjautuneena:
sinteractive Mahdissa
Mahdissa kullakin käyttäjällä voi olla enintään 8 aktiivista istuntoa
interactive-osiossa. Katso
Mahdin interactive-osion tiedot
saadaksesi tietoa käytettävissä olevista resursseista. Interaktiiviseen
työskentelyyn on myös mahdollista pyytää
GPU-siivu käyttämällä -g-lippua,
jolloin työ lähetetään gpusmall-osioon. Huomaa, että GPU-siivun käyttö
rajoittaa työllesi käytettävissä olevien CPU-ytimien ja muistin määrää.
Kuten Puhdissa, voit nähdä Mahti-kohtaiset komentovalinnat ajamalla seuraavan komennon järjestelmään kirjautuneena:
Esimerkki: Jupyter notebookin tai RStudio-palvelimen ajaminen sinteractive-komennolla
Katso opas RStudion tai Jupyter notebookien käyttämisestä.
Esimerkki: MPI-työn ajaminen interaktiivisessa istunnossa
Koska interaktiivisessa istunnossa käynnistetty komentotulkki on jo Slurmin
job step, uusia job stepejä ei voida luoda. Tämä estää esimerkiksi
GROMACS-työkalujen ajamisen tavalliseen tapaan, koska gmx_mpi on rinnakkainen
ohjelma ja vaatii normaalisti srun-komennon käyttöä. Tässä tapauksessa
srun täytyy korvata interaktiivisessa komentotulkissa komennolla
prterun -n 1. Prterun ei tunne Slurmin lippuja, joten sille täytyy kertoa,
kuinka monta tehtävää/säiettä käytetään. Seuraava esimerkki ajaa
GROMACS mean square displacement -analyysin olemassa
olevalle trajektorialle:
sinteractive --account <project>
module load gromacs-env
prterun -n 1 gmx_mpi msd -n index.ndx -f traj.xtc -s topol.tpr
Jos haluat käyttää kaikkia pyydettyjä ytimiä rinnakkain, sinun täytyy lisätä
--oversubscribe. Esimerkiksi 4 ytimelle rinnakkainen interaktiivinen työ
(interaktiivisesta istunnosta käynnistetty) voidaan ajaa näin:
sinteractive --account <project> --cores 4
module load gromacs-env
prterun -n 4 --oversubscribe gmx_mpi mdrun -s topol.tpr
Yhteyden muodostaminen käynnissä olevan työn laskentasolmuun
Joskus (esimerkiksi virheenjäljitystä varten) on hyödyllistä kirjautua laskentasolmulle, jossa Slurm-työ on parhaillaan käynnissä. Bash-komentotulkki voidaan käynnistää työn master-solmulla (eli ensimmäisellä varauksesi solmulla ja sillä, jolla eräajoskriptisi suoritetaan) seuraavasti:
(--overlap sallii useiden job stepien ajamisen samanaikaisesti, ja --pty
ottaa käyttöön normaalin päätekäyttäytymisen).
Usean solmun töissä on myös mahdollista muodostaa yhteys tiettyyn solmuun
--nodelist=-valinnalla:
missä rcXXXX on solmun nimi, kuten esimerkiksi squeue-komento näyttää.
(Huomaa, että solmunimien muoto vaihtelee eri järjestelmien välillä).
Eksplisiittinen interaktiivinen komentotulkki ilman X11-grafiikkaa
Jos et halua käyttää sinteractive-wrapperia, on myös mahdollista käyttää
Slurm-komentoja eksplisiittisesti interaktiivisen istunnon käynnistämiseen.
Koska saatat joutua jonottamaan, on suositeltavaa pyytää sähköposti-ilmoitus
sitten, kun resurssit on myönnetty.
srun --ntasks=1 --time=00:10:00 --mem=1G --pty \
--account=<project> --partition=small --mail-type=BEGIN \
bash
Kun resurssit ovat käytettävissä, voit työskennellä normaalisti komentotulkissa. Bash-kehote näyttää laskentasolmun nimen:
Kun pyydetty aika on kulunut, komentotulkki sulkeutuu automaattisesti.
Interaktiivisen sovelluksen käynnistäminen X11-grafiikalla
Ota X11-grafiikka käyttöön lisäämällä komentoon --x11=first.
Seuraava käynnistää sovelluksen myprog:
srun --ntasks=1 --time=00:10:00 --mem=1G --x11=first --pty \
--account=<project> --partition=small --mail-type=BEGIN \
myprog
Huomaa, että voit korvata myprog-arvon komennolla bash, jolloin
laskentasolmulla käynnistyy komentotulkki, jota voit puolestaan käyttää
graafisten sovellusten käynnistämiseen. Kun pyydetty aika on kulunut,
sovellus lopetetaan automaattisesti.