Interaktiivinen käyttö

Kun kirjaudut CSC:n supertietokoneelle, muodostat yhteyden yhteen sen kirjautumissolmuista. Kirjautumissolmut ovat kaikkien käyttäjien yhteiskäytössä, eikä niitä saa käyttää raskaaseen prosessointiin. Katso lisätietoja käyttöehdoistamme. Jos sinun täytyy ajaa raskaita laskentoja interaktiivisesti, voit käyttää Roihussa ja Mahdissa interactive-osioita.

interactive-osio tarjoaa vähemmän resursseja kuin muut osiot, mutta siihen lähetetyillä töillä on vastaavasti paljon korkeampi prioriteetti, joten ne viettävät yleensä hyvin vähän aikaa jonossa. Osiota voidaan käyttää selainkäyttöliittymäsovellusten ja eräajojen suorittamiseen, mutta kätevin tapa käyttää sitä on sinteractive-komennolla.

`sinteractive`-komento

sinteractive käynnistää uuden komentotulkkiohjelman laskentasolmulla käyttäjän määrittämillä resursseilla. Prosesseja voidaan käynnistää aivan kuin käyttäisit omaa laitettasi, eli Slurm-komentoja kuten srun ei tarvitse eikä edes voi käyttää. Komentotulkin ympäristö poikkeaa hieman kirjautumissolmujen ympäristöstä, esimerkiksi "raskaammat" tekstieditorit kuten Vim ja Emacs eivät ole käytettävissä, joten niiden sijaan on käytettävä Vi:tä tai Nanoa.

Koska sinteractive käynnistää uuden komentotulkin, kaikki ympäristömuuttujat, joita ei ole asetettu käyttäjän alustustiedostoissa, täytyy määritellä uudelleen manuaalisesti. Kun interaktiivinen istunto päättyy, palaat alkuperäiseen komentotulkkiohjelmaasi, ja kaikki istunnon aikana hakemistoihin $TMPDIR ja $LOCAL_SCRATCH kirjoitettu väliaikainen data menetetään.

Vaikka suositeltu tapa käyttää graafisia sovelluksia on virtuaalityöpöytä, tämä on mahdollista myös komentoriviltä käynnistetystä interaktiivisesta istunnosta käyttämällä X11-välitystä.

Helpoin tapa käyttää sinteractive-komentoa on suorittaa komento -i-valinnalla:

sinteractive -i

Kun tätä valintaa käytetään, käyttäjältä kysytään istunnon yksittäiset parametrit (ajoaika, muisti, ytimet jne.). Jos et halua määrittää resursseja interaktiivisesti, voit antaa ne komennolle suoraan argumentteina. Huomaa, että käytettävissä olevat valinnat ja resurssit eivät ole täysin samat Roihussa ja Mahdissa laitteistoerojen vuoksi.

`sinteractive` Roihussa

Roihussa on käytettävissä kaksi interaktiivista osiota: interactive CPU-resursseille ja gpuinteractive GPU-resursseille. Katso Roihun interactive-osion tiedot saadaksesi tietoa käytettävissä olevista resursseista.

Kun GPU-viipalointi on toteutettu, gpuinteractive-osion GH200-GPU:t jaetaan pienempiin Multi-Instance GPU (MIG) -viipaleisiin. Kukin viipale tarjoaa yhden seitsemäsosan täyden GH200-GPU:n laskentakapasiteetista ja yhden kahdeksasosan GPU-muistikapasiteetista, jolloin jokaisella viipaleella on 12 GiB GPU-muistia. Kahdella solmulla, neljällä GPU:lla solmua kohden ja enintään seitsemällä viipaleella GPU:ta kohden osio voi tarjota yhteensä enintään 56 GPU-viipaletta.

sinteractive valitsee oikean osion resurssipyyntösi perusteella ja antaa sinulle automaattisesti GPU:n, jos komento suoritetaan GPU-kirjautumissolmulta ilman lisäparametreja.

Lähetä työ oikealta kirjautumissolmulta: CPU tai GPU

On ehdottoman tärkeää, että jos pyydät interaktiivista GPU-työtä, pyydät sitä osoitteesta roihu-gpu.csc.fi, ja vastaavasti CPU-työtä osoitteesta roihu-cpu.csc.fi. Muussa tapauksessa järjestelmäarkkitehtuurin kanssa yhteensopimattomia moduuleja latautuu ja on käytettävissä, koska interaktiivinen työ perii ympäristön kirjautumissolmulta.

gpuinteractive antaa pilotin aikana tällä hetkellä täydet GPU:t

GPU-viipalointia gpuinteractive-osiossa ei ole vielä toteutettu, joten pilotin aikana käyttäjille varataan täydet GPU:t.

Nähdäksesi Roihussa käytettävissä olevat komentovalinnat suorita seuraava komento kirjautuneena järjestelmään:

sinteractive --help

Esimerkki: Jupyter notebookin tai RStudio-palvelimen ajaminen `sinteractive`-komennolla

Katso ohje RStudion tai Jupyter notebookien käyttämisestä.

Esimerkki: MPI-työn ajaminen interaktiivisessa istunnossa

Koska interaktiivisessa istunnossa käynnistetty komentotulkki on jo Slurmin job step, uusia job stepejä ei voida luoda. Tämä estää esimerkiksi GROMACS-työkalujen ajamisen tavalliseen tapaan, koska gmx_mpi on rinnakkainen ohjelma ja vaatii normaalisti srun-komennon käyttöä. Tässä tapauksessa srun täytyy korvata interaktiivisessa komentotulkissa komennolla prterun -n 1. Prterun ei tunne Slurmin lippuja, joten sille täytyy kertoa, kuinka monta tehtävää/säiettä käytetään. Seuraava esimerkki ajaa GROMACSin keskineliöpoikkeama-analyysin olemassa olevalle trajektorille:

sinteractive --account <project>
module load gromacs-env
prterun -n 1 gmx_mpi msd -n index.ndx -f traj.xtc -s topol.tpr

Jotta voit käyttää kaikkia pyydettyjä ytimiä rinnakkain, sinun täytyy lisätä --oversubscribe. Esimerkiksi neljällä ytimellä rinnakkainen interaktiivinen työ (interaktiivisesta istunnosta käynnistetty) voidaan ajaa näin:

sinteractive --account <project> --cores 4
module load gromacs-env
prterun -n 4 --oversubscribe gmx_mpi mdrun -s topol.tpr

Yhteyden muodostaminen käynnissä olevan työn laskentasolmuun

Joskus (esimerkiksi virheenjäljitystä varten) on hyödyllistä kirjautua laskentasolmuun, jossa Slurm-työ on parhaillaan käynnissä. Bash-komentotulkki voidaan käynnistää työn pääsolmussa (eli allokaatiosi ensimmäisessä solmussa ja siinä, jossa eräajokomennostosi suoritetaan) seuraavasti:

srun --jobid=<jobid> --overlap --pty bash

(--overlap sallii useiden job stepien ajamisen samanaikaisesti, ja --pty ottaa käyttöön normaalin päätteen toiminnan). Useita solmuja kattavissa töissä on myös mahdollista muodostaa yhteys tiettyyn solmuun --nodelist=-valinnalla:

srun --jobid=<jobid> --overlap --nodelist=rcXXXX --pty bash

missä rcXXXX on solmun nimi, kuten näkyy esimerkiksi squeue-komennolla. (Huomaa, että solmujen nimimuoto vaihtelee eri järjestelmien välillä).

Eksplisiittinen interaktiivinen komentotulkki ilman X11-grafiikkaa

Jos et halua käyttää sinteractive-käärettä, on myös mahdollista käyttää Slurm-komentoja suoraan interaktiivisen istunnon käynnistämiseen. Koska voit joutua jonottamaan, on suositeltavaa pyytää sähköposti-ilmoitus, kun resurssit on myönnetty.

srun --ntasks=1 --time=00:10:00 --mem=1G --pty \
     --account=<project> --partition=small --mail-type=BEGIN \
     bash

Kun resurssit ovat käytettävissä, voit työskennellä normaalisti komentotulkissa. Bash-kehote näyttää laskentasolmun nimen:

[username@r07c02 ~]$

Kun pyydetty aika on kulunut, komentotulkki sulkeutuu automaattisesti.

Interaktiivisen sovelluksen käynnistäminen X11-grafiikalla

Ota X11-grafiikka käyttöön lisäämällä komentoon --x11=first. Seuraava käynnistää sovelluksen myprog:

srun --ntasks=1 --time=00:10:00 --mem=1G --x11=first --pty \
     --account=<project> --partition=small --mail-type=BEGIN \
     myprog

Huomaa, että voit korvata myprog-arvon komennolla bash, jolloin käynnistyy komentotulkki laskentasolmulla. Sen avulla voit puolestaan käynnistää graafisia sovelluksia. Kun pyydetty aika on kulunut, sovellus lopetetaan automaattisesti.