TmoleX

Page undergoing cleanup after Puhti and Mahti retirement

This page contains outdated references to Puhti and/or Mahti, which have now been decommissioned. The page is undergoing changes to reflect CSC's new supercomputer Roihu.

Learn more about Roihu.

TmoleX on helppokäyttöinen graafinen käyttöliittymä TURBOMOLElaskentojen hallintaan. TmoleX sisältää rakenteenrakennustyökalun sekä työkalut TURBOMOLEajojen valmisteluun ja tulosten analysointiin. TmoleX:ää voidaan käyttää myös TURBOMOLEajojen lähettämiseen ja valvontaan CSC:n supertietokoneilla.

Maksutonta TmoleX Client -versiota voidaan käyttää paikalliselta Windows-, Linux- tai MacOS-työpöydältä TURBOMOLE:n ajamiseen CSC:llä.

Saatavuus

Voidaan ladata vapaasti (rekisteröityminen vaaditaan) Dassault Systèmesin verkkosivustolta. Tämä on demoversio, joka sisältää myös rajoitetun version TURBOMOLEsta.

Lisenssi

TmoleX voidaan ladata vapaasti, mutta itse TURBOMOLE:n käyttö on rajoitettu voittoa tavoittelemattomaan tutkimuskäyttöön käyttäjille, jotka ovat sidoksissa akateemisiin (eli tutkintoja myöntäviin) instituutioihin.

Käyttö

Käytä selaimen kautta

Siirry osoitteeseen puhti.csc.fi selaimella ja kirjaudu sisään CSC/Haka-käyttäjätunnuksellasi.

Käynnistä siellä Desktop.
Avaa Terminal ja lataa TURBOMOLE-moduuli komennolla module load turbomole/7.8.
Käynnistä TmoleX komennolla TmoleX24.
Valitse New Project ja määritä sopiva projekti File Name -kenttään (esim. /scratch/<yourproject>/my_tmolex_project).
Määritä järjestelmäsi ja laskennan tyyppi.
Pienet ajot voidaan suorittaa interaktiivisesti: Start Job -> Run (local)
Suuremmat ajot kannattaa suorittaa eräajoina: Start Job -> Run (network). Alla on esitetty esimerkkiasetukset. Huomaa, että salasanaton yhteys ei toimi selaimen kautta. Muista tallentaa asetukset valinnalla Save Machine.

Asenna oma TmoleX

Asenna TmoleX-asiakasohjelma omalle työasemallesi. Lisätietoja on rekisteröinti- ja lataussivulla Dassault Systèmesin verkkosivustolla. Omalla TmoleX-versiollasi voit rakentaa varsinaisen ajosi paikallisesti ja lähettää sen sitten Puhtiin. Asiakasohjelmalla voit seurata, miten ajo etenee. Kun ajo on valmistunut, voit noutaa tulosteen ja analysoida tulokset paikallisella asiakasohjelmallasi.

Alla on joitakin esimerkkijonoasetuksia, joita voidaan käyttää TmoleXissä:

Slurm-asetukset

Kenttään "Script before job execution" lisättävä täydellinen skripti sisältää esimerkiksi seuraavaa (muokkaa todellisten tarpeidesi mukaan):

#SBATCH --partition=test
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=4             # MPI tasks per node
#SBATCH --account=project_XXXXXX        # insert here the project to be billed 
#SBATCH --time=00:10:00                 # time as `hh:mm:ss`
source /appl/profile/zz-csc-env.sh
ulimit -s unlimited
export PARA_ARCH=MPI                    # use MPI
module load turbomole/7.8
export SLURM_CPU_BIND=none
export PARNODES=$SLURM_NTASKS           # for MPI
export PATH=$TURBODIR/bin/`$TURBODIR/scripts/sysname`:$PATH

Muista tallentaa asetukset valinnalla Save Machine.