RAxML-NG

RAxML-NG on fylogeneettisten puiden päättelytyökalu, joka käyttää suurimman uskottavuuden optimointia. Se on alusta asti uudelleen toteutettu, nopeampi ja käyttäjäystävällisempi seuraaja työkalulle RAxML.

RAxML-NG

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU AGPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 2.0.2, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

RAxML-NG on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten RAxML-NG-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load raxml-ng/2.0.2

Tyypillinen suurimman uskottavuuden puuhaku bootstrap-tuella:

raxml-ng --all --msa alignment.fasta --model GTR+G --bs-trees 100 --threads 8

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=raxml-ng
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

module load bio-apps/v202603
module load raxml-ng/2.0.2

raxml-ng --all --msa alignment.fasta --model GTR+G --bs-trees 100 --threads $SLURM_CPUS_PER_TASK

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki