Snakemake

Snakemake on Python-pohjainen tieteellinen työnvuonhallintajärjestelmä skaalautuvien, siirrettävien ja toistettavien työnkulkujen luomiseen. Se on yksi bioinformatiikkayhteisön suosituista työnvuonhallintatyökaluista, mutta ei ole tarkoitettu vain bioinformatiikkaan. Kuten Nextflow'ssa, myös Snakemake tukee skriptien suorittamista (Snakemake-säännön script/run/shell-direktiivin kautta) muilla kielillä, kuten R:llä, bashilla ja Pythonilla.

Snakemake
- Saatavilla
- Lisenssi
- Käyttö
- Asennus
- Viitteet
- Lisätietoja

Saatavilla

CSC:llä saatavilla olevat versiot:

Puhti: 7.15.2, 7.17.1, 8.4.6

Lisenssi

Snakemake on julkaistu MIT-lisenssillä.

Käyttö

Snakemake otetaan käyttöön lataamalla snakemake-moduuli seuraavasti:

module load snakemake

Esimerkki snakemake-moduulin lataamisesta tietyllä versiolla:

module load snakemake/8.4.6

Saat käyttöohjeita komennolla:

snakemake --help

Lisätietoja on ohjeessamme Snakemake-työnvuon ajaminen Puhdissa.

Asennus

Snakemaken uusin versio (v8.4.6) asennettiin Puhtiin käyttäen virtuaaliympäristöä pip3:n kautta. Katso luettelo tässä moduulissa käytetyistä Python-paketeista.

Viitteet

Jos käytät Snakemakea työssäsi, viittaa seuraavaan julkaisuun:

Mölder, F., Jablonski, K.P., Letcher, B., Hall, M.B., Tomkins-Tinch, C.H., Sochat, V., Forster, J., Lee, S., Twardziok, S.O., Kanitz, A., Wilm, A., Holtgrewe, M., Rahmann, S., Nahnsen, S., Köster, J. Sustainable data analysis with Snakemake. F1000Research 2021, https://doi.org/10.12688/f1000research.29032.1.