Elmer
Elmer on CSC:n avoimen lähdekoodin äärellisten elementtien monifysikaalinen simulointiohjelmistopaketti. Se sisältää moduuleja virtaus- ja kiinteän aineen mekaniikkaan, akustiikkaan sekä sähkömagneettiseen dynamiikkaan.
Elmer hyödyntää kolmansien osapuolten avoimen lähdekoodin ohjelmia esi- (esim. Gmsh) ja jälkikäsittelyyn (esim. ParaView, Visit). Asennettu versio sisältää Elmer/Ice-ratkaisijat, joita tarvitaan glasiologisiin simulaatioihin (jäätiköt, mannerjäätiköt). Elmer hyödyntää MPI-kirjastoa rinnakkaislaskentaan, ja joihinkin ratkaisijoihin on jo toteutettu OpenMP-rinnakkaissäikeistysohjeet.
Saatavuus
| Versio | Saatavilla olevat moduulit | Huomautukset |
|---|---|---|
| 26.2.1 | elmerfem/26.2.1 |
Versioitu julkaisu |
| devel | elmerfem/devel |
Kehitysversio |
| Versio | Saatavilla olevat moduulit |
|---|---|
| 9.0 | elmer/latest |
Lisenssi
Elmer on lisensoitu GPL-lisenssillä ja (elmersolver.lib-kirjaston osalta) LGPL-lisenssillä. Sen käyttö on maksutonta kaikille.
Käyttö
Roihu-CPU:ssa Elmer on saatavilla moduulinimellä elmerfem.
Saatavilla olevat versiot voit listata komennolla:
Lataa versioitu julkaisu komennolla:
Vaihtoehtoisesti voit ladata kehitysversion komennolla:
Saat yksityiskohtaiset tiedot tietystä versiosta ja sen riippuvuuksista komennolla:
LUMIssa ota ensin CSC:n ohjelmistomoduulit käyttöön:
Saatavilla olevat Elmer-versiot voit listata komennolla:
Lataa oletusversio komennolla:
Tämä versio voi päivittyä. Jos simulaatiosi käyttää käännettyjä User Functions -toimintoja, käännä ne tarvittaessa uudelleen päivityksen jälkeen.
Esimerkki rinnakkaisesta eräajokomennostosta
Peruskomennosto 1 tunnin työlle, jossa käytetään yhtä solmua ja yhteensä 384 ydintä ja jossa Elmerin syötetiedosto on myrun.sif.
#!/bin/bash
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --job-name=jobname
#SBATCH --output=%x.%j.out
#SBATCH --error=%x.%j.err
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=384
export OMP_NUM_THREADS=1
module load elmerfem/26.2.1
# make sure the SIF is in the start-info
echo myrun.sif > ELMERSOLVER_STARTINFO
echo "starting Elmer simulation with SIF file"
cat ELMERSOLVER_STARTINFO
srun ElmerSolver
echo "done"
Peruskomennosto 1 tunnin työlle, jossa käytetään 4 solmua ja yhteensä 128 ydintä ja jossa Elmerin syötetiedosto on myrun.sif.
#!/bin/bash
#SBATCH --time=01:00:00
#SBATCH --job-name=jobname
#SBATCH --output=%x.%j.out
#SBATCH --error=%x.%j.err
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --nodes=4
#SBATCH --ntasks=128
module use /appl/local/csc/modulefiles/
module load elmer/latest
# make sure the SIF is in the start-info
echo myrun.sif > ELMERSOLVER_STARTINFO
echo "starting Elmer simulation with SIF file"
cat ELMERSOLVER_STARTINFO
srun ElmerSolver
echo "done"
Ohjeet töiden lähettämiseen ja seurantaan löytyvät CSC:n dokumentaatiosta ja LUMIn dokumentaatiosta.
Joissakin Elmer-tapauksissa voi olla hyödyllistä käyttää vähemmän ytimiä solmua kohden kuin on saatavilla suorituskyvyn parantamiseksi. Katso esimerkki alitäytöstä.