Canu

Canu on yksittäismolekyylisekvenssien kokoaja sekä suurille että pienille genomeille. Se on suunniteltu paljon kohinaa sisältäville pitkille lukemille, kuten PacBio- tai Oxford Nanopore -sekvensointilaitteiden tuottamille, ja se suorittaa korjauksen, trimmauksen ja kokoamisen.

Canu

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv2 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 2.2, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

Canu on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Canu-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load canu/2.2

Peruskokoamisessa määritetään etuliite (-p), tuloshakemisto (-d), genomin koko ja lukutyyppi:

canu -p asm -d assembly genomeSize=5m -nanopore reads.fq.gz

Grid (Slurm) -ajo

Oletuksena Canu tunnistaa Slurm-eräajo-järjestelmän ja lähettää omat työnsä jonoon. Jos haluat sen sijaan ajaa koko kokoamisen yhden eräajotyön varauksen sisällä, aseta useGrid=false (suositellaan pienille ja keskisuurille genomeille). Suurille genomeille voit antaa Canun käyttää gridiä ja välittää tili-/osioasetukset parametrilla gridOptions="--account=<project> --partition=small".

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=canu
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=24:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=16
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load canu/2.2

canu -p asm -d assembly genomeSize=5m -nanopore reads.fq.gz \
    useGrid=false maxThreads=$SLURM_CPUS_PER_TASK

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajotyökomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki