Exonerate
Exonerate on yleiskäyttöinen työkalu sekvenssiparien vertailuun. Sen avulla voit kohdistaa sekvenssejä useilla kohdistusmalleilla käyttäen joko kattavaa dynaamista ohjelmointia tai erilaisia heuristiikkoja. Voit käyttää Exoneratea esimerkiksi seuraaviin tarkoituksiin:
- cDNA:n kohdistaminen genomiseen sekvenssiin
- Proteiinin kohdistaminen genomiseen sekvenssiin
- 6-kehyksinen translaatiokohdistus
- Genomi-genomi-kohdistus
- Kattava Smith-Waterman-Gotoh-kohdistus
Lisenssi
Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.
Saatavuus
Puhti: 2.4.0
Käyttö
Puhdissa voit ottaa Exoneraten käyttöön komennolla:
biokit-moduuli ottaa käyttöön joukon yleisesti käytettyjä bioinformatiikan työkaluja, mukaan lukien Exoneraten.
Huomaa kuitenkin, että Puhdissa on myös muita bioinformatiikan työkaluja, joilla on erilliset käyttöönottokomennot.
Kun biokit-moduuli on ladattu, exonerate-komennot ovat käytettävissä.
Esimerkiksi cDNA:n kohdistamiseen genomiseen sekvenssiin voit käyttää exonerate-komentoa est2genome-mallilla:
Voit tarkastella exonerate-komennon komentorivivalintoja komennolla:
Puhdissa suuret Exonerate-ajot kannattaa suorittaa eräajotöinä. Alla on esimerkkitiedosto Exonerate-eräajon suorittamiseen Puhdissa:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=exonerate_job
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --mem=8G
#SBATCH --partition=small
module load biokit
exonerate --model est2genome query.fasta target.fasta
Yllä olevassa eräajoesimerkissä työn enimmäiskesto on kahdeksan tuntia (--time=08:00:00) ja varattu muisti on 8 Gt (--mem=8G).
Voit lähettää eräajotiedoston eräajojärjestelmään komennolla: