Exonerate

Exonerate on yleiskäyttöinen työkalu sekvenssien parittaiseen vertailuun. Sen avulla voit kohdistaa sekvenssejä useilla kohdistusmalleilla käyttäen joko kattavaa dynaamista ohjelmointia tai erilaisia heuristiikkoja. Voit käyttää Exoneratea esimerkiksi seuraaviin tarkoituksiin:

cDNA:n kohdistaminen genomiseen sekvenssiin
Proteiinin kohdistaminen genomiseen sekvenssiin
Kuuden lukukehyksen käännetty kohdistus
Genomi-genomi-kohdistus
Kattava Smith-Waterman-Gotoh-kohdistus

Exonerate
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 2.4.0, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

Exonerate on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Exonerate-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load exonerate/2.4.0

Lataamisen jälkeen exonerate-komennot tunnistetaan.

Esimerkiksi cDNA:n kohdistamiseen genomiseen sekvenssiin voit käyttää exonerate-komentoa est2genome-mallilla:

exonerate --model est2genome query.fasta target.fasta

Voit tarkastella exonerate-komennon komentorivivalintoja komennolla:

exonerate -h

Suuret Exonerate-ajot kannattaa suorittaa eräajoina. Alla on esimerkkieräajokomentosarja Exonerate-eräajon suorittamiseen Roihussa:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=exonerate_job
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --time=08:00:00
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --mem=8G

module load bio-apps/v202603
module load exonerate/2.4.0

exonerate --model est2genome query.fasta target.fasta

Yllä olevassa eräajoesimerkissä työn enimmäiskesto on kahdeksan tuntia (--time=08:00:00) ja varattu muisti on 8 Gt (--mem=8G). Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Voit lähettää eräajotiedoston eräajojärjestelmään komennolla:

sbatch batch_job_file.sh

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC Service Desk