Bio-apps

Bio-apps tarjoaa pääsyn laajaan kokoelmaan bioinformatiikan sovelluksia Roihussa ympäristömoduuleina asennettuina. Se on käytöstä poistetuissa Puhti- ja Mahti-järjestelmissä olleen biokit-kokoelman seuraaja.

Bio-apps on opt-in: bio-apps-moduulin lataaminen lisää bioinformatiikan sovellusmoduulipuun MODULEPATH-polkuusi, minkä jälkeen voit etsiä ja ladata yksittäisiä sovelluksia tavallisilla moduulikomennoilla. bio-apps-moduulin lataaminen ei ei lataa mitään sovellusta itsessään — se ainoastaan tekee ne saataville ladattaviksi.

Bio-apps-ympäristöä ei ole vielä täysin testattu

Osa bio-apps-ympäristön ohjelmistoista ei ole vielä täysin testattuja, eikä niille välttämättä vielä ole vastaavaa sivua Docs CSC:ssä. Käytä näitä sovelluksia varoen ja ota yhteyttä CSC:n asiakastukeen, jos kohtaat ongelmia.

Saatavuus

Bio-apps on saatavilla Roihussa:

bio-apps/v202603

Sama bio-apps/v202603-komento toimii sekä CPU- että GPU (GH200) -solmuissa. Solmu, jolla olet, valitsee vastaavan ohjelmiston: laajan joukon sovelluksia CPU-solmuissa ja pienen joukon GPU-kiihdytettyjä työkaluja GPU-solmuissa.

Käyttö

Lataa bioinformatiikan sovellusmoduulipuu komennolla:

module load bio-apps/v202603

bio-apps-moduulin lataaminen tekee sovellusmoduulit saataville, mutta ei lataa itse sovelluksia.

Listaa saatavilla olevat bioinformatiikan moduulit komennolla:

module avail

Etsi tiettyä sovellusta komennolla module spider. Esimerkiksi:

module spider samtools

Lataa tarvittava sovellus bio-appsin lataamisen jälkeen:

module load samtools/1.21

Tämän jälkeen voit käyttää sovellusta normaalisti:

samtools --version

Poista sovellus ympäristöstäsi purkamalla sen moduuli:

module unload samtools

Kun et enää tarvitse bioinformatiikan moduulipuuta, pura bio-apps:

module unload bio-apps

Katso lisätietoja yksittäisten ohjelmistomoduulien etsimisestä, lataamisesta ja käytöstä bio-appsissa kyseisen sovelluksen dokumentaatiosta.

Sisältyvät sovellukset

Kokoelma sisältää sovelluksia muun muassa seuraaviin tarkoituksiin:

sekvenssien laadunvalvonta ja esikäsittely
sekvenssien kohdistus ja lukujen kartoitus
genomi- ja transkriptomikokoaminen
SAM-, BAM-, BED- ja VCF-tiedostojen käsittely
varianttien tunnistus
genomin annotointi ja geenien ennustaminen
metagenomiikka ja taksonominen luokittelu
fylogenetiikka ja populaatiogenetiikka
monisekvenssikohdistus
työnkulkujen hallinta
pääsy biologisiin sekvenssiarkistoihin

CPU-solmut

Seuraavat moduulit sisältyvät bio-apps/v202603:aan Roihun CPU-solmuissa:

abyss/2.3.10
admixtools/8.0.2
admixture/1.4.0
angsd/0.940
antismash/8.0.4
astral/5.7.1
augustus/3.5.0
bamtools/2.5.2
barrnap/0.9
bbmap/39.59
bcftools/1.23.1
beast2/2.6.7
bedops/2.4.42
bedtools2/2.31.1
blast-plus/2.17.0
boost/1.86.0
bowtie/1.3.1
bowtie2/2.5.4
bracken/2.8
bracken/2.9
braker4/0.5.0-beta
busco/5.4.3
busco/6.1.0
bwa/0.7.19
bwa-mem2/2.3
canu/2.2
cdhit/4.8.1
checkm2/1.1.0
clumpp/1.1.2
clustal-omega/1.2.4
clustalw/2.1
cufflinks/2.2.1
demix-check/1.0.20250120
diamond/2.1.10
eggnog-mapper/2.1.15
emboss/6.6.0
exonerate/2.4.0
fastp/1.0.1
fastp/1.3.6
fastqc/0.12.1
fastx-toolkit/0.0.14
freebayes/1.3.6
gapseq/2.1.0
gatk/4.5.0.0
gatk/4.7.0.0
getorganelle/1.7.7.1
hifiasm/0.25.0
hisat2/2.2.1
hmmer/3.4
htslib/1.23.1
humann/4.0.0a2
hybpiper/2.3.4
hyphy/2.5.51hf
igv/2.19.7
interproscan/5.76-107.0
iq-tree/2.4.0
iqtree3/3.1.4
jellyfish/2.2.7
kraken2/2.17.1
kraken2/2.17.2
mafft/7.525
mash/2.3
megahit/1.2.9
meme/5.5.7
metabat/2.15
minibwa/0.7
minimap2/2.30
mmseqs2/18-8cc5c
mothur/1.48.0
mrbayes/3.2.7a
mummer4/4.0.1
muscle/3.8.31
muscle5/5.1.0
ncbi-toolkit/28_0_12
nextflow/25.10.2-standalone
nextflow/26.04.6-standalone
openmpi/5.0.10-gcc14.3.0
perl-bioperl/1.7.8
phylip/3.697
picard/3.3.0
plink/1.07
plink2/2.0.0-a.6.9
prodigal/2.6.3
py-bakta/1.11.4
py-biopython/1.85
py-cutadapt/4.7
py-dbcan/5.2.9
py-deeptools/3.5.3
py-fdstools/2.2.1
py-gtdbtk/2.7.2
py-htseq/2.0.3
py-instrain/1.6.3
py-ipyrad/0.9.102
py-metaphlan/4.2.4
py-micom/0.39.0
py-multiqc/1.28
py-samestr/1.2025.111
py-steadiercom/0.1.5
raxml/8.2.12
raxml-ng/2.0.2
revbayes/1.4.1
roary/3.13.0
salmon/2.8.0
samtools/1.21
samtools/1.24
sanspanz/3.20250512
seqkit/2.10.0
seqkit/2.13.0
seqtk/1.4
snakemake/7.32.4
snakemake/9.14.0
sortmerna/7.0.0
spades/4.2.0
spades/4.3.0
sra-tools/3.3.0
star/2.7.11b
strauto/1.0
stringtie/3.0.3
structure/2.3.4
structureharvester/0.7
tophat/2.1.2
trimmomatic/0.39
trinity/2.15.1.FULL
vcftools/0.1.17
vsearch/2.22.1
wtdbg2/2.5
xhmm/20160104
yak/0.1

GPU-solmut (GH200)

Roihun GPU-solmuissa bio-apps/v202603 tarjoaa pienen joukon GPU-kiihdytettyjä työkaluja:

dorado/2.1.1
foldseek/10-941cd33
mhm2/2.2.2.0-20260904
mmseqs2/18-8cc5c
mrbayes/3.2.8
nextflow/25.10.2-standalone
nextflow/26.04.6-standalone
py-medaka/2.2.2
snakemake/7.32.4
snakemake/9.14.0

Lisenssi

Bio-appsiin sisältyvät sovellukset jaetaan niiden omilla lisensseillä. Useimmat ovat vapaita ja avoimen lähdekoodin ohjelmistoja, mutta lisenssi- ja viittausvaatimukset vaihtelevat sovelluksittain.

Tutustu kunkin sovelluksen dokumentaatioon ja lisenssitietoihin ennen sen käyttöä tai edelleenjakelua.

Viittaaminen

Katso yllä. Katso kunkin sovelluksen sivulta viittausohjeet.

Tuki

Sovelluskohtaiset käyttöohjeet julkaistaan vastaavalla sivulla CSC:n sovellusluettelossa.

Jos ongelma liittyy Bio-apps-moduulipuuhun tai siihen sisältyvään sovellukseen, ota yhteyttä CSC:n asiakastukeen.