Bio-apps

Bio-apps tarjoaa pääsyn bioinformatiikan ohjelmistomoduulien kokoelmaan Roihu-CPU:ssa.

Moduuli lisää bioinformatiikan sovellusmoduulipuun MODULEPATH-ympäristömuuttujaasi. Kun olet ladannut bio-apps-moduulin, voit käyttää tavallisia moduulikomentoja yksittäisten sovellusten etsimiseen ja lataamiseen.

bio-apps-moduuli ei ei lataa mitään tiettyjä bioinformatiikkaohjelmia järjestelmään, vaan ainoastaan tekee ne saataville ladattaviksi.

Bio-apps-ympäristöä ei ole vielä täysin testattu

Osa Bio-apps-ympäristön ohjelmistoista ei ole vielä täysin testattuja, eikä niille välttämättä vielä ole vastaavia sivuja Docs CSC:ssä. Käytä näitä sovelluksia varoen ja ota yhteyttä CSC:n asiakastukeen, jos kohtaat ongelmia.

Saatavuus

Bio-apps on saatavilla Roihu-CPU:ssa:

bio-apps/v202603

Käyttö

Lataa bioinformatiikan sovellusmoduulipuu komennolla:

module load bio-apps/v202603

bio-apps-moduulin lataaminen tekee sovellusmoduulit saataville, mutta ei lataa itse sovelluksia.

Listaa saatavilla olevat bioinformatiikkamoduulit komennolla:

module avail

Etsi tiettyä sovellusta komennolla module spider. Esimerkiksi:

module spider samtools

Lataa tarvittava sovellus Bio-appsin lataamisen jälkeen:

module load samtools/1.21

Tämän jälkeen voit käyttää sovellusta normaalisti:

samtools --version

Poista sovellus ympäristöstäsi purkamalla sen moduuli:

module unload samtools

Kun et enää tarvitse bioinformatiikan moduulipuuta, pura bio-apps:

module unload bio-apps

Katso lisätietoja yksittäisten ohjelmistomoduulien etsimisestä, lataamisesta ja käyttämisestä Bio-appsissa kyseisen sovelluksen dokumentaatiosta.

Sisältyvät sovellukset

Kokoelma sisältää sovelluksia muun muassa seuraaviin tarkoituksiin:

sekvenssien laadunvalvonta ja esikäsittely
sekvenssien kohdistus ja lukujen kartoitus
genomi- ja transkriptomikokoaminen
SAM-, BAM-, BED- ja VCF-tiedostojen käsittely
varianttien tunnistus
genomin annotointi ja geenien ennustaminen
metagenomiikka ja taksonominen luokittelu
fylogenetiikka ja populaatiogenetiikka
monisekvenssikohdistus
työnkulkujen hallinta
pääsy biologisiin sekvenssiarkistoihin

Seuraavat moduulit sisältyvät versioon bio-apps/v202603:

abyss/2.3.10
admixtools/8.0.2
admixture/1.4.0
angsd/0.940
astral/5.7.1
augustus/3.5.0
bamtools/2.5.2
barrnap/0.9
bbmap/39.59
bcftools/1.23.1
beast2/2.6.7
bedops/2.4.42
bedtools2/2.31.1
blast-plus/2.17.0
boost/1.86.0
bowtie/1.3.1
bowtie2/2.5.4
bracken/2.9
busco/5.4.3
bwa-mem2/2.3
bwa/0.7.19
canu/2.2
cdhit/4.8.1
clustal-omega/1.2.4
clustalw/2.1
cufflinks/2.2.1
diamond/2.1.10
emboss/6.6.0
fastp/1.0.1
fastqc/0.12.1
fastx-toolkit/0.0.14
freebayes/1.3.6
gatk/4.5.0.0
hisat2/2.2.1
hmmer/3.4
htslib/1.23.1
hybpiper/2.3.4
hyphy/2.5.51hf
iq-tree/2.4.0
jellyfish/2.2.7
kraken2/2.17.1
mafft/7.525
mash/2.3
megahit/1.2.9
meme/5.5.7
metabat/2.15
minimap2/2.30
mmseqs2/18-8cc5c
mothur/1.48.0
mrbayes/3.2.7a
mummer4/4.0.1
muscle/3.8.31
muscle5/5.1.0
ncbi-toolkit/28_0_12
nextflow/25.10.2-standalone
openmpi/5.0.10-gcc14.3.0
perl-bioperl/1.7.8
phylip/3.697
picard/3.3.0
plink/1.07
plink2/2.0.0-a.6.9
prodigal/2.6.3
py-biopython/1.85
py-cutadapt/4.7
py-deeptools/3.5.3
py-htseq/2.0.3
py-ipyrad/0.9.102
py-multiqc/1.28
raxml-ng/2.0.2
raxml/8.2.12
roary/3.13.0
samtools/1.21
seqkit/2.10.0
seqtk/1.4
snakemake/9.14.0
spades/4.2.0
sra-tools/3.3.0
sratoolkit/3.0.0
star/2.7.11b
stringtie/3.0.3
tophat/2.1.2
trimmomatic/0.39
vcftools/0.1.17
vsearch/2.22.1

Lisenssi

Bio-appsiin sisältyviä sovelluksia jaellaan niiden omien lisenssien mukaisesti. Useimmat niistä ovat vapaita ja avoimen lähdekoodin ohjelmistoja, mutta lisenssi- ja viittausvaatimukset vaihtelevat sovelluksittain.

Tutustu kunkin sovelluksen dokumentaatioon ja lisenssitietoihin ennen sen käyttöä tai edelleenjakelua.

Viittaaminen

Katso yllä. Katso kunkin sovelluksen sivulta viittausohjeet.

Tuki

Sovelluskohtaiset käyttöohjeet julkaistaan vastaavalla sivulla CSC:n sovellusluettelossa.

Jos ongelma liittyy Bio-apps-moduulipuuhun tai siihen sisältyvään sovellukseen, ota yhteyttä CSC:n asiakastukeen.