MUMmer

MUMmer on monipuolinen kohdistustyökalu DNA- ja proteiinisekvensseille. Sitä käytetään yleisesti kokonaisten genomien nopeaan kohdistamiseen, koosteiden vertailuun ja rakenteellisten erojen havaitsemiseen. Roihussa se on tarjolla MUMmer 4 -versiona, joka sisältää työkalut kuten nucmer, promer, mummer, dnadiff ja show-coords.

MUMmer

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia. Katso MUMmer-repositorio.

Saatavuus

Roihu: 4.0.1 (moduuli mummer4), bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

MUMmer on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten MUMmer-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load mummer4/4.0.1

Esimerkiksi kohdistaaksesi kyselygenomin referenssiä vasten nucmer-työkalulla ja tehdäksesi yhteenvedon kohdistuskoordinaateista:

nucmer --threads 8 -p out reference.fa query.fa
show-coords -r out.delta > out.coords

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=mummer
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

module load bio-apps/v202603
module load mummer4/4.0.1

nucmer --threads $SLURM_CPUS_PER_TASK -p out reference.fa query.fa
show-coords -r out.delta > out.coords

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki