GetOrganelle
GetOrganelle on työkalupakki organelligenomien (kloroplasti-, mitokondrio- ja tumaribosomaalinen DNA) kokoamiseen koko genomin sekvensointidatasta.
Lisenssi
Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.
Saatavuus
- Roihu: 1.7.7.1,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
GetOrganelle on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten GetOrganelle-moduuli:
Tietokannat
GetOrganelle tarvitsee siemen- ja nimiketietokannat niille organellityypeille, jotka haluat
koota. Määritä ne komennolla get_organelle_config.py. Oletuksena ne tallennetaan
hakemistoon ~/.GetOrganelle; voit valita toisen sijainnin asettamalla GETORG_PATH-ympäristömuuttujan
(esimerkiksi projektisi /scratch-hakemistossa olevaan hakemistoon).
export GETORG_PATH=/scratch/<project>/getorganelle
get_organelle_config.py --add embplant_pt,embplant_mt
GetOrganelle-ajon suorittaminen
Esimerkiksi kasvin plastomin kokoamiseen paritetuista lukemista:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=getorganelle
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=12:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G
module load bio-apps/v202603
module load getorganelle/1.7.7.1
export GETORG_PATH=/scratch/<project>/getorganelle
get_organelle_from_reads.py -1 read1.fq.gz -2 read2.fq.gz \
-o plastome_out -F embplant_pt -t $SLURM_CPUS_PER_TASK
Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.