GetOrganelle

GetOrganelle on työkalupakki organelligenomien (kloroplasti-, mitokondrio- ja tumaribosomaalinen DNA) kokoamiseen koko genomin sekvensointidatasta.

GetOrganelle

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 1.7.7.1, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

GetOrganelle on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten GetOrganelle-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load getorganelle/1.7.7.1

Tietokannat

GetOrganelle tarvitsee siemen- ja nimiketietokannat niille organellityypeille, jotka haluat koota. Määritä ne komennolla get_organelle_config.py. Oletuksena ne tallennetaan hakemistoon ~/.GetOrganelle; voit valita toisen sijainnin asettamalla GETORG_PATH-ympäristömuuttujan (esimerkiksi projektisi /scratch-hakemistossa olevaan hakemistoon).

export GETORG_PATH=/scratch/<project>/getorganelle
get_organelle_config.py --add embplant_pt,embplant_mt

GetOrganelle-ajon suorittaminen

Esimerkiksi kasvin plastomin kokoamiseen paritetuista lukemista:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=getorganelle
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=12:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load getorganelle/1.7.7.1

export GETORG_PATH=/scratch/<project>/getorganelle

get_organelle_from_reads.py -1 read1.fq.gz -2 read2.fq.gz \
    -o plastome_out -F embplant_pt -t $SLURM_CPUS_PER_TASK

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n Service Desk

Lisätietoja

GetOrganelle GitHub -repositorio