VMD
VMD (Visual Molecular Dynamics) on molekyylien visualisointiohjelma suurten (bio)molekyylijärjestelmien näyttämiseen, animointiin ja analysointiin 3D- grafiikan ja sisäänrakennetun skriptauksen avulla.
Saatavuus
- Roihu-CPU: 1.9.3
Lisenssi
- Ohjelmiston käyttö on rajoitettu ei-kaupalliseen tutkimukseen, katso yksityiskohtainen lisenssikuvaus.
Käyttö
Alusta komennolla:
Huomaa, että tarvitset etägrafiikan käyttääksesi VMD:tä. VMD:n vaatimien raskaiden grafiikkaresurssien vuoksi suosittelemme käyttämään sitä Roihun selainkäyttöliittymän etätyöpöydän kautta. Älä suorita VMD:tä kirjautumissolmuilla.
VMD:n suorittaminen GPU-kiihdytetyllä grafiikalla Roihussa
Vielä paremman suorituskyvyn saat suorittamalla VMD:tä GPU-kiihdytyksellä Roihun selainkäyttöliittymässä. Valitse tässä tapauksessa tavallisen Desktop-sovelluksen sijaan Accelerated Visualization.
Periaatteessa on myös mahdollista suorittaa VMD:tä X11:n yli. Tässä tapauksessa katso ohjeet interaktiivisen sovelluksen käynnistämiseen X11-grafiikalla. X11:n käyttäminen VMD:n suorittamiseen on kuitenkin erittäin hidasta, joten sitä ei suositella.
Viitteet
Tekijät pyytävät, että kaikki julkaistut työt, joissa käytetään VMD:tä, sisältävät vähintään ensisijaisen VMD-viittauksen:
Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K., "VMD - Visual Molecular Dynamics", J. Molec. Graphics, 1996, vol. 14, pp. 33-38.
Katso lisätietoja "How to cite VMD".