VMD

VMD (Visual Molecular Dynamics) on molekyylien visualisointiohjelma suurten (bio)molekulaaristen järjestelmien näyttämiseen, animointiin ja analysointiin 3D-grafiikan ja sisäänrakennetun skriptauksen avulla.

Saatavuus

• Puhti: 1.9.3
• Mahti: 1.9.3

Lisenssi

• Ohjelmiston käyttö on rajoitettu ei-kaupalliseen tutkimukseen, katso yksityiskohtainen lisenssikuvaus.

Käyttö

Alusta komennolla:

module load vmd/1.9.3 

Huomaa, että tarvitset etägrafiikkaa käyttääksesi VMD:tä. VMD:n vaatiman raskaan grafiikan vuoksi suosittelemme käyttämään sitä HPC:n selainkäyttöliittymän etätyöpöytien kautta. Älä suorita VMD:tä kirjautumissolmuilla.

VMD:n suorittaminen GPU-kiihdytetyllä grafiikalla Puhdissa

Huomattavasti paremman suorituskyvyn saavuttamiseksi voit nyt ajaa VMD:tä myös GPU-kiihdytyksellä Puhdin selainkäyttöliittymässä. Valitse tässä tapauksessa tavallisen Desktop-sovelluksen sijaan Accelerated Visualization.

Viitteet

Tekijät pyytävät, että kaikki julkaistut työt, joissa hyödynnetään VMD:tä, sisältävät vähintään ensisijaisen VMD-viittauksen:

Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K., "VMD - Visual Molecular Dynamics", J. Molec. Graphics, 1996, vol. 14, pp. 33-38.

Katso lisätietoja "Kuinka viitata VMD:hen".

Lisätietoja

• VMD:n kotisivu
• VMD-oppaat
• VMD-käyttöohjeet

Onko tämä sivu hyödyllinen?

Kyllä

Kiitos palautteestasi!

Ei

Kiitos! Arvostamme palautettasi.

Kerro meille miten voisimme parantaa tätä sivua ottamalla meihin yhteyttä.