VMD
VMD (Visual Molecular Dynamics) on molekyylien visualisointiohjelma suurten (bio)molekulaaristen järjestelmien näyttämiseen, animointiin ja analysointiin 3D-grafiikan ja sisäänrakennetun skriptauksen avulla.
Saatavuus
- Puhti: 1.9.3
- Mahti: 1.9.3
Lisenssi
- Ohjelmiston käyttö on rajoitettu ei-kaupalliseen tutkimukseen, katso yksityiskohtainen lisenssikuvaus.
Käyttö
Alusta komennolla:
Huomaa, että tarvitset etägrafiikkaa käyttääksesi VMD:tä. VMD:n vaatiman raskaan grafiikan vuoksi suosittelemme käyttämään sitä HPC:n selainkäyttöliittymän etätyöpöytien kautta. Älä suorita VMD:tä kirjautumissolmuilla.
VMD:n suorittaminen GPU-kiihdytetyllä grafiikalla Puhdissa
Huomattavasti paremman suorituskyvyn saavuttamiseksi voit nyt ajaa VMD:tä myös GPU-kiihdytyksellä Puhdin selainkäyttöliittymässä. Valitse tässä tapauksessa tavallisen Desktop-sovelluksen sijaan Accelerated Visualization.
Viitteet
Tekijät pyytävät, että kaikki julkaistut työt, joissa hyödynnetään VMD:tä, sisältävät vähintään ensisijaisen VMD-viittauksen:
Humphrey, W., Dalke, A. and Schulten, K., "VMD - Visual Molecular Dynamics", J. Molec. Graphics, 1996, vol. 14, pp. 33-38.
Katso lisätietoja "Kuinka viitata VMD:hen".