Mothur

Mothur on bioinformatiikan työkalupakki mikrobiekologiaan liittyvän datan analysoinnin tarpeisiin.

Mothur
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Puhti: 1.39.5, 1.44.0, 1.48.0, 1.48.2
Chipster -graafinen käyttöliittymä

Käyttö

Ota Mothurin oletusversio käyttöön Puhdissa komennolla:

module load mothur

Näet kaikki saatavilla olevat versiot komennolla:

module spider mothur

Lataa tietty versio komennolla:

module load mothur/1.48.0

Voit ajaa Mothuria interaktiivisessa tilassa käyttämällä sinteractivea.

sinteractive --account=project_1234567 -m 8000
module load mothur
mothur

Jos analyysisi kestävät pitkään tai haluat käyttää useita ytimiä, Mothur kannattaa ajaa eräajona.

Aloita kokoamalla Mothur-komennot komentotiedostoon, jotta voit käyttää Mothuria eräajotilassa.

Kun sinulla on toimiva Mothur-komentotiedosto, voit tarvittaessa käynnistää Mothur-ajotöitä, joiden valmistuminen kestää useita päiviä.

Alla on esimerkki Mothurin eräajotiedostosta. Tässä esimerkissä oletamme, että Mothur-komennot ovat tiedostossa my_mothur_task.txt.

#!/bin/bash
#SBATCH --account=project_1234567
#SBATCH --job-name=mothur
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=32G
#SBATCH --time=48:00:00
#SBATCH --partition=small

module load mothur
mothur my_mothur_task.txt

Jos haluat käyttää useita ytimiä, säädä parametria --cpus_per_task. Sinun täytyy myös säätää Mothur-komentotiedoston jokaisen komennon processors-parametri vastaavasti. Huomaa, että vain osa Mothur-komennoista voi käyttää useita ytimiä. Tarkista dokumentaatiosta, sisältävätkö komennon valinnat processors-asetuksen.

Mothur-ajotöiden täytyy toimia yhden laskentasolmun sisällä, joten Puhdissa käytettävissä oleva enimmäisydinmäärä on 40. Sinun kannattaa tarkistaa skaalautuvuus ennen suurten ajotöiden lähettämistä. Monet Mothur-tehtävät eivät skaalaudu hyvin muutamaa ydintä suuremmiksi. Liian monen ytimen käyttö voi jopa hidastaa ajotyötäsi.

Yllä kuvattu eräajokomentosarja (tässä tapauksessa nimeltään mothur_batch_job.sh) voidaan lähettää eräajo järjestelmään komennolla:

sbatch mothur_batch_job.sh

Katso lisätietoja eräajotöiden ajamisesta Puhdin käyttöoppaasta.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

Mothurin kotisivu