Mothur

Mothur on bioinformatiikan työkalupakki mikrobiekologiaan liittyvän datan analysoinnin tarpeisiin.

Mothur
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 1.48.0, bio-apps-moduulin kautta.
Chipster -graafinen käyttöliittymä

Käyttö

Mothur on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten Mothur-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load mothur/1.48.0

Näet saatavilla olevat versiot komennolla:

module spider mothur

Jos haluat suorittaa Mothurin interaktiivisessa tilassa, käytä sinteractivea. Roihun interactive-osiolla jokainen varattu ydin tarjoaa 1,875 Gt muistia (enintään 32 ydintä / 60 Gt / 36 tuntia):

sinteractive --account <project> --cores 5
module load bio-apps/v202603
module load mothur/1.48.0
mothur

Jos analyysisi kestävät pitkään tai haluat käyttää useita ytimiä, Mothur kannattaa suorittaa eräajona.

Aloita kokoamalla Mothur-komennot komentotiedostoon, jotta voit käyttää Mothuria eräajotilassa.

Kun sinulla on toimiva Mothurin komentotiedosto, voit tarvittaessa käynnistää Mothur-ajotöitä, joiden valmistuminen kestää useita päiviä.

Alla on esimerkki Mothurin eräajotiedostosta. Tässä esimerkissä oletamme, että Mothur-komennot ovat tiedostossa my_mothur_task.txt.

#!/bin/bash
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --job-name=mothur
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=48:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=32G

module load bio-apps/v202603
module load mothur/1.48.0

mothur my_mothur_task.txt

Jos haluat käyttää useita ytimiä, säädä parametria --cpus-per-task. Sinun täytyy myös säätää Mothurin komentotiedoston jokaisen komennon processors-parametri vastaavasti. Huomaa, että vain osa Mothur-komennoista voi käyttää useita ytimiä. Tarkista dokumentaatiosta, sisältävätkö komennon valinnat processors-asetuksen.

Mothur-ajot täytyy suorittaa yhden laskentasolmun sisällä. Suosittelemme tarkistamaan skaalautuvuuden ennen suurten ajojen lähettämistä. Monet Mothur-tehtävät eivät skaalaudu hyvin muutamaa ydintä suuremmiksi. Liian monen ytimen käyttö voi jopa hidastaa ajoasi.

Yllä kuvattu eräajokomentosarja (tässä tapauksessa nimeltään mothur_batch_job.sh) voidaan lähettää eräajo järjestelmään komennolla:

sbatch mothur_batch_job.sh

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta kohdasta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC Service Desk

Lisätietoja

Mothurin kotisivu