Jupyter

Jupyter-interaktiivisovellus käynnistää Jupyter-laskentamuistikirjan IPython -ytimellä, jota voi käyttää supertietokoneen selainkäyttöliittymän kautta.

Sovelluksen käynnistyslomakkeessa voit määrittää Python-ympäristön, Jupyter-käyttöliittymän tyypin (Jupyter Notebook tai JupyterLab), työhakemiston sekä joitakin edistyneempiä asetuksia.

Lisätietoja eri Python-ympäristöjen käytöstä Puhdissa ja Mahdissa on Python-sovellussivulla ja Pythonin käyttöoppaassa. Huomaa, että kaikkien Python-sovellussivulla lueteltujen moduulien ei taata toimivan Jupyter-interaktiivisovelluksen kanssa. Lisäksi Python-pakettien asennus toimii eri tavalla kuin käyttöoppaan yleisissä ohjeissa.

Tällä hetkellä tuetut Python-ympäristöt

geoconda
python-data
pytorch
qiskit
tensorflow

Pakettien asentaminen

Python-paketteja on mahdollista asentaa pip:llä interaktiivisen Jupyter-istunnon sisällä. Tätä varten sinun täytyy ottaa käyttöön joko User packages tai Virtual environment -vaihtoehto kohdassa Additional packages ja antaa haluttu asennuspolku ennen istunnon käynnistämistä. Nämä vaihtoehdot näkyvät, kun otat käyttöön lomakkeen lopussa olevan Enable advanced settings -asetuksen.

Jos et määritä asennuspolkua, paketit asennetaan hakemistoon $HOME/.local/lib. Tätä ei kuitenkaan suositella, koska kotihakemiston tallennuskiintiö on rajallinen.

Jupyter additional packages settings

Asentaaksesi paketteja määritettyyn käyttäjäpakettihakemistoon, käytä muistikirjassa seuraavaa komentoa:

import sys 
!{sys.executable} -m pip install --user <package>

Asentaaksesi paketteja virtuaaliympäristöön voit käyttää komentoa:
!{sys.executable} -m pip install <package>

On suositeltavaa joko käyttää virtuaaliympäristöä tai asettaa Pythonin käyttäjäpakettien poluksi hakemisto kohdan /scratch tai /projappl alla sovellusta käynnistettäessä, jos sinun täytyy asentaa paketteja.

Ympäristön mukauttaminen

Mukautettuja Python-ympäristöjä voidaan luoda Python-moduulien tai järjestelmään asennetun Pythonin pohjalta. Python-ympäristön mukauttamisen asetukset ovat sovelluslomakkeen edistyneissä asetuksissa.

Jos haluat käyttää sellaisen moduulin Python-asennusta, jota ei tarjota sovelluslomakkeessa, voit valita Custom module ja syöttää omat moduulisi lomakkeen Custom Python module -kenttään. Jos Custom Python module -kenttä jätetään tyhjäksi, käytetään järjestelmän Pythonia. Huomaa, että tämä edellyttää virtuaaliympäristöjen käyttöä.

Tykky-asennukset

Jotta voit käyttää Tykky-asennusta Jupyterin kanssa, sisällytä Jupyter-paketit Tykky- asennukseesi. Avaa sitten Puhdin tai Mahdin selainkäyttöliittymä ja siirry Jupyter-sovellussivulle. Valitse lomakkeessa Python-pudotusvalikosta vaihtoehto Custom path. Syötä sitten Tykky-asennuksesi Python-tulkin täydellinen polku. Jos siis loit asennuksen komennolla conda-containerize new --prefix=/scratch/proj/myInst env.yml, syötettävä polku on /scratch/proj/myInst/bin/python.

Custom path selected in the menu

Virtuaaliympäristö

Note

Varmista, että käytät oikeaa Python-ydintä käyttäessäsi virtuaaliympäristöä. Muussa tapauksessa virtuaaliympäristöön asennettuja Python-paketteja ei välttämättä voi tuoda muistikirjaan. Kun käynnistät Jupyterin virtuaaliympäristön kanssa, selainkäyttöliittymän asentaman ytimen nimi on Python 3 (venv).

Voit luoda virtuaaliympäristön ottamalla käyttöön Virtual environment -vaihtoehdon sovelluslomakkeessa, kuten näkyy Pakettien asentaminen -osiossa, ja antamalla virtuaaliympäristöllesi halutun polun kenttään Virtual environment path. Polun tulee olla joko hakemiston /scratch tai /projappl alla. Esimerkiksi /scratch/<project>/<username>/<venv>.

Voit myös luoda virtuaaliympäristön terminaalissa siirtymällä joko hakemistoon /scratch tai /projappl ja luomalla ympäristön komennolla:
python -m venv --system-site-packages <venv>
Varmista, että lataat moduulin, jota aiot käyttää, ennen virtuaaliympäristön luomista.

Jotta voit myöhemmin käynnistää luodun virtuaaliympäristön, sinun täytyy valita sama Python-moduuli ja antaa sama virtuaaliympäristön polku kuin ympäristöä luotaessa. Jupyterissa voit tarkistaa parhaillaan käytössä olevan virtuaaliympäristön suorittamalla muistikirjassa komennon !echo $VIRTUAL_ENV.

Asentaaksesi paketteja virtuaaliympäristöösi voit suorittaa Jupyter-muistikirjassasi komennon !{sys.executable} -m pip install <package>. Virtuaaliympäristöt eivät tällä hetkellä ole täysin eristettyjä, koska ne käyttävät ladattujen moduulien paketteja.

Hyödyllisiä Jupyter-komentoja

Muista suorittaa ensin import sys.

Toiminto	Komento
Asenna paketti käyttäjähakemistoon	`!{sys.executable} -m pip install --user <package>`
Asenna paketti virtuaaliympäristöön	`!{sys.executable} -m pip install <package>`
Tarkista nykyinen venv	`!echo $VIRTUAL_ENV`