Trinity

Trinityä käytetään transkriptomien de novo -rekonstruktioon RNA-seq-datasta. Trinity yhdistää kolme itsenäistä ohjelmistomoduulia: Inchworm, Chrysalis ja Butterfly, joita käytetään peräkkäin suurten RNA-seq-lukumäärien käsittelyyn. Trinity jakaa sekvenssidatan useisiin yksittäisiin de Bruijnin graafeihin, joista kukin kuvaa tietyn geenin tai lokuksen transkriptionaalista monimutkaisuutta, ja käsittelee sitten jokaisen graafin itsenäisesti täyspitkien silmukointi-isoformien erottamiseksi sekä johdettujen transkriptien selvittämiseksi.

CSC:n Trinity-moduuli sisältää myös TransDecoder- ja Trinotate-työkalut Trinity-ajon tulosten analysointiin.

Trinity

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia Broad Institute License -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 2.15.2

Käyttö

Trinityn käyttö

Trinity otetaan käyttöön komennolla:

module load trinity

Trinityä tulee käyttää interaktiivisesti laskentasolmulla tai mieluiten eräajojärjestelmän kautta. Alla on esimerkki Trinitylle tarkoitetusta eräajotiedostosta.

#!/bin/bash 
#SBATCH --job-name=trinity
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --time=48:00:00
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --nodes=1  
#SBATCH --cpus-per-task=6
#SBATCH --mem=24000
#SBATCH --account=project_1234567
#SBATCH --partition=small

module load trinity/2.15.2

Trinity --seqType fq --max_memory 22G --left reads.left.fq --right \
reads.right.fq --SS_lib_type RF --CPU $SLURM_CPUS_PER_TASK \
--output trinity_run_out

Yllä oleva eräajoskripti varaa työlle 6 laskentaydintä yhdeltä solmulta. Esimerkkiajon enimmäiskesto on tässä 48 tuntia. Kullekin ytimelle varataan noin 4 GB muistia, joten kokonaismuistivaraus on 6 * 4 GB = 24 GB. Roihussa on käytettävä eräajovalintaa --account= käytettävän projektin määrittämiseen. Esimerkissä käytetty project_1234567 tulee korvata omalla projektillasi. Voit tarkistaa projektisi komennolla: csc-projects.

Varsinaisessa Trinity-komennossa käytettävien laskentaytimien määrä (--CPU) asetetaan ympäristömuuttujalla $SLURM_CPUS_PER_TASK. Tämä muuttuja sisältää --cpus-per-task-Slurm-valinnalla asetetun arvon.

Valinta --grid-exec ei ole tällä hetkellä käytettävissä Roihussa

The --grid-exec option is not currently available on Roihu.

Kun eräajotiedosto on valmis, sen voi lähettää eräjonoihin komennolla:

sbatch batch_job_file

Katso täältä lisätietoja eräajojen suorittamisesta.

Tutustu myös Trinityn verkkosivustoon, josta saat vinkkejä tarvittavien resurssien arviointiin.

AutoTrinotate ei ole tällä hetkellä käytettävissä Roihussa. Selvitämme sen lisäämistä.

Lisätietoja

Trinityn kotisivu