MEME Suite

MEME Suite antaa biologeille mahdollisuuden löytää uusia motiiveja kohdistamattomien nukleotidi- tai proteiinisekvenssien kokoelmista sekä tehdä monenlaisia muita motiivipohjaisia analyysejä. Se sisältää työkaluja, kuten meme, meme-chip, fimo, tomtom ja mast.

MEME Suite
- Lisenssi
- Saatavuus
- Käyttö
- Tuki
- Lisätietoja

Lisenssi

MEME Suite on maksuton ei-kaupalliseen ja akateemiseen käyttöön. Katso MEME Suiten tekijänoikeus- ja lisenssiehdot.

Saatavuus

Roihu: 5.5.7, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

MEME Suite kuuluu Roihun bio-apps -kokoelmaan. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten MEME-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load meme/5.5.7

Esimerkiksi motiivien tunnistamiseen meme-työkalulla:

meme sequences.fasta -dna -oc meme_out -nmotifs 5

meme tukee MPI:tä, ja sen voi rinnakkaistaa usean prosessin kesken. Alla on esimerkki MPI:tä käyttävästä eräajosta:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=meme
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem-per-cpu=2G

module load bio-apps/v202603
module load meme/5.5.7

meme sequences.fasta -dna -oc meme_out -nmotifs 5 -p $SLURM_NTASKS

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

MEME Suiten kotisivu