MEME Suite
MEME Suite antaa biologeille mahdollisuuden löytää uusia motiiveja kohdistamattomien nukleotidi- tai proteiinisekvenssien kokoelmista sekä tehdä monenlaisia muita motiivipohjaisia analyysejä. Se sisältää työkaluja, kuten meme, meme-chip, fimo, tomtom ja mast.
Lisenssi
MEME Suite on maksuton ei-kaupalliseen ja akateemiseen käyttöön. Katso MEME Suiten tekijänoikeus- ja lisenssiehdot.
Saatavuus
- Roihu: 5.5.7,
bio-apps-moduulin kautta.
Käyttö
MEME Suite kuuluu Roihun bio-apps -kokoelmaan. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten MEME-moduuli:
Esimerkiksi motiivien tunnistamiseen meme-työkalulla:
meme tukee MPI:tä, ja sen voi rinnakkaistaa usean prosessin kesken. Alla on esimerkki MPI:tä käyttävästä eräajosta:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=meme
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem-per-cpu=2G
module load bio-apps/v202603
module load meme/5.5.7
meme sequences.fasta -dna -oc meme_out -nmotifs 5 -p $SLURM_NTASKS
Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).
Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.