HISAT2

HISAT2 on nopea ja herkkä kohdistusohjelma seuraavan sukupolven sekvensointilukemien (sekä DNA:n että RNA:n) kohdistamiseen viitegenomiin. Sitä käytetään laajasti RNA-seq-lukemien silmukoituun kohdistamiseen.

HISAT2

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu: 2.2.1, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

HISAT2 on osa bio-apps -kokoelmaa Roihussa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten HISAT2-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load hisat2/2.2.1

Luo ensin viitegenomista indeksi:

hisat2-build genome.fa genome_index

Kohdista sitten lukemat (tässä paripäiset lukemat):

hisat2 -p 8 -x genome_index -1 read1.fq -2 read2.fq -S output.sam

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=hisat2
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load hisat2/2.2.1

hisat2 -p $SLURM_CPUS_PER_TASK -x genome_index -1 read1.fq -2 read2.fq -S output.sam

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta sivulta eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

HISAT2:n kotisivu