PHYLIP

PHYLIP (PHYLogeny Inference Package) on ohjelmistopaketti fylogenioiden (evoluutiopuiden) päättelyyn. Se sisältää menetelmiä, kuten parsimonia-, etäisyysmatriisi- ja suurimman uskottavuuden menetelmät, sekä työkaluja konsensuspuille, bootstrap- analyysille ja puiden piirtämiseen.

PHYLIP

Lisenssi

Vapaasti käytettävissä. Katso lisenssiehdot PHYLIPin kotisivulta.

Saatavuus

Roihu: 3.697, bio-apps-moduulin kautta.

Käyttö

PHYLIP on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten PHYLIP-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load phylip/3.697

PHYLIP koostuu monista yksittäisistä ohjelmista (esimerkiksi dnaml, dnapars, neighbor, consense). Kukin ohjelma lukee työhakemistosta tiedoston nimeltä infile (tai pyytää syötetiedoston nimeä) ja suoritetaan omalla nimellään:

dnaml

Ohjelmat ovat oletusarvoisesti interaktiivisia. Eräkäyttöä varten anna vastaukset vastaustiedoston kautta, esimerkiksi:

dnaml < responses.txt

Esimerkkieräskripti

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=phylip
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=02:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=2G

module load bio-apps/v202603
module load phylip/3.697

dnaml < responses.txt

Korvaa <project> omalla CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234).

Katso lisätietoja eräajojen suorittamisesta ohjeesta eräajotehtävän skriptin luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki

Lisätietoja

PHYLIPin kotisivu