MMseqs2

MMseqs2 (Many-against-Many sequence searching) on ohjelmistopaketti erittäin nopeaan ja herkkään suurten proteiini- ja nukleotidisekvenssijoukkojen hakuun ja klusterointiin.

MMseqs2

Lisenssi

Vapaasti käytettävä ja avointa lähdekoodia GNU GPLv3 -lisenssillä.

Saatavuus

Roihu-CPU: 18-8cc5c, bio-apps-moduulin kautta.
Roihu-GPU: 18-8cc5c (GPU-kiihdytetty), bio-apps-moduulin kautta.

GPU-solmuilla MMseqs2-versio on käännetty CUDA-tuella, ja se voi käyttää GH200-GPU:ita hakujen kiihdyttämiseen.

Käyttö

MMseqs2 on osa Roihun bio-apps -kokoelmaa. Lataa ensin bio-apps-moduulipuu ja sitten MMseqs2-moduuli:

module load bio-apps/v202603
module load mmseqs2/18-8cc5c

Tyypillisessä haussa kysely- ja kohde-FASTA-tiedostot muunnetaan MMseqs2-tietokannoiksi ja suoritetaan mmseqs easy-search:

mmseqs easy-search query.fasta target.fasta results.m8 tmp --threads 8

Esimerkkieräajokomentosarja

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=mmseqs2
#SBATCH --account=<project>
#SBATCH --output=output_%j.txt
#SBATCH --error=errors_%j.txt
#SBATCH --partition=small
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem-per-cpu=4G

module load bio-apps/v202603
module load mmseqs2/18-8cc5c

mmseqs easy-search query.fasta target.fasta results.m8 tmp --threads $SLURM_CPUS_PER_TASK

Korvaa <project> CSC-projektillasi (esimerkiksi project_2001234). Käyttääksesi GPU-kiihdytystä aja MMseqs2 GPU-eräajotyössä GH200-solmulla; katso eräajokomentosarjan luominen Roihulle.

Tuki

CSC:n asiakastuki